杨光先发难后，所有在京的西洋传教士都被解往广州，京里只留下身系牢狱的四名神父，即汤若望、南怀仁、利类思和安文思。
利类思（Louis Baglio，1606—1682）出生在意大利西西里岛的莫诺。他于十六岁加入耶稣会，1637年来华，开始在江南一带传教。次年被派至四川，可算是入川的第一个欧洲人。他来到成都，和官员及上层社会人士来往密切——这乃是传教士的一贯做法，借以获得官方支持，从而打开局面。1640年，受洗者有三十多人，其中有明朝宗室的一家全部入教。由于劳累，利类思患病，在杭州的安文思得知后，在取得上司的批准后，入川帮助利类思，二人从此在一起患难与共。
安文思（Gabriel de Magalhaens，1609—1677）是葡萄牙航海家麦哲伦（Magellan，1470—1521）的后裔，出生于科英布拉州的乡村。科英布拉大学毕业，十六岁加入耶稣会，学习修辞学和哲学。1640年来华，先在杭州，两年后去四川成都。
有一个姓阎的武官受洗，全家也随之入教，因此带动了许多官员要求入教——大概以为入教之后会得到某种利益，其中有几人是纳过妾的，神父们拒绝为之施洗，引起这些人的不满，遂嗾使僧人攻讦他们，并纠集了四千余人，告到了官府。幸有阎武官派兵保护，才使他们免于骚扰。
崇祯十六年（1643），张献忠带兵进入四川，成都失陷，人们都逃往山中躲避，利类思和安文思也随之避往山里面。张献忠（1606—1647）是陕西延安人，虽然读书不多，只是粗通文字，但时常以读书人自诩，曾对秀才们说：“咱们是斯文一派，老子学而未成。”他曾在官府做过捕快。崇祯三年（1630），开始造反生涯，有“八大王”之称。据传教士们说，张献忠无论才具、性情都有其过人之处，他为人公正、慷慨、聪明、练达，且爱好学问。但是，他脾气极为暴虐，发起火来，足以使他丧失理智，遂使他的优点丝毫发挥不出来了。当时，有一个从北京派往四川的官员吴继善，曾与汤若望相识，此时投降了张献忠，便将利类思和安文思荐举于张献忠，主张请他们匡助政事。张献忠也曾听说过利玛窦受到万历皇帝重用的事情，遂派人找到二人，并且十分礼遇他们，封之为“天学国师”。张献忠宴请他们，为他们重新修建已毁的教堂，委任以官职，赐予冠带袍服等。两位神父申明，他们不是来做官的，所以服务可以，但是官不能当，官服不能穿。张献忠却说，按照我们中国的规矩，普通人是不可以进朝廷的，如果你们穿戴着素服小帽来见我，岂不亵渎至尊？我若那样，也不是敬贤之意。二人听他说到这个份儿上，不好再推辞，只好接受了。
张献忠还令他们制造天体仪、地球仪、平面日晷等仪器。张献忠把这些仪器放在宫中的大殿上，展示于人——实际上，他也不知道这是干什么用的。
两位神父虽然很受优待，但还是整天提心吊胆，因为，说张献忠“杀人不眨眼”是毫不过分的。张献忠手下的官吏被杀、被绞、被剐、被活剥皮，几乎是无日无之。两位神父曾冒险劝谏他不要妄杀无辜，张献忠回答他们道：“我杀他们，是帮助他们解脱世上的苦难，虽然杀他们，实际是爱他们！”他还自称，他是受天地主宰之派遣，来四川惩罚恶人与僧徒的，所以成都，以至四川的和尚无一幸免。他眼见四川各地反抗他的暴乱无时无之，愤恨地说，四川人全是“忘恩负义”的叛逆，不相信真主，他作为受天地派遣的人，理应杀尽四川人。1645年11月，他决定屠城，成都竟有四万余人被杀。利类思在南门城楼，安文思在东门城楼目睹其惨状。只见男女老少群集于广场上，跪在地上向张献忠告饶道，我们都是大王的子民，是遵守大王命令的，从未得罪过大王，为何要置我们于死地呀？再说，我们都手无寸铁，绝不会与大王作对，求大王饶恕了我们吧！但是张献忠不为所动，命其军队一律屠杀之，以至血流成河，浮尸万千，江水为之变赤，舟楫为之阻塞。两位神父虽然尽了全力，仍然无法阻止悲剧的发生，只好尽力地保护他们的教民，还是无济于事。
在此等危险的环境中，利类思和安文思还是没有忘记他们的职责，有一百五十多人受洗，其中有张献忠的岳父一家。张献忠一次祭祀老子，两位神父昂然而立，张献忠的官员问他们为什么不跪，他们答道，我们只拜创造天地的天主。张献忠听了也不怪罪他们——他在安静的时候还是颇有理智的。但这种时候不多。张献忠大多是处于非理智状态，发起怒来就杀人，杀人的方式则多种多样，有活剥皮，有零碎剐，砍头、腰斩不一而足。他手下的千余名官吏，被他杀得只剩下二十五人。
张献忠的“大西国”定都成都，本想偏安一隅，但他以往的叱咤风云不过是因为各处流窜，一旦建立稳定的政权，其劣势立即彰显出来。不能恢复生产，不通行政管理，军事优势丧失殆尽，很快这个欲取代腐败明王朝的造反者被再造反。张献忠被小个子的川人扰得坐卧不宁，无法在四川继续待下去了，屠城过后，便将成都宫殿焚毁，准备打回陕西老家去。两位神父请求将他们遣送回澳门，张献忠听了怒火发作，责备他们忘恩负义，要杀了他们。这时，二人已将生死置之度外，高声抗辩道：“我们只崇拜天主，并无罪过，你若杀了我们，天主不久将降大灾难于你！”张献忠听了这话，反而迟疑不决，不敢动手。
1647年1月3日，在张献忠北进途中，一小队满洲骑兵突然出现在汉中驻地附近。原来，张献忠手下有个刘进忠不知何故得罪了老张，想要杀掉他。刘便跑到汉中，投降了前来征讨的清军。清军正在为难于上青天的蜀道而发愁，不啻从天上掉下来个向导，遂以刘为先锋，杀入四川。清军向来是主将前面有五名骑兵开路，如果前面敌军愿意投降，他们立即撤回，作为和平受降的信号。如果遇到抵抗，后面大股的军队就冲上去，进入战斗。(www.xing528.com)
清军的探子正好在剑阁以南盐亭的凤凰坡遇到了张献忠的队伍。老张不以为意，骑上他的马，手持一支短矛，由七八名卫士簇拥着，疾驰出营。不想，满洲骑兵发出一箭，射入他的左肋，直透心脏，遂坠马落地。顿时地上鲜血流淌，张献忠在血中翻滚，痛极而死。这个几乎把四川人杀尽的“大西国”皇帝，就这样走到了人生尽头。后来得知，这支队伍是清朝靖远大将军肃亲王豪格率领的征西大军。因此，人们多以为是豪格射死了张献忠，还传说张献忠在四川某地拆毁一座佛塔时，见到一方石碑，上书“造者余化龙，拆者张献忠。吹箫不用竹，一箭贯当胸”——这不过是以讹传讹罢了。满洲兵见利类思和安文思是外国人模样，上前要抢劫他们的衣物，抗拒中，两人都受了重伤。肃亲王本来认识汤若望，知道他们都是汤神父的教友，便吩咐下面悉心看护两人。
1648年，利类思和安文思跟随肃亲王大军回到北京。
肃亲王豪格（1609—1648）回到北京，被多尔衮指责为玩忽职守，要治他的罪。豪格本以为平定四川乃是大功一件，不但没有受到奖励，反而受到羞辱，气愤地将帽子扔到地上，以脚践踏。多尔衮更找到处罚他的理由，将之圈禁在高墙之内，不久死于狱中，据说是被多尔衮害死的。肃亲王的福晋被多尔衮纳入自己的妻妾队伍中，其侧福晋则入了天主教，并捐资修建了王府井大街上的教堂，人称东堂。
利类思和安文思到京后，一面襄助汤若望，并时常与喜欢西学的官员来往，这引起一些嫉妒者的仇恨，随即陷入“历狱”冤狱之中。
杨光先于康熙初年，依仗四位辅政大臣的势力，作《辟邪论》，攻击西洋历法和天主教为“妖书”、“邪说”。他不懂装懂地胡说：“耶稣既钉死十字架上，则其教必为彼国所禁，以彼国所禁之教而欲行之中夏，是行其所犯之恶矣……”利类思和安文思针对杨光先的谬论，于1662年出版《天学真诠》为天主教辩护。《天学真诠》乃是利、安二神父撰写，钦天监官员李祖白润色。书中按照圣经的说法认为，东西万国皆为亚当子孙，中国自伏羲以下也不例外，并且断言中国古代就有基督教思想，还摘引四书五经中的言论，称其为“天学之微言法语”。毋庸讳言，他们在宣传其教义时，有些说法确实过了头，例如说中国儒家理论与基督教赫赫之光相比，如萤火一般等等，伤害了中国士人的感情。杨光先又发表《不得已》一书，其观点简而言之就是，宁肯中国历法发生差错，也不要西洋那不会错的历法；还说西洋人到中国的目的是准备谋反，澳门屯兵众多，正在伺机而动。利类思针锋相对地作《不得已辩》，力证其诬。
位于北京王府井大街的东堂
康熙元年（1662），四位辅政大臣执政，安文思的一个仆人受人指使，诬告他行贿官员——这在当时是项重罪。因此，受到刑讯，脚踝骨处被夹棍夹了两次，落下重伤。
康熙帝继位后，汤若望的冤案得以昭雪，而且皇帝极看重几位传教士。安文思为了报答皇上的知遇之恩，特别制造了一些精巧的器物，进献给皇帝。他曾造一机器人，左手执盾牌，右手执宝剑，内部装有发条，上满弦之后，可以连续行走十五分钟。他还为康熙帝造了一个自鸣钟，每小时自鸣一次，打点之后续以音乐，而且每个小时的乐曲不同，音乐停止后，又响起枪声，离开很远都能听见。利类思的绘画技艺很好，曾以三幅风景画进献给皇帝，许多官员看了他的画，不禁惊叹道，他怎么在一张纸上面，把房屋的走廊、门窗、道路都画了出来？实际上，他不过引入了简单的透视法则而已。
安文思为人正直，持戒律极严，对自己，对别人都是一样。有时南怀仁神父也要受窘于他。例如，他认为南怀仁接受钦天监监正职务，就是违背教规，于是诉于耶稣会中首领之处，首领反过来还要向他解释。
安文思去世前三年，他脚踝骨受夹伤处发作，疼痛难忍，以至夜不能眠，最后痛苦而死。安文思死于康熙十六年（1677）五月初六，康熙皇帝先是特赐葬银二百两，大缎十匹；殓后十天，又差侍卫三人到耶稣会住处，询问利类思、南怀仁等：“何日出葬，照天主教用何礼仪？”并问起二百两银子够不够用，出葬那天，皇上派人跟随至墓地，并将葬礼一切过程都汇报给皇上。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
