顺治皇帝即位时只有虚龄六岁，军国大事由他的叔父、摄政王多尔衮掌管。同时，不可忽视的另一个权力中心人物就是他的母亲——孝庄太后。
孝庄太后（1614—1687）出身于蒙古科尔沁部的博尔济吉特氏，十三岁成了皇太极的妃子，长久在宫廷中生活，练就了她深谋远虑的政治手腕。她为了儿子帝位的稳固，竭力周旋于多尔衮等人之间。虽然关于太后下嫁，史家尚有争论，但她与摄政王的情感纠葛则是一致公认的。自然，这其中大部分的考虑可能还是着眼于儿子，可是做儿子的未必理解她的苦心，反而因此生出一些嫌隙，使得母子关系并不融洽。
早在顺治登基之前，孝庄太后就为将来的皇后人选煞费苦心。最终，她和摄政王多尔衮选中了她哥哥吴克善的女儿博尔济吉特氏。顺治八年（1651），吴克善提前把女儿送到宫中，让她熟悉宫中生活和礼节。但是，顺治帝并不领情，拒绝大臣请他完婚的请求，推迟了婚期——这也反映了对多尔衮和母后替他订婚的不满。不料，这位未来的皇后突然生病，怎么医治全不见效。孝庄太后想起了汤若望是个博闻广知的人，便派三位宫女——其中有那著名的苏玛拉姑，去他那里求医问药。宫女们隐瞒了病人与自己的身份，来到汤若望处，只说出病人的年龄和病症。汤若望抱歉地对那宫女说，他不是医生，手里也没有药物可以治疗这种病。在宫女们一再请求下，他送给宫女一个十字架，并说，将其放在病人身上，祈求天主保佑，或许可以治愈。可能汤若望根据宫女们说的病症，推测不过是感冒之类的小病，隔几天自然会不治自愈，故意卖了一个关子。孝庄太后按照汤若望所说的做了，博尔济吉特氏居然奇迹般地痊愈了。过了几天，宫女们携带许多贵重礼物向汤若望表示谢意，汤若望却坚决不收。宫女只好对他说明，阁下救了太后的侄女，也即是未来的皇后！太后送阁下的礼物若是被拒，将置太后的脸面于何处？汤若望一听，把礼物问题提到如此高度，只好恭敬不如从命了。
顺治皇帝朝服像
孝庄太后为此事十分感谢汤神父，又见他是如此一个谦谦君子，便让宫女转达她的敬意，并表示愿意像对待父亲那样礼敬他，也希望汤神父把她当做自己的女儿，因此便有了孝庄太后认汤若望为义父的说法。据说，汤若望送给孝庄太后一个十字架，三十多岁的太后拿着当了装饰品，毫无顾忌地佩于胸前。因此，有人说太后在汤的手中受洗，皈依了天主教，并认汤若望为教父。其实，孝庄出身蒙古皇族，历来笃信喇嘛教，即使她曾经参加过某些基督教的宗教仪式，也是认不得真的。再说，既然太后与汤神父有了这一层关系，顺治皇帝福临对汤若望也另眼相看，格外地敬重。顺治帝是在大学士范文程的引见下，见到汤若望的。第一次谈话，就对他的温和、慈爱和坦诚留下深刻的印象。
顺治帝福临即位之初，皇族内部充满了斗争，当然为的是那至高无上的权力。摄政王多尔衮集权力于一身，国家大事就在自己的府邸中决定，甚至连玉玺也放在他那里。他排除了宗室诸王，控制了三个旗（正白、镶白、正蓝），比皇上还多了一个旗。可想而知，他根本不把未成年的小皇上放在眼里，甚至连他的手下也没把这乳臭未干的九五之尊当回事儿。一次，众人随同他打猎，故意引他上了一条陡峭的山间小路。福临只好下马步行。随从们遂冷言冷语讥讽他道：“小时候不练习骑射，大了怎么能行？这样的路就下马步行吗？”还有一次打猎时，福临正在追赶一头狍子，一随侍竟迎面射来一箭，差点儿射到他。顺治心里明白，这些人敢于如此嚣张，是因为有多尔衮做他们的后台。多尔衮名义上是摄政王，后改称“皇叔摄政王”，又上尊号“皇父摄政王”，乃是实际上的皇帝。多尔衮颐指气使，出入皇宫，执掌天下生杀大权，朝野内外唯知摄政王，不知有皇帝。福临虽然年幼，但也对这位皇叔的专擅极为不满。顺治受到充分的汉文化教育，正史、小说都有浏览，甚至佛经也读了不少。从小就显示了其非凡的才识。一次他问大学士陈名夏，中国历代帝王谁为最好，陈答，唐太宗。顺治帝却说：“不对，明太祖才是第一！因为他留下可垂永久的制度。”一个十几岁的孩子竟有这般见识，可知不是庸才。处处受多尔衮压抑的小皇上，其处境和心情得到汤若望的理解和同情。在一次谈话中，他指责多尔衮专横跋扈，并指出他的诸多弊政与错误，还以他通晓的医学知识向福临透露，摄政王健康不佳，可能会不久于人世——可见，汤神父对年轻的皇帝是如何的忠诚，而且他们二人已经到了无话不谈的地步了。
顺治皇帝并非平庸之才，可想而知在强烈自尊心的驱使下，小小年纪的福临过得是怎样屈辱的日子。还不止这些，从读书学习到亲自理政也是一段艰难的道路。多尔衮为了便于控制小皇帝，故意多方阻止他读书学习，以至，顺治帝亲政后阅读大臣奏章的时候，简直不知所云。于是，他每天五更起来读书，苦读了《四书》、《五经》等儒家经典，又通篇学习了《贞观政要》、《资治通鉴》等史籍。在这艰难的时候，是汤若望，这个外国神父给予了他最大的精神安慰。
汤若望见到皇帝很少提个人的要求，他不是讲黎民百姓的痛苦，就是请求给予传教的方便，另外他见到一些不合理的事情，也尽力阻止其发生。他曾经请皇上释放几百名俘虏，阻止了在北京建立大寺院的计划等等。俗话说“天子无友”，因为皇上的话是“金口玉言”，一开口便成旨意，岂能和人随便说话——更何况心里话？再有皇上与臣下的关系多是利害关系，臣属阿谀奉承为了邀功取利；再说，皇上面前一句话说错即有性命之忧，臣下哪里会对皇上说真心话？所以，无欲无求、不计名利、地位超然的汤若望是唯一的例外。他秉公处事，为人友善，顺治帝选择了他作为自己的知心朋友。从皇帝这方面来说，一方面还年轻，没有过多的世故，再者，也是一时未脱关外民族的纯真之气，待他接触汉人多了，受到帝王之学的熏染深了，渐渐便与汤若望拉开了距离。(www.xing528.com)
在此之前，顺治帝还特意考察了汤神父一番。他曾多次以探望、咨询为名，突然派人到教堂找汤神父。发现，无论是白天、晚上还是深夜，每次都是汤神父亲自来开门，而他总是在忙于读书和写作，不然就是早已入睡。他有时还亲自跑到教堂，趁汤神父不注意，把教堂的各个房间都打开看看，以为会找出藏着的妇女，结果他失望了。顺治帝终于相信了汤神父是虔诚的教徒——尽管他有些不好理解，从而更增加了对他的信服和尊敬。
顺治皇帝称汤若望为“玛法”——满语的祖父，或父辈、师父等长者等多重意思。顺治帝时常在半夜将他召进宫去，以祭过神的祭品款待他。每次汤神父进宫都是长驱直入，并不要人通报，也免去三跪九叩的礼节，君臣两人坐在炕上，啜茗谈心，犹如家人。回去时，福临总是命人驾车将他送回住处。有时，皇上在闲暇之余也到他的住所，无论是礼拜堂、书房还是花园，不拘场地和他促膝谈心。有时在礼拜堂还与那些主日学校的教师和幼童一起交谈，询问他们学些什么课程，平时做些什么事情等等，没有一点儿皇帝的架子。顺治皇帝曾对其他大臣说：“玛法的奏疏都是真诚的，每当朕阅读时，就会被感动得流下眼泪……别人亲近我，不过是求功名利禄，可是朕赐给玛法利禄，他却不受。”
汤若望画像
顺治十三年前后，是顺治帝频繁访问教堂的时期，两年间，竟过访教堂二十四次，并与汤神父长谈。汤神父则经常不厌其烦地向年轻皇帝灌输天主教的教理，向他介绍天主教的婚丧嫁娶诸多礼仪、风俗——他，以及所有的传教士都诚心地希望皇上能够信奉天主教。虽然，看起来顺治帝对基督教的教理有些领悟，甚至对其中一些也表示赞同，可是他终于没能迈进天主教的大门。这其中的原因可能有多种，重要的是由于他处在崇高的帝位之上，很难接受教会中那些严格的戒律。
清初，汤若望制造天文仪器处，即南堂。汤若望在此制造了浑天仪、地平日晷、望远镜等仪器，献给多尔衮，以迎合“新朝定鼎，天运开新”之义
汤若望所制的浑天仪
汤若望所制的地球仪
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