六岁的顺治皇帝在北京坐了龙廷之后，四个南明政权又苟延残喘了十几年。
最先在南京继位的弘光帝朱由崧，在大敌当前之下，照样吃喝玩乐，终于把国家玩儿丢了。朱由崧在大兵压境的情况下，也曾通过耶稣会士，求助于基督教会。原来，朱由崧在河南藩邸时，就与毕方济神父相识。称帝后，他即派人请毕方济入朝襄助，诏书中称毕“诚事于天，端于修身，信义素孚”等等。清军南下后，弘光帝见那些军阀们抵挡不住，派毕方济到澳门，想借一支葡萄牙军队帮他抵抗满洲人。毕方济于1645年3月由南京出发，走到半路，就听说南京失陷了。
南京失守后，唐王朱聿键称帝于福州，建年号隆武。毕方济也是朱聿键的旧识——这些传教士都是惯于走上层路线的，于是被请到隆武朝廷。唐王也不是和他谈论基督教义，而是请他去澳门搬兵。同时，鲁王在绍兴自称监国，一年后，被清军所迫，投靠郑成功，最后死在台湾。唐王在清朝大军入闽后，被俘，自缢而死。(www.xing528.com)
接着，瞿式耜、丁魁楚等奉万历帝之孙桂王在广东肇庆为帝，史称永历帝。永历帝也重用毕方济，而且瞿式耜、太监庞天寿都是天主教徒，永历帝的皇后，嫔妃五十余人，官员四十余人，以及天启帝的遗孀——现在升格为太后，都是基督徒。除了永历帝没有入教外，永历朝廷几乎可算是准基督教朝廷了。太后甚至派了卜弥格神父去罗马教廷，请求教皇、耶稣会会长帮助他们“保佑我国中兴太平”。毕方济也曾从澳门借来一支三百人的葡萄牙军队，带着大炮，替永历帝收复了一些失地。可是，不争气的朝廷官员们忙于党争、内讧。所以，当卜弥格带着教皇的信件回到中国南境时，这个南明小朝廷已经寿终正寝了。
事实上，澳门的葡萄牙当局已经看出南明的几个政权都成不了大气候，而且清军节节取胜，为了避免开罪新朝廷，也不敢真的帮助这些行尸走肉般的腐败者。
这也是当时中国政局的一个有趣现象，几个同时存在而又相互敌对的政权中都有耶稣会士的影子。
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