在立宪派为谘议局和资政院的事情而忙得不可开交的时候，革命党人却愤愤的向地上啐了口唾液，他们和立宪党人很快便分道扬镳，继续专注于革命大业。
不过，和立宪派的欢欣鼓舞不同的是，革命党人在中国同盟会成立后的这几年中却屡遭挫折。首先，同盟会的内部就闹不团结。由于同盟会是原有几个革命团体的联合，虽然孙中山在国际上和革命党人中间享有很高的声誉，但他创立的兴中会当时已经几近消亡（只剩冯自由和梁慕光两人加入同盟会），而其中实力最强的是黄兴、宋教仁等人创立的华兴会。1907年2月，孙中山和黄兴便因为采取何种旗帜而发生激烈争执。孙中山主张沿用当年兴中会的青天白日旗，以纪念那些牺牲的革命党人；而黄兴则主张用华兴会的井字旗。表面上看，这仅仅是会旗之争，但其背后隐藏的实际上是同盟会的领导权之争。
黄兴认为青天白日旗有效仿日本国旗之嫌疑，应该立刻毁弃。孙中山听后勃然大怒，说：“我当年在南洋闹革命的时候，几万人托命于此旗下，你要想毁弃的话，就先把我给毁弃了先！”黄兴当时也被激怒得跳了起来，当场发誓要“脱同盟会籍”。当时旁观的原华兴会主要成员宋教仁站在黄兴的一边，他认为孙中山这个人“素来不能开诚布公，做事近于专横跋扈”，“不如另外早以为计，以免烧炭党（太平军）讥”，于是也要提出辞职。眼看事情越闹越大，黄兴为了大局，只好自己退让一步。虽然黄兴最后勉强服从了孙中山的决定，但其本人仍旧是“意颇怏怏”。这件事对同盟会后来的发展影响很大，黄兴这一退，以后便一直退让下去，以大局为服从，但宋教仁等人就未免和孙中山心存芥蒂了。
1906年12月，同盟会的刘道一和蔡绍南在江西的萍乡、万载和湖南的醴陵、浏阳，发动会党和矿工举行起义，东京的同盟会员得知后，争先回国从军。当时江苏新军第九镇的赵声和倪映典等同盟会员也有意响应，但起义不久便被镇压，刘道一等人在长沙遇害，赵声等人被革职。1907年3月，清廷得知萍醴浏起义是同盟会所为后，便要求日本引出或者驱逐孙中山。在清廷的压力下，日本政府赠送孙中山五千元，另有日商铃木久五郎馈赠一万元，要将孙中山礼送出境。
孙中山接受了这两笔钱之后，也没有和同盟会本部商议，便留下两千元做《民报》的经费，然后带着胡汉民和汪精卫等人离开日本。孙中山开始的本意呢，其实是打算将余款用做军费，前往西南边境发动起义。
孙中山走了之后，《民报》的主编章太炎（原光复会员，《苏报》案坐牢期满后于1906年东渡日本接管《民报》）得知孙中山还接受了其它款子，他便立刻跳了起来。经章太炎这么一嚷嚷，这下同盟会本部可就炸开了锅了。同盟会的人一个个拍桌摔凳，张继说：“走就走嘛，你要人家的钱干什么！真是丢人！”刘师培则骂道：“孙文受贿！”章太炎更是火气冲天，他上前一把撕下挂在民报社的孙中山相片，然后批上了“卖《民报》之孙文应即撤去”数字。这还不解气，他以为孙中山在同盟会香港分会，便又将批了字的相片寄到香港，以示羞辱。
在同盟会东京本部闹成一团的时候，孙中山这时却正在西南联合会党发动起义。1907年5月，孙中山和冯自由联络参加了同盟会的三合会首领许雪秋、余丑等人在潮州黄冈起义，但起义坚持了数天之后便告失败。同年6月，为了策应潮州起义，孙中山又派邓子瑜联络会党在七女湖起义，但同样遭到失败。消息传到东京后，同盟会内部的“反孙”声浪更是进一步高涨，张继、章太炎、刘师培、谭人凤等人纷纷要求主持同盟会本部工作的刘揆一召开大会，罢免孙中山的总理职务，改选黄兴继任。
张继等人声称：“革命之前，必先革革命党之命。”刘揆一不同意这些人的意见，于是张继便和刘揆一互相扭打起来；而章太炎则意气用事，他以明码电报泄露孙中山购买枪弹准备武装起义的军事秘密。由于事态严重，刘揆一急忙致急函给黄兴和胡汉民，希望孙中山向同盟会本部引咎自责。孙中山复函说：“党内纷争，惟事实足以解决，无引咎之理由可言”，而黄兴则复函表示坚决拥护孙中山，并要求众人消除误会。经过黄兴和刘揆一的努力调解，第一次“倒孙风波”才告平息。但是，由此带来的负面效应很是明显，孙中山后来也不太过问同盟会本部事务，而同盟会组织也有涣散之势。
在同盟会本部为孙中山赠款事件而吵闹不休的时候，原光复会的一些同盟会员在徐锡麟和秋瑾的筹划下，准备在安徽和浙江两地同时举义反清。徐锡麟是浙江山阴人，别号“光汉子”。他在1903年留学日本，次年加入光复会，1905年创办半军事化的绍兴大通学堂，为举义培养干部。后来徐锡麟试图打入清政府内部，于是便通过表伯俞廉三（曾任山西巡抚）的关系，得到了安徽巡抚恩铭（俞廉三的门生）的重用，当上了安徽巡警处会办兼安徽巡警学堂会办及陆军小学监督，并掌握有一定的武装力量。之后，徐锡麟便让秋瑾接管大通学堂，两人在安徽和浙江分头准备举义。
秋瑾和徐锡麟是老乡（同为浙江山阴人），别号“鉴湖女侠”。她在1904年东渡日本，1905年分别加入光复会和同盟会，并担任同盟会浙江负责人。1906年，秋瑾回国后参与创办了中国公学和《中国女报》，并大力提倡女权主义。1907年3月，秋瑾接任大通学堂总办，并秘密联络浙江各地会党组成光复军，号称有七千人之众。后来，秋瑾与徐锡麟商定于7月19日（六月初十）在浙、皖同时起义。不料6月中旬有会党提前起义，导致官府对徐锡麟和秋瑾的动向有所察觉。徐锡麟得知消息后，便决定先下手为强，率先起事。7月6日，恰逢安庆巡警学堂举行毕业典礼，安徽巡抚恩铭和布政使、按察使等高官都前来祝贺，徐锡麟利用行礼的机会，突然掏出手枪对恩铭连发七弹，其它数十名学生也纷纷行动，抢占军械所。但是，由于敌众我寡，虽然徐锡麟将恩铭击毙，但他们很快便被镇压了下去。
徐锡麟举事失败的消息传来后，秋瑾便立刻安排大通学堂的人员掩藏枪弹，焚毁名册，并迅速疏散。很快，安徽方面便查获了徐锡麟和秋瑾的往来通信，并通知浙江方面迅速捉拿。秋瑾认为自己系一女子，且无确凿证据，即使被捕也无妨，便让其它人散去后自守大通学堂，从容待捕。绍兴知府贵福平时与大通学堂多有来往，与秋瑾关系也还熟悉，便将她送交山阴知县李钟岳审讯。李钟岳审讯秋瑾也颇为难，一来他敬仰秋瑾确是才女，二来因她是女子无法动刑，便请示贵福如何处理，贵福怕秋瑾牵连自己，便电禀浙江巡抚张曾敭，将秋瑾“先行正法”。秋风秋雨愁煞人，秋瑾最后于绍兴古轩亭口就义，年仅31岁。秋瑾就义前，提出一个要求，那就是“我系一女子，死后万勿剥我衣服”。
在徐锡麟举义失败后一年，由于时值光绪和慈禧太后的国丧期间，打入安徽新军内部的同盟会员熊成基、范传甲等人密谋乘机举事。熊成基，江苏甘泉（今江都）人，1904年考入安徽武备练军学堂，后参加了安徽公学教员陈独秀和柏文蔚等人创立的岳王会。岳王会是一个反清复明秘密组织，后来在柏文蔚的主持下，会员大都加入同盟会。
1908年秋，清廷安排湖北、江苏、安徽等省的新军在太湖举行秋操，也就是联合军事演习。熊成基等人当时在安徽新军中担任队官等职务，便想乘机发动起义夺取安庆，然后攻占南京，北进中原。1908年11月19日晚上，在熊成基的指挥下，马、炮、步各营出动，会攻当时的省城安庆。不料安徽巡抚朱全宝早有防备，熊成基的人马攻了一个晚上也没能拿下。按事前约定，城内的范传甲等人本应打开城门响应的，不料朱全宝先行一步，派人将城内的新军营房锁死，范传甲等人直到黎明时分才得以脱身，但这时熊成基那边已经传来失败的消息。范传甲大愤，独自前往行刺清军协统余大鸿，结果被捕遇害。范传甲刑前大呼：“我是汉族无用之人，致此次革命未得成功，愿我同胞共同杀贼，勿因我之未成而气馁也！”
由于清军援兵已至，熊成基只好率起义军突围退至庐州（合肥），最后因为军心动摇，只得就地解散。熊成基先是逃到日本，后潜入东北谋刺海军大臣载洵，1910年因被人告发而被捕，最后在吉林遇难。熊成基临死前，供词中声称：“我今早死一日，我们之自由树早得一日鲜血，早得血一日，则早茂盛一日，花方早放一日，故我现望速死也。”
而此时的孙中山和黄兴等人则继续在西南频繁举行起义，他们在潮州黄冈和七女湖起义失败后，他们在1907年9月又联合加入同盟会的广西三合会首领王和顺在钦州发动起义，起义军一度攻占了防城，并发展到3000多人，但在进攻钦州和灵山的时候均告失利，又无饷械接济，起义军大都散入十万大山，王和顺则避往越南。
1907年12月，加入同盟会的广东会党领袖黄明堂被孙中山封为镇南关都督举行起义，队伍攻占了镇南关炮台。孙中山、黄兴等人闻讯后大喜，亲自赶到镇南关炮台助阵。数日后，大批清军援军前来进攻，义军发现镇南关炮台的大炮居然被固定（只对着越南一方），一时束手无策。在清军的猛烈进攻下，黄明堂等人虽然奋勇抵抗，但最终不敌而退入越南。
1908年，孙中山等人再接再厉，继续在西南发动起义，这就是两广钦廉上思起义与河口起义，也是孙中山领导策划的第七次和第八次武装起义了（其它六次分别为1895年广州起义，1900年惠州三洲田起义，1907年5月潮州黄冈起义，1907年6月惠州七女湖起义，1907年9月钦州防城起义和1907年12月广西镇南关起义）。1907年镇南关起义失败后，法国殖民当局将孙中山驱逐出越南。孙中山临走之前，安排胡汉民留守河内，并命黄兴为总司令准备再入西南发动起义，自己则前往香港南洋等地筹款。经过共同努力，黄兴后来在越南武装了一支两百人的“中华国民军南军”，并于1908年3月进入钦州。这支起义军与清军郭人漳部几经苦斗，在钦、廉、上思一带转战了四十多天，终因孤军深入、粮弹不济而被迫就地遣散，黄兴等人再次返回了越南。
与此同时，孙中山又联系前几次举事失败的黄明堂、王和顺等人再次在云南河口发动起义。河口是滇南门户，与越南老街毗邻，战略地位十分重要。当时清军在河口设有督办和炮台，有四个巡防营把守，装备全是德制毛瑟枪。黄明堂与王和顺等人潜入巡防营进行策反，并答应“凡带枪投诚者给银元一枚”，于是起义在4月30日凌晨爆发。起义军分三路从越南保胜暗渡河口，发起猛攻，而清军部分营勇倒戈响应，起义军在两小时后便攻占了河口。这一仗打得痛快，起义军缴获德式枪支千余支，子弹二十万余发，队伍扩充到三千人。
随后，起义军便以河口为根据地，分兵三路，深入云南境内三百里，声威大震。不过，会党毕竟是会党，其组织性和纪律性都太差，当时起义军粮饷殆尽，那些投降的清兵个个抱怨，不肯前进，甚至有的又反降过去。黄明堂等人没办法，只能向坐镇河内的胡汉民催款。胡汉民哪里有钱，只得再去问孙中山要钱，而孙中山一时间也没有，真是一筹莫展。(www.xing528.com)
最后，孙中山没有送钱去，反派了黄兴前往云南河口前线督师。黄兴到河口后，黄明堂和王和顺等人发现黄兴没有带钱来，心生怨气，便不服指挥。而那些投诚清军更是不听调度。譬如黄兴亲领一军进攻蒙自，此军都是些投降清兵，他们没有拿到饷银，便一齐朝天开枪。黄兴愕然，问：“何事鸣枪？”众兵打着哈欠说：“走不动”，便乱哄哄抱枪坐于路边，不肯前进。黄兴又是急拉、又是苦劝、又是力推，这些兵都不予理会，最后居然一哄而散。
无奈之下，黄兴也懒得回河口便直接去了越南，想筹集了资金弹药再去进攻。不料，黄兴途经老街时被暴露，给法方截留并遣往新加坡。这时的河口起义军饷械不济，很快陷入困境。而此时清军增兵十营，分兵两路，将起义军三面包围。最后，起义军在坚持了近一个月后，河口失守。六百多名义军在黄明堂等人率领下，突围后撤入越南，后来被越南法国殖民当局解除武装，强行押送到新加坡遣散。
西南武装起义的连续失败，导致孙中山和黄兴等人的威信严重下降，同盟会内部开始出现动摇。有人消沉，有人变节，有人改信别的主义。就连同盟会机关报《民报》也发表文章批评共和主义，如主编章太炎指责革命过于洋化而有损于中国自己的文化和传统，论调很是悲观。1908年9月，陶成章带着章太炎所印的数百张《民报》股票前往南洋筹款，由此引发了第二次“倒孙”风潮。
陶成章，浙江会稽人（今绍兴），原是光复会的主要领导人，曾参与创建大通学堂，后来加入同盟会，是《民报》的第二十至二十四期的编辑人。陶成章本人倒是严于律己，但其性情褊狭，不能容人，一贯与孙中山不和。1908年9月，陶成章到新加坡找到孙中山后，要求拨款三千元作《民报》的经费。
时值河口起义失败，六百多义军被越南的法国殖民当局遣送到新加坡，孙中山当时正为这些人的安置问题而头疼，他自己都得靠变卖自己的手表衣物相接济，最后他只能向陶成章摊牌说自己也无能为力。陶成章很是失望，便提出由孙中山开介绍函到南洋筹款的要求，孙中山表示同意。不过，当时南洋正处于经济危机，筹款也很难，很多华侨的手头也不宽裕，认捐的人不多。陶成章不知就里，便怀疑是孙中山在暗中捣鬼，一怒之下便决计撇开同盟会，重整光复会的大旗。
1909年初，陶成章在王文庆等浙江籍人的支持下，在爪哇重新成立光复会，并在南洋各地设立分会，以和同盟会分庭抗礼。不仅如此，陶成章还不断散布流言，说孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财等等。接着，陶成章又纠集一些人在新加坡《南洋总汇新报》发表《同盟会七省意见书》，即《孙文罪状》，其中指责孙中山“谎骗营私”、“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等三种十二项“罪状”，说孙中山贪污两万革命经费，在汇丰银行有巨额存款。陶成章等人还要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。而在法国的张继此时也叫嚷要求孙中山“退隐深山”或“布告天下，辞退同盟会总理”，与陶成章遥相呼应。
对于陶成章等人分裂行为和恶劣攻击，孙中山和黄兴等人发起了反击。当陶成章带着《孙文罪状》到东京要求黄兴召开同盟会讨论此事时，遭到黄兴的断然拒绝。黄兴随后与谭人凤、刘揆一等人联名致函南洋同志，为孙中山辩护，而当时支持陶成章的只有章太炎等少数浙籍人士。孙中山则断然拒绝了陶成章的无理要求，他回函说：“此时为革命最衰微之时，非成功兴盛之候，是为弟冒艰危、茹困苦以进取之时代，非退隐之时代也”；“际此胡氛黑暗，党有内讧，诚为至艰危困苦之时代，即为吾人当努力进取之时代也”。于是，陶成章的“倒孙计划”最后也不了了之。
随后，在汪精卫等人续办《民报》的时候，将陶成章、章太炎排除在外，这下又激起了更大的风波。章太炎愤怒之下，发表《伪民报检举状》，而陶成章也作《布告同志书》一册，两人合力痛斥孙中山“借革命为新骗术”，“直言孙文种种之非”。最后，他们干脆公然与同盟会分裂，在东京恢复了光复会的名号。
同盟会的内讧，导致革命党内人心思变，革命气氛至为消沉。对此，前两年被《民报》弄得灰头土脸的梁启超听说后高兴得不得了，他曾欣喜地对别人说：“数年前革命之说遍天下，自预备立宪之诏既颁，乃如汤沃雪。夫一诏安能有此奇效？希望心有所寄，则民气不期靖而自靖。”
在此情况下，孙中山和黄兴等人仍未气馁，决心发动新的起义，以激励人心。1909年10月，胡汉民、黄兴和赵声在香港成立同盟会南方支部，开始策划广州起义。当时，原岳王会的同盟会员倪映典打入广州新军，朱执信等人通过陆军中学堂等渠道发展了不少同盟会员。在一切准备妥当后，起义准备在1910年的2月24日（元宵节）发动。不料之前广州新军和巡警营发生冲突导致事态扩大，两广总督袁树勋怀疑有革命党人在中煽动，便下令加强戒备，并收缴部分新军的枪械弹药。倪映典见情况紧急，便下令提前发动起义，但在进攻广州城的时候遭到水师提督李淮等部阻击，结果起义在次日即告失败，倪映典被乱枪扫死。
广州新军起义失败后，正大家情绪低落之时，孙中山在欧洲给黄兴等人发电报，说正在和美国财团谈判商借巨款以继续革命，并建议在广州再次起义。1910年11月，孙中山在南洋槟榔屿召集同盟会干部开会，黄兴、胡汉民、赵声和同盟会各省负责人都参加了这次会议。会议决定再次举行广州起义，具体计划是以青年革命党志士组成一支五百人的先锋队在城内首先发难，随后联络新军、会党、民军群起响应，攻占广州，随后北进中原。
会后，各人分头准备。1911年1月，黄兴在香港成立起义统筹部，黄兴自任部长，赵声任副部长。统筹部下设八课，负责交通、调度、储备、调查等，分别由赵声、陈炯明、胡汉民等人担任课长。另外，为了制造炸弹和暗杀工具，又设立了实行部，由方声洞负责。随后，各课人员纷纷潜入广州，设立了秘密据点三十多处，各自开展活动。
这次的起义准备很充分，孙中山等人在南洋、欧美等地筹集了15万多元，购买了800多杆枪支和数万发子弹，并精选了一批年轻党员为先锋队（也就是敢死队），开始为500人，后来增加到800人，诸如为人所熟知的烈士林觉民、方声洞等人，都纷纷写下和亲人诀别的遗书（悲壮悱恻，一字一泪），以表示以身殉难的决心。另外，朱执信、谭人凤等人纷纷前往新军、民军和会党中进行联络，以作呼应。
4月8日，黄兴在香港统筹部召开发难会议，决定在4月13日举事，分十路进攻：第一路由黄兴亲率，进攻总督衙门；第二路由赵声率领，进攻水师行台；第三路由徐维扬率领，进攻督练公所；第四路由陈炯明率领，防截旗满界等等。另外，还专设放火委员，以备临时放火，扰其军心。
虽然起义日期定在4月13日，但由于从日本订购的军火尚未到齐，而另外发生了两件意外之事，一是革命党人吴镜从香港运送炸弹时被查获，二是同盟会员温生才刺杀了广州将军孚琦，这使得广州的气氛大为紧张。于是黄兴等人决定把起义时间推迟到4月26日。
但当时清方似乎已经觉察了革命党人的举动，两广总督张鸣岐和水师提督李淮都加强了戒备，巡警们也纷纷出动，在大街小巷开始盘查。这时，革命党内部发生了分歧，陈炯明、胡毅生等人主张推迟起义，而喻培伦等人则坚决主张立即起义。黄兴当时也是举棋不定，后来被喻培伦等人的情绪感动，便决定在27日下午5点半发难，并调整了进攻计划，由十路变成四路，分别由黄兴、陈炯明、姚雨平和胡毅生率领。但由于各种原因，陈炯明、姚雨平和胡毅生这三路并没有按时举行，实际上只有黄兴一路孤军作战。
27日下午5点半，黄兴宣布起义，他亲率敢死队一百七十余人，臂缠白布，直奔总督衙门。不料，张鸣岐早有准备，他听到外面的枪声后立刻从后门逃到了李淮的水师行台。黄兴等人冲进总督衙门一看，里面已是空无一人，而敢死队撤出的时候却和总督衙门的卫队及李淮的大队人马遭遇。双方随即展开激战，互有伤亡，黄兴也在激战中被打断两指。由于其它三路人马和新军会党等都没有响应，实际上只有黄兴的敢死队在孤军奋战，最终寡不敌众，敢死队大半捐躯，极为壮烈。次日，赵声和胡汉民率二百多人从香港赶到，但已是无济于事。
是役，革命党殉国遇害者八十六人，皆为取义成仁的民族英秀。难以想象的是，这些敢死队员，平时大都是些文弱书生，是各省从各种专门学校毕业的有知有志的青年才俊，但在起义中却表现极为英勇，如喻培伦胸前挂一筐炸弹，“一人当先，抛掷炸弹，防勇为之披靡”，朱执信“攻署督时，奋勇当先，迥非平日文弱之态”，还有林文、林觉民等人，都最终抛头颅、洒热血，喋血街头。据统计，这次广州起义死难者有名有姓可考者86人，其中有72人的遗骸被党人潘达微收葬于广州东郊白云山麓的黄花岗，也就是后来的“黄花岗七十二烈士墓”了。
青山有幸葬烈骨，黄花无情度春秋。真是太可惜了，这些人原本都是建设国家的栋梁之才，最终却只是作为革命小卒子而献出了自己宝贵的生命。是役后，孙中山语也曾是沉痛的说，“吾党菁华，付之一炬”，而起义领导者黄兴更是痛不欲生，赵声则在起义后不久愤然病卒。在失败的气氛下，革命一时陷入了低潮。
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