雍正五年(公元1727年)，策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能彻底平定。乾隆十年(公元1745年)噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。乾隆十九年，乾隆帝决定趁机出兵，以结束数十年未了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分两路进兵，不久就进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年，清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回(维吾尔)部首领大小和卓木企图割据，清朝出兵，在乾隆二十四年攻入喀什噶尔(今新疆喀什市)和叶尔羌(今新疆莎车县)，大小和卓木逃往巴达克山部被杀。天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年(公元1689年)，清朝与俄国订立了《中俄尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。因为当时清朝还没有平定外蒙古，所以中段的界线无法划定。雍正五年(公元1727年)，清朝与俄国签订《中俄布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河(今海拉尔河)相交处的阿巴该图，经恰克图(今俄罗斯境内的恰克图及蒙古境内的阿尔丹布拉克)，西至沙必乃达巴汉(一作沙宾达巴哈，今俄罗斯西萨彦岭)的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近2000年，中国终于形成了一个北起萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有1000多万平方公里国土的空前统一的国家。
清朝全盛时的疆域分为25个一级政区和内蒙古盟旗：内地十八省，下辖府、州、县、厅，西南几省还保留一些土司土官；盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台(外蒙古)五个将军辖区，或以驻防机构兼理民政，或同时设有民政机构，或保留一些类似土司的当地世袭首领；内蒙古六盟、西套蒙古和察哈尔，下设盟旗，与外蒙古相同，但由中央的理藩院直辖；西宁办事大臣，下辖厄鲁特二十九旗和玉树等四十族土司，前者用蒙古盟旗制，后者用西南土司制；西藏办事大臣，统辖卫、藏、喀木和阿里四地区的营、城、呼图克图领地、部族及寺院。尽管在有些政区或地区实行一定程度的自治，如驻西藏的办事大臣一般不干预其内部政教合一的制度和事务，土司的土官实行世袭，但涉及国家主权和中央权威的重大问题已经完全由朝廷掌握，如西藏与邻国的关系、军队驻防、宗教领袖的继承、内部叛乱的镇压等必须由大臣处理或者上报朝廷决定。这样的统一范围和程度是以往任何朝代从来没有达到过的。
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