明崇祯十七年(公元1644年，清顺治元年)三月，李自成军进入北京，崇祯皇帝自杀，明亡。明驻守山海关的宁远总兵吴三桂引清军入关，与清军一起，击败李自成军。五月，李自成军撤退，清军占领北京。九月，福临(清世祖)到达北京，十月即皇帝位，北京成为清朝的首都。清军分路进攻明朝残余政权和李自成、张献忠的农民政权：清军南下后，于顺治二年攻克扬州，渡长江，南京降，明福王(弘光帝)被俘。同年正月清军攻破潼关，入西安，李自成军节节败退，经商州、襄阳、武昌，李自成在湖北通山县九宫山被杀。顺治三年，清军攻入浙东，明鲁王逃亡入海。清军入闽，明唐王(隆武帝)被俘。十二月破广州，明绍武帝自杀。清兵入四川，张献忠在西清时期形势图充凤凰山中箭身亡。此后，明桂王(永历帝)与张献忠旧部、李自成余部在南方和西南抗清，张煌言、郑成功在东南沿海抗清，但抵不住清军的攻势，到顺治十六年(公元1659年)清军占领云南，明永历帝逃往缅甸。至此，除福建厦门、金门等地还在忠于明朝的郑成功手中外，清朝已经拥有明朝的全部疆域。
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康熙二十二年(公元1683年)，清军攻入台湾，郑成功之孙郑克塽〔shuang爽〕投降。次年，清朝在台湾设府、县、总兵等官，隶属于福建省。从此，长期由当地人民自治的台湾岛由大陆政权设置了正式政区。
早在元朝，已在台湾附近的澎湖岛设置了巡检司，负责这一带的海防和治安。但明朝初年将澎湖列岛的居民撤往大陆，并撤销了行政机构，所以澎湖逐渐成了以日本人为主的倭寇的根据地，福建、广东沿海的“海寇”也在澎湖、台湾一带活动。嘉靖年间(公元1522—1566年)，明朝一度收复了澎湖，并重新设置行政机构，但不久又撤销了。尽管如此，明朝对澎湖列岛的管辖一直没有放弃。万历三十一年(公元1603年)，荷兰人占领澎湖岛，明朝立即派兵将侵略者赶走。天启二年(公元1622年)，荷兰人第二次占领澎湖，到天启四年明军又将他们赶走，并长期驻守，直到明末。
台湾岛与大陆的联系一向非常密切，在明代已有不少大陆人移居台湾，从嘉靖开始，大陆的“海寇”林道乾、颜思齐、郑芝龙(郑成功之父)等先后在台湾建立了自己的政权。明朝虽然没有在岛上设立行政区，但明军在追剿“海寇”时不止一次进入台湾，并一直将台湾及附近海面列为军事防区。荷兰人第二次被从澎湖驱逐后，就转入台湾，侵占了台南一带。1626年(明天启六年)，西班牙人侵占了台北一带。当时，郑芝龙在台湾中部的北港一带建有政权，本地的部族大多由自己的首领治理。1642年(明崇祯十五年)，趁郑芝龙的活动转向大陆之机，荷兰侵略者独占了台湾。1661年(清顺治十八年)，郑成功在大陆抗清不利，决定改以台湾为基地，因此从厦门出兵，驱逐荷兰侵略者。次年初，荷兰侵略者投降后退出，郑成功与子郑经在台湾和澎湖设置了三个安抚司和下属的府、州，建立了继续忠于明朝的地方政权，直到1683年(清康熙二十二年)。
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