尼采从让他失望的艺术转向科学和哲学去寻找栖身之地。历经狄奥尼索斯的热情和特里布斯镇以及拜洛伊特的躁动狂热之后，科学的阿波罗的凉爽之风使他清醒过来。哲学为他“筑起了任何暴政都难以逾越的高墙”。他像斯宾诺莎那样力图审视内心的激情以求得宁静。他说我们需要“情感的化学反应”。在《人性的，过于人性的》（1878—1880）一书中，他成了一个心理学家，像一个外科医师一样干脆利落地分析解剖了内心的温情和最为珍贵的信仰。在反思中，他勇敢地将这一切归于令人反感的伏尔泰名下。他将自己的几卷著述送给瓦格纳，回赠的却是《帕西法尔》。从此他俩再也没有往来。
1879年，在正值壮年的时候，他的身心却一下子垮掉了，濒于死亡的边缘。他毫不在意地准备迎接生命的最后时刻。他央求妹妹“答应我，我死后只让我的朋友立在我的灵前。我不需要那些好事之徒。在我不能保护自己时，不准牧师戳在我的墓前，念叨那些谎话连篇的祷辞。让我作为一个诚实的异教徒进入墓穴吧。”但他后来又康复了，英雄的葬礼只好延期了。经过这场大病，他懂得了珍视自己的身体，喜欢上了阳光、生命，爱上了歌声、笑语、舞蹈和《卡门》中“南方音乐”，并获得了坚强的意志，获取了反抗死神的勇气。即便在生活中经受苦难时也要积极肯定生活的甜蜜。他渐渐领会了斯宾诺莎欣然顺从自然规律和人类命运的哲理。
从他这时几本书的标题——《曙光》（1881）、《快乐的科学》（1882）——可以看到他在令人惊喜地康复着。书中的语调与以后的著作相比，口气更为温和，更为亲切。他靠学校给他的勉强能糊口的年金过了一年宁静的生活。然而就在这时一向据傲的哲学家却变得有些脆弱多情，一下子陷进情网，无法自拔了。但是，路易·莎乐美并未回报他的爱情。因为他的目光太敏锐太深沉，让人害怕。而保罗·莱则没他那么可怕，于是就成了帕吉罗医生，尼采则重复了德·缪塞的命运。尼采绝望地逃走了，留下大量攻击女人的格言。实际上，尼采天真热诚、浪漫多情、温文尔雅到了极致的地步。后来他之所以攻击温柔敦厚，是因为试图铲除使他蒙受了可怕的欺骗，给他留下难以愈合的伤口的那种道德。
路易·莎乐美
尼采通过其挚友哲学家保罗莱结识了这位叫他不能自制的女性。
现在他孤身一人，无依无靠。因为不能沉默不语，与世人相处也就不容易。他对世上的男女充满了厌恶，一心祈求着人类被超越，于是他穿过意大利攀上阿尔卑斯山的山巅。那寂寥的山巅激发了他创作那部惊世骇俗之作的灵感：
我坐在那里，等待着虚无，
在善与恶的对岸，
时而与光明为伍，时而与阴影为伴，
只有白昼、湖泊、午辰，与无尽的光阴，
这时，我的朋友，突然之间一分为二，
查拉图斯特拉走过我身边。
此时他的“灵魂升腾而起占据了四周的空间”。他找到了新的老师——佐罗亚斯特，波斯教的鼻祖。他找到了一位新的神——超人和新的宗教——永恒轮回。他现在可以引吭高歌了。在灵感的感召下，哲学升华进入诗的意境。于是尼采写了《查拉图斯特拉如是说》一书（1883），并在“瓦格纳在威尼斯辞世的那个神圣的时刻”写完了本书。这是他对瓦格纳的《帕西法尔》的斩钉截铁的回答。可是《帕西法尔》的作者却已死去了。
尼采知道这就是他的不朽之作。“这是一曲流传千古的诗文”，他后来又写道，“别的诗文怎么也不能与它相提并论。汇集所有伟大的心灵的精力也不能创造出这么一部杰作。汇集世间全部智者的精神和善行也别想写出能与查拉图斯特拉的言辞相媲美的片语只言。”这话虽过于夸张，但是该书确实称得上是19世纪的杰作之一！十分不幸，尼采在印行时遇到了很多麻烦。出版商因忙着赶印50万册赞美诗，后来又出了一系列的反犹太的小册子而拖延了该书第一部分的印行。随后他从经济角度考虑，觉得无利可图，便以该书最后一部分言之无物为由，拒绝印行。于是尼采不得不自费出版。这部著作卖了40册，送友人7册，只有一个人表示谢意。没有人对此书称颂。还没有人这么孤独过。
而立之年的查拉图斯特拉，就像他的波斯原型亚斯特一样，从他沉思的山巅来到世间向人们布道。然而人们却转过脸去看走钢索的表演。表演者从钢索上掉下来，一命呜呼。查拉图斯特拉把他的尸体扛在肩上，带去了荒郊。“你以危险为业，因此我要亲手将你埋葬。”
一定记住不要相信别人。查拉图斯特拉从山上下来时，遇见一位隐居的老者要向他讲起上帝。但是当查拉图斯特拉独处时，他这样想：“真有可能吗？这位森林中的老圣徒竟然还没听到上帝已经死了的消息！这是真的，上帝确实死去了，所有的神都已死去了。”
查拉图斯特拉是公元前6世纪伊斯兰教和波斯教以前一个宗教的创始人，他从人世间善行和恶行势均力敌的原则出发，提出了永恒惩罚的思想，并以此改造了雅利安人的民间宗教。
过去的那些神祗早已死去，这对它们而言，确实是一个美好而愉快的结局！
他们并不是在黄昏的暗淡中苟延残喘而死去的，虽然谎言这样宣称！恰恰相反，他们是在久远的以前大笑而死的！
那时有位神毫无诚意地说了一句侮辱神明的话，“只有一个上帝！在我面前，你们不应信奉另外的上帝……”
一位老朽狡黠髭髯飘飘的神，一位尚求绝对忠诚和尊奉的神，竟这么忘乎所以。
于是所有的神都哄堂大笑，他们高声叫喊着，连座椅也随着震动：“尊神明不就是说只有众神，而没有上帝吗？”(www.xing528.com)
凡长耳朵的，都来听一听吧。
查拉图斯特拉如是说。
尼采在他40岁的时候完成了《查拉图斯特拉如是说》，借查拉图斯特拉之口道出了自己的基督教观，并惊世骇俗地提出了“上帝已死”。
多么痛快淋漓的无神论调！“没有众神不正是尊奉神明吗？”“假若存在上帝，那还能创造什么呢……？假若存在上帝，我又怎么能够忍受自己不是上帝呢？所以上帝是不存在的。谁能比我更不尊神明呢？假若有这样的人，我愿聆听他的教诲。我恳求你们，各位兄弟，忠实于大地吧，不要相信别人谈论虚无飘渺超越大地的希望吧。无论他们有意还是无心，他们都是投毒杀人者。”昔日众多与世不苟的人究竟还是吞下了这甜蜜的毒药，好像它是生命中不可缺少的麻醉剂。一群人们认为优秀的“上等人”汇集在查拉图斯特拉的洞府里准备去传播他的教义，可是当查拉图斯特拉离开了一会儿，回来时看见他们竟然在向“那个仿照自己的形象——也就是愚蠢到极点的形象——创造了这个世界”的蠢驴烧香顶礼膜拜。这还不是启示，不过书中接着说：
善恶的创造者首先必须是真正的破坏者，必须将所有的价值观念撕得粉碎。
所以，最大的恶蕴藏在最大的善中。当然那是创造性的善。
无论我们所说的多么邪恶，世上最聪明的人们，都让我们接着说出来吧。沉默就更加邪恶，所有没有说出来的真理都是毒酒。
在我们的真理之上要毁灭的，让它毁灭吧！我们还有许多房屋要构筑呢。
查拉图斯特拉如是说。
如此亵读神明，大为不敬吗？可查拉图斯特拉抱怨说“没有人知道如何敬神了”，他自称是“不信上帝的人们中最虔诚的”。他渴望信仰、同情，“一切如我一样在厌恶中遭受折磨的人。对他们而言，以往的上帝已经死了，而新的上帝还在襁褓之中”！于是他喊出了这个新上帝的名字：
“所有的上帝都死去了。我们只希望超人降临这个世界……
我告诉你们什么是超人，人最终将要被超越的东西。你为超越人做了些什么……
人的可爱就在于他是过渡，是毁灭。
我爱那些只知道在毁灭中生活的人，因为他们正在超越自己。
我爱强烈的鄙视者，因为他们是伟大的崇拜者。他们是渴望射向彼岸的长箭。
我不爱在星球之外寻求毁灭和牺牲理由的人 而爱为使这片大地终有一天成为超人的王国而献身的人。
决定人类目标的时刻已经来临。播下人类最高希望的种子的时刻已经来临……
尼采好像预料到每一个读者都会自认为是超人。于是他直率地告诉人们说超人还没有诞生。我们只是超人的先驱和产生超人的泥土。“不要奢望自己能力所及之外的东西。不要为美德而去做力所不能及的事情。不要要求自己去干不能胜任的事情。”幸福不属于我们，它只属于超人。我们最伟大的目标就是工作。
尼采依照自己的形象创造了一个上帝，但他并不因此而满足。他还要使自己永垂不朽。创出超人之后他又提出了无尽的轮回说：万事万物都会以本来的模式无穷无尽地循环往复。连他本人也会再度重来。铁血和忏悔的德国将会再度出现，人类内心的苦痛，从愚味无知到查拉图斯特拉的整个过程将会重演。历史从这场不可避免的轮回中又会展开它曲折的路途。带我们进入这个境地的是决定论。难怪查拉图斯特拉不敢给我们讲他的这最后的教诲。他胆怯了，浑身颤抖了。他畏缩在那里，直到听见一个声音对他说：“你害怕什么呢，查拉图斯特拉？讲完你的话便粉身碎骨吧！”
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