宋代的文化发展经过了北宋相对较长时间的安定和统治集团对士大夫的优容后，进入了另一个重要的时期—南宋。北宋的文化大师们开创的文化传统，继续在历史的隧道里翩然前行，书院经过宋初的发展高潮和北宋后期的沉寂，在南宋走上了一条宽广繁荣的道路。
北宋末，一方面社会政治危机四伏，另一方面社会经济经过了一个半世纪的长足发展，进入了空前的繁荣，“夜市至三更方散尽，市集五更已开张，商旅车马竟日不绝”。这种繁盛的景象从张择端的《清明上河图》画卷和孟元老的《东京梦华录》笔记中可以清晰地领略到。
宋徽宗本人喜欢书法、丹青、音乐、诗词、图书、古物、花石，有着类似李后主那样的艺术天赋，是历史上有名的风流天子，他的声色犬马纵容了他周围那些奸佞邪恶的大臣，由经济繁荣而催生的腐败，使北宋王朝迅速瓦解。
两宋交替之际，徽宗和钦宗被掳，新即位的皇帝在金兵的步步进逼下，踏上了历时十二年的南逃之路。绍兴八年（1138年），宋高宗正式建都于临安，即现在的杭州。绍兴十二年（1142年），官府才开始兴学，将临安府学扩修为太学。次年，各州县学才逐渐建立。但由于南宋是一个偏安的小朝廷，投资教育的财力十分有限，不可能满足社会各方面对人才的需求，也不能满足国民对教育飞渴求。所以，南宋期间官学的影响非常有限，心有余而力不足的政府，只能寄人才希望于书院，对书院的发展采取支持的态度。大量书院开始重建。
同时，南宋时期的印刷技术已经相当发达，图书出版业很红火，出现了许多书局。书籍的大量流通，使从前不知书为何物的乡村子弟都有了读书的机会和要求，乡村书院大量出现。因为州县要设立学校，需要办理的批复程序很复杂，而乡村书院是当地有贤德的士大夫为张扬本土的学风而建，只要有人带头，后继者便会以他为榜样，使办乡村书院成为一种传统，因此，乡村书院在数量上往往很多，所制定的办学规章也往往比州县学更为完备和不那么功利。所以，民间的力量为书院的发展起到了很大的推动作用。
南宋时期，历高宗、孝宗、光宗、宁宗、理宗、度宗、恭宗、端宗、卫王，共九个皇帝153年，这段时期书院总数为442所，是北宋书院总数的6倍，是唐、五代、北宋共500余年间，所有书院的总和的3倍。
南宋书院的发展，以宋理宗时期最为繁荣，理宗是较有作为的一个皇帝，史书中有降其亲政后的一些改革称为“端平更化”。他采取了宽松的文化政策，允许学者自由讲学，建立理学宗庙，对有作为的地方书院，或赐田，或赐书，或题名褒奖，还给部分书院山长封官。这之后，著名书院很多，据《续文献通考》记载，有应天明道书院，苏州鹤山书院，丹阳的丹阳书院，太平天门书院，徽州紫阳书院等等。这些书院在办学的规模，培育人才的数量及学术研究的深度方面都有不俗的成就。宋理宗时期所建书院，占整个宋代书院的一半。
南宋时期书院以江西、湖南、浙江、福建四省最多。南宋书院不仅数量大为增加，而且书院的规模越来越大，各项功能越来越完备，人文景观也营造得越来越好，形成了研究、讲学、藏书、刻书、祭祀、学田六大规制。
南宋是书院发展史上最重要的一个历史时期，它的最大特点是在学术大师的指导下，书院作为一种文化教育制度得以完全确立，主要表现在两个方面：
一是书院与理学的一体化，南宋的学术大师们，承唐代书院整理典籍，辩彰学术之绪，以书院为基地，各自集聚大批学者，努力经营自己的学派，集成学术成就，将学术与书院的发展推向一个前所未有的辉煌时期，并由此开创出一个书院与学术一体化的传统。从此，书院作为一种组织，成为推动中学术事业发展的重要力量。
二是书院教育制度得以完全确定，它不仅吸取了官学与私学的经验，而且采纳了佛教，尤其是禅宗丛林精舍，以及道家宫观传法讲学的经验。书院制度的形成，标志着我国教育事业进入了官学、书院、私学三轨并行的时代。可以这么说，南宋开创了书院历史的新纪元。(www.xing528.com)
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