完成前期的基础建设和建立了相应的组织架构之后，中心的两项基本任务是人员的聘任与评价，以及创新人才的培养（不少中心还开展本科生培养）。“2011计划”特别突出“人”的因素，中心的培育工作要把人才放在第一位。人才队伍发展的新模式特别是研究人员的聘任与激励机制创新是体制机制改革的核心内容。
（一）重视研究人员（PI）的队伍建设
中心要围绕重大的科研任务组建团队，需要统筹整合各协同单位优秀人才，为此多数中心采取“人员流动不调动”的双聘制度。多家中心聘用的协同单位人员在原单位享有的薪酬待遇不变，中心还另外发放津贴。中心对双聘人才的评价方面采取了倾斜政策，即双聘人才的绩效在两个部门（中心和协同单位或校内所在院系）都得到承认，进行重复的计算。例如，东华材料中心有相对独立的人事权，校内院系或协同单位的研究人员进入中心后，编制放在原单位，考核在中心。
协同创新中心促进了政产学研人才的双向流动。为了支持协同创新中心的培育工作，上海市教委积极推进“旋转门”制度，鼓励高校保留3%的编制额度专门用于支持教师流动到企业、政府、学术机构，人事聘用关系保持不变。多个中心积极鼓励研发人员，例如以科技特派员的身份到企业工作一段时间。东华材料中心的一位团队负责人的引进还得到企业（中国商用飞机有限责任公司）的帮助。多位中心负责人认为，人才只要有过企业的经历就是校企间的流动。例如，同济汽车中心特别注意引进了不少曾在企业工作的人才，多位引进人才都曾在国内外大企业工作过。另外，中心的一些教授正在带领学生孵化企业，人事关系虽然没有出来，但是，显然在从事科技创业活动。
（二）重视实验技术员的队伍建设
现代科学研究不单纯是理论研究，需要依赖于先进的科研设备设施和大量的实验探索。先进的科研设备在科学研究扮演越来越重要的角色，“研究设备不仅影响研究课题的选择，而且会影响到研究的组织安排”[33]。实验技术员不仅为设备运行提供技术保障，特别是在超高温、超高压、高真空、强磁场、超低温等极端条件进行实验时，还为样品制备加工等提供了技术支撑。
中心大都充分认识实验技术员在提高科研效率中的重要作用。虽然实验技术员的工作并不需要高学历，但是实验技术员的培养周期长，要保持队伍的相对稳定。[34]多个中心招聘硕士毕业生担任承担实验技术员的工作，但是，高校一般要求新进人员具有不低于博士层次的高学历，在大城市还存在着硕士学位毕业生的户口问题。
（三）探索研究生教育的改革(www.xing528.com)
中心都正在努力开发较为详细的、能结合本中心科研领域的研究生培养方案和课程体系。不少中心积极与企业联合培养学生，并为此专门配备了专业硕士的招生名额，如东华材料中心与中国商用飞机有限责任公司联合创办“商用飞机拔尖创新人才实验班”。一些中心为研究生的培养专门配备“产业界＋学术界”的师资团队。
课程体系的建设是一项长期的工作，中心需要与相关院系、协同单位合作努力，建设起跨学科的课程体系。协同创新中心应加大力度促进前沿的科研成果甚至尚在研究的科研工作转化为课程教学的内容；设计理工科类的基础性实验课程体系，培养研究生的基本实验操作技能；增设创新创业方面的课程，培养学生的创业能力和创业意识。
研究生教育的本质就是科学研究，要注重在重大项目的研究过程中培养学生。多个中心大幅度地提高博士生生活津贴，以激励优秀学生攻读博士学位。某所985高校的一个中心认为，“博士生的重要作用是研究，应把博士生看成团队的重要成员（工作人员），而不能纯粹看成学生。现在博士生每个月2 000元左右津贴，无法吸引优秀学生”。该中心现在要给高年级博士生较高的生活津贴，科研工作量足的，其津贴接近硕士毕业生在企业工作的年薪。不少中心还为创新能力强的研究生创造更多的自主科研机会，如设立研究生科研创新基金，资助优秀研究生特别是优秀博士生的学位论文研究，科研经费额度从3万—10万不等。
以往国内高校组建跨学科研究中心时，研究生事务管理方面（包括奖学金评定工作）出现了“研究生院不管、相关院系不管、中心不管”的现象。为了避免这“三不管”现象，协同创新中心招收的研究生和流动到中心学习和科研一个学期以上的研究生，应都由协同创新中心统一管理。
（四）从重物质激励到重精神激励
多位中心负责人期望，各项改革措施实施后，要能保证研究人员只要做好科研，就有相对较高的收入。现在多数中心已经专门给研究人员提供数额不低的中心津贴。他们也认为，不能把人才激励措施简化为物质激励（薪酬激励）。管理学的研究业已发现，挑战性任务、自主权、教育和发展机会更能激励专业人士。[35]改革开放以来，国内许多地方、许多单位在改革与发展中形成了一种说法：“感情留人、事业留人、待遇留人”。如果这种说法与中心的培育工作联系起来的话，那么“感情留人”与中心领导、公正公平的制度有关；“事业留人”与中心的科研方向、科研实力、科研活动有关；“待遇留人”涉及个人的薪酬。这个说法是把体制机制的改革、工作氛围的营造摆在了第一位；薪酬待遇排在第三位。
我国高校等事业单位的科技人才的薪酬长期以来相对较低，近年来随着各界高度重视高层次科技人才队伍的建设，科技人才的薪酬在多数高校已经有了较大幅度的提升。各地吸引高层次人才的人力资源费用越来越高，不少中心的运行经费也有相当的比例用于人力资源。要避免“学术明星”得到多重资助：从政府部门的人才计划得到资助；其次从中心建设经费中获得人才引进资助；再次目前政府允许科研项目经费有一定比例（纵向项目大致为15%、横向项目大致为40%）的经费可用于劳务费。我们建议，对于一个团队来说，从科研项目中提取的劳务费总额应有封顶的额度，否则研究人员就会仅仅重视科研项目的申请和相应的物质激励，而把科研任务本身放在一边。中心也需要注意“中心培育”与“人才计划”间的区分，避免“中心建设”成了“人才引进计划”。
有位校领导认为，“人才引进”与“中心建设”是种子与培育环境之间的问题：“不是什么好种子拿来就可以生存，我们要注意培育好环境，适宜的气候、土壤才是决定未来长久发展的关键因素。这不是三年五年就可做到的，而是一个长期的细致的工作，不是开一次、两次会就可以解决的。”前面提到的教师聘任与评价制度等方面的改革具有艰巨性，中心可以先行先试一些容易实施的体制机制改革，例如，采取“学术休假”、“学术访问”的制度支持教师到本校或国内外合作院校或的中心，或者企业花半年或一年时间，以帮助中心的双聘教师处理好科研工作与教学工作间的矛盾。再如，要求中心定期举办学术会议（例如，每年一次的全国性或国际性学术会议应该成为中心的硬性任务），使得中心成为汇聚国内外相关研究领域的高层次人才的场所。中心成为大型仪器设备开放性使用场所、创新创业人才集聚的高地，自然会吸引更多优秀人才的加盟。
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