现代大学创设了越来越多的新型部门，这些部门比传统的院系更加容易跨越旧的大学边界，与校外的各类机构相联结。大学治理已经进入一个碎片化时代。这些部门相当多样化，有社会化的后勤公司；有与大学的教学功能有关的继续教育学院、网络教育学院（或称远程教育学院）、独立学院；有与大学的科研功能有关的技术转移中心、科技园，以及本文所研究的跨学科研究中心，等等。这些部门中的多数是在大学的校园区域中存在，像是大学的附属部门，但是却有着不同程度的独立性。例如，“独立学院”的名称就明确表明了该类学院的独立性，甚至它们常常不处于大学本部所在的区域。许多部门从成立之初，与大学的附属关系在发生演化。例如，网络教育学院原先是属于大学，但是随着规模的扩张，开始半独立于大学或者甚至公司化，再后来，由于网络教育市场的不景气，一些被撤消，另一些纳入到大学的继续教育学院。
（一）研究中心导致大学治理进一步碎片化
下面我们论述跨学科研究中心这一组织创新在提升大学科研能力和学术声誉的同时，会导致大学治理的进一步碎片化，具体表现为以下几个方面。
一是，研究中心承担了重大的科研项目，吸引了大量的科研资金，大笔资金的到来让大学不得不改变一些传统的规定或做法。资助方以及吸引大笔资金到校的教授开始在学校发展上有更多更大的发言权，跨学科研究中心也要求分得一定的治理权力。许多大学设置的跨学科研究中心大都直接向学校汇报，是“处级单位”。例如，科技部颁布的《国家重点实验室建设与运行管理办法》规定：“重点实验室是依托大学和科研院所建设的科研实体，实行人财物相对独立的管理机制和‘开放、流动、联合、竞争’运行机制。”[21]教育部的《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》规定，“重点实验室是依托高等学校具有相对独立性的科研实体，依托高等学校要赋予实验室相对独立的人事权和财务权，为独立的预算单位，在资源分配上，计划单列，与院、系平行”[22]。
在走访多个跨学科研究中心（“985工程”科技创新平台）时，我们发现真正跨越若干个传统院系的研究中心，其独立性越强可能会更好的运行。但是，如果一个研究中心的主要组成人员来自某个学院，而该学院的大部分教师也是该研究中心的成员。就是说，该研究中心主要依托于该学院建设的。如果该学院院长不同时兼任研究中心主任，如果还是强调研究中心的独立性，那么，这种学术权力的分散很容易造成相互牵制甚至“斗争”的现象，一些决策无法真正落实。
二是，许多研究中心要求分得一定数量的专职科研岗位和行政岗位。有时，这些要求往往不是研究中心所提出的，而是资助方（例如，政府或企业或某基金会）同意资助建设跨学科研究中心的规定性条款。
三是，聚集了一批高端人才和博士后人员，并聘用了大量的合同制管理人员和技术人员。以某大学生物医学院（“985工程”科技创新平台）为例，从海外引进的22位PI中绝大多数在海外知名大学获得博士学位，或有博士后经历，或有教学科研工作经历；与校内其他院系“双聘”的23位PI中的大部分也有类似的学术经历。
四是，研究中心与社会、产业界建立广泛的联系或联盟，社会人士、企业家开始就研究中心甚至大学的运作发表意见。(www.xing528.com)
五是，研究中心成为学校的“形象代言人”，以及政府官员视察、国际交流的窗口。
（二）研究中心的组织文化特征
由跨学科研究中心所引发的大学治理碎片化不仅表现为权力的分享，还表现为研究中心与传统院系之间的组织文化差异。研究中心和传统院系在各自的内部治理模式上，表现为前者更为科层化，后者更多强调治理权力的分享或者说是“学院模式”（collegiate mode）。具体来说，表现为以下几个方面的不同。
一是，领导人的确定。研究中心的领导人可能是创始人，他们（可能是一位或若干位教授）最初为了开展一个比较大的项目研究而带领多位教师形成一个研究小组，然后得以建立一个稳定的组织。我们发现，这样的研究中心往往比较顺畅的运行；而且，领导人的任期一般都比较长。相比较，院系的领导人是通过教师们的投票选举产生，或者是校领导根据民意而确定，他们的任期大都为三至八年。
二是，部门内部的治理委员会成员构成的不同。院系往往有多个由本院系教授组成的委员会来决策，例如，招生委员会、课程委员会、教师岗位聘任委员会等。研究中心也有类似的学术委员会，并且规定了重要事项由学术委员会做出决定。但是，多数学术委员不是研究中心的常驻成员，而且，学术委员会会议每年只召开一次或两次。这样，很明显地，研究中心的运作情况很大程度上依赖于领导人的管理能力。
三是，决策文化的差异。研究中心领导人如果是创办人，那么他们就既有权力，又有权威；很多决策依靠他们做出。领导人具有的领导素质（有远景、组织能力、交际能力、耐心以及对组织的承诺）是研究中心顺畅运行的重要保证。一般地，研究中心领导可以具体地介入中心成员的研究进程，而院系领导不会详细地指导一位教师的课程教学或者科研工作。
著名高等教育研究学者伯顿·克拉克在20世纪90年代末研究了欧洲的多所创业型大学之后指出，（跨学科）研究中心是一种较为特殊的大学新部门，十年来数量猛增，规模也较大。研究中心成为学术活动组织的第二种主要方式，人们期望跨学科研究中心能和传统院系并肩成长。这些研究中心，把校外许多试图解决经济和社会发展中很多重要实际问题的人的研究方向带进大学。跨学科研究中心跨越老的学科界限，在院系和外部世界之间处于中间地位。[23]
通过国别比较研究，我们发现在欧美各国这种附属于大学的、多方参与组建的跨学科研究中心确实越来越多。例如在美国，纽约州、德州、加州、宾州等多个州政府投入巨资支持公立研究型大学与产业界共同创建巨型的跨学科研究中心。这些巨型的研究中心在区域创新体系中发挥着核心作用，同时这些处于“中间地位”的研究中心相对独立于所在学校，即一般不必向负责校内学术事务的教务长汇报，而直接向大学校长和州级科技行政管理部门汇报，具有一定的独立性。而独立性正是跨学科研究中心导致国内外大学治理进一步碎片化的核心性质。
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