《促进跨学科研究》报告中把美国科研资助机构支持跨学科研究的资助方式分成三类：资助创新项目（Support for Ideas and Initiatives）；支持研究生、博士后、教师从事跨学科研究（Support for People and Programs）；支持成立跨学科中心或者置备科研设施（Support for Institutions and Facilities）。[30]
美国国家科学基金会（NSF）官方网站设立栏目回答学者们申请跨学科研究时的一些提问。[31]该网站列出了支持跨学科研究的几类资助方式：
（1）征集的跨学科项目。许多NSF的指南项目都是明确为跨学科研究项目，通常要涉及多个学部。近几年NSF资助的跨学科研究项目有：水资源可持续利用和气候变化、宏观系统生物学，等等。
（2）与国家利益有关的重要领域。这通常是NSF与其他联邦部门合作的项目，这些项目大都是跨学科的研究项目。例如有：国家持续发展所需的科学、工程和教育；网络和信息技术研究与发展；国家纳米技术计划。
（3）竞争性申请的中心计划。NSF所资助的研究中心大都是跨学科的。例如，有学习科学中心、科学与技术中心等计划。(www.xing528.com)
（4）非指南的跨学科研究。NSF欢迎非指南中的跨学科研究项目申请书。NSF承认，没有一个天然的“家”适合每一个跨学科研究申请书。通常这样一份的申请书递交到一个主要的项目办公室（也就是中国各类项目申报指南中提到的学科“就近原则”），当然最好是由多个项目办公室共同组织评审。
（5）教育与培训。例如，“研究生教育与科研训练整合计划”（Integrative Graduate Education and Research Traineeship Program）。
（6）跨学科的会议与研讨班。
在组织架构上，美国国家科学基金会下设数学与物理学部、生物科学学部、地球科学学部、工程学部、社会行为和经济学部等几大学部，没有专门设置支持跨学科研究的学部。考虑到一些从事跨学科研究的申请者不知道向哪个学部申请项目资助，NSF有一个信息部门专门把一些跨学部的、跨学科的研究项目信息（Crosscutting and NSF－wide Active Funding Opportunities）集中起来展示。[32]申请者可根据这些信息，然后联系与其科研项目最接近的学部，协商具体的申请方式。各个学部都会支持跨学科研究，例如，工程学部的工程研究中心（ERC）项目就是其中典型的跨学科中心项目。社会行为和经济学部设有专门的多学科活动办公室，以协调和支持跨学科研究项目。对于一些大型的跨学科研究项目，该办公室还会提供额外的资助用于学者们之间的交流。[33]
跨学科研究项目的管理人员需要有跨学科研究的背景。《促进跨学科研究》报告认为，国防部先进研究项目局（DARPA）管理跨学科研究的做法值得效法。国防部先进研究项目局的科学处聘请高水平的项目管理人员，他们来自多个学科，对国防科技进展相当熟悉，一般他们会在此工作4—6年，以保证项目研究的稳定性。他们确定（跨学科的）研究项目，选择项目的研究团队，并跟踪研究进展。[34]
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