跨学科研究在很多情况中确实是应用导向的，即偏向应用研究。正如前面所下的定义，跨学科研究还会产生人类认知方面的突破，而不仅仅只是实践上的进展。因此，不能把跨学科研究等同于应用研究，正如不能把“学科研究”等同于基础研究。
近几十年来，基础研究也具有应用导向的性质。我国学者樊春良研究了百年来各国的基础研究政策演变，认为基础研究与应用研究难以截然划分，也不能加以对立起来。“进入20世纪90年代，基础研究自身的活动特点以及外部环境都发生了变化，这对基础研究政策提出了新的要求，关于基础研究与国家目标之间的关系的激烈讨论广泛出现，按国家目标调整基础研究政策是90年代以来科技政策转型的一个集中体现。”“加强基础研究和国家目标之间的联系实质上是促进整个研究体系的协调发展，保持有目标的计划和自由探索之间的平衡，有指导性的研究或按国家目标支持的研究与研究者个体按学科发展提出的研究之间的平衡。其中，使两者联系的是保持基础研究的高质量。”[15](www.xing528.com)
我国学者周寄中认为：“科学与技术具有协同和共生关系的特点在今天表现得十分明显，这在生命学科和信息学科这两个学科尤其如此，而恰恰是这个学科成为当今的带头学科。从更广阔的视野看，学科交叉不仅体现在各门学科之间的交叉上，也体现在科学与技术两大门类的交叉上。”[16]
我国学者柳卸林认为，近二十年来，全新的技术很少出现，但是技术的交叉融合而产生的创新却很多。他指出，跨产业技术的交流一方面促进了跨学科的合作，如：机械和电子融合形成机械电子学，导致数控机床的出现；光学和电子学融合成为光电子学，导致光纤传输系统的出现；生物技术与农业等的交融引起了健康、农业和食品技术的巨大变化；微电子、信息和通信技术不断引起产品和服务的变化，还引起了制造业以及其他一些经济活动如运输、金融等方面的组织和管理的巨大变革，等等。另一方面则使以前界限分明的一些概念之间的边界模糊起来，如科学和技术之间，技术和技术之间，产品技术和工艺技术之间，研究和开发之间，基础研究和应用研究之间，技术研究和产品商品化之间，等等。因此，对科学和自由交叉的探索重新成为创新的重要发源地，甚至可以认为，现在已经进入跨产业技术创新的时代。所有这些整合、模糊、创新为共性技术的发展提供了根基，也为共性技术的研究提出了新的要求。[17]
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