国外学者吉本斯等人合著的《知识生产的新模式》区分了“知识生产模式1”、“知识生产模式2”这两个概念。模式1是以学科和大学为中心的、传统的知识生产模式。模式2是当下出现的一种新的知识生产方式，伴随着知识经济这一背景。模式2具有这样一些新特征：一是，知识生产具有更多的应用性质；二是，知识生产的过程源于实践性问题的出现，具有跨学科的性质；三是，知识生产的参与者多样化，具有社会弥散性和异质性，企业、政府部门等参与知识生产；四是，社会问责过程与知识生产过程交织在一起，从研究主题的确定、研究问题的优先次序、研究成果的转化与传播等，利益相关者都要参与进来；等等。[12]从这些描述的特征来看，“知识生产模式2”与本书的“跨学科研究”在概念上可以等同。
同时，我们也要认识到“跨学科研究”并不排斥各个学科的专业研究，事实上前者需要后者。从另一个角度来说，这也许是“跨学科研究”的悖论。华勒斯坦等学者在《开放社会科学》一书中指出，“无疑，我们并不主张废除社会科学内部的劳动分工，这种分工或许还将以学科的形式继续存在。学科可以起到锻炼头脑、疏导学术能量的作用。”[13]
总之，现代科学研究中的前沿研究都属于跨学科研究，对于学者个人来讲，跨学科研究其实是走向了更为细化的科学研究，并不是扩展了研究的领域，而是对某个实践问题或者前沿的学科问题进行了更为深入的研究。美国耶鲁大学一位华人教授告诉我们，当代的前沿学术研究中，只有在先开展了深入的专业研究之后，才会有跨学科交流和合作的必要。学术研究就像是挖井，如果挖得深，那么一口深井与另一口深井的沟通就很有意义。如果某些学者把挖井的工作变成挖一个池塘或者随处挖一挖，那么就不存在沟通的必要。他个人认为，中国国内的科学研究工作者要学会先深挖井。英国牛津大学麦克米伦指出：“（牛津大学）大部分学院都包含了大学中的大部分学科。但是，多学科并不意味着它们便具有交叉学科的性质。事实上，那些所谓交叉学科最强的学院的学术重点相对较窄，而这些学院的学术声望也最高，特别让人印象深刻。”[14](www.xing528.com)
“跨学科研究”不等于“大科学”，前面我们提到个人通才式的研究也属于跨学科研究。事实上，“大科学”只是少数，例如，20世纪末的人类基因组研究计划、21世纪初的Higgs粒子探测计划属于大科学研究。每所研究型大学可能只会有若干个真正意义上的大科学平台，例如纽约州立大学奥尔巴尼分校的纳米科学与工程学院（CNSE）属于大科学平台。
“跨学科研究”不是把一些相关学科研究人员“集聚”在一起，也不是把一些相关学科的成果“汇总”起来，而是需要有真正的多个学科交流的过程。跨学科研究应在于过程，而不是申报、结项时的“跨学科集聚”。我们建议，政府科研资助部门和大学都要充分地认识到“小科学”存在的意义，充分地设置鼓励个人探索的竞争性科研项目。各方不必将事实上的“小科学”综合成所谓的“大科学”，避免各种“杀鸡取蛋”的方式。
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