明治政府完全废除了江户幕府的文化政策，全盘吸收西洋文化、西洋文明。这一举措几乎能从根本上改变当时人们的生活方式，围棋也不再是国技，支撑棋手生活的围棋制度也不复存在了。可以说本因坊、井上、安井、林这棋院四家的家元制度事实上也是名存实亡了。但是这四家的后继者们并不囿于旧的幕藩体制，而是把握时代契机，在明治12年（1879年）创立了方圆社。方圆社采用塾生制度（类似私塾教学），培养出了众多名家，在明治和大正时代的围棋界，他们发挥着中流砥柱的作用。方圆社发行的《围棋新报》，直至大正13年（1924年）停刊。他们还向东京府请愿，发行段位证书。这也可谓围棋界的一大改革，因为在这之前段位证书是本因坊家家元的专售特许。
明治和大正时代还在继续下围棋的是当时的围棋指导者们及文化人，他们也是支援方圆社等围棋社团的主力。19世纪末20世纪初，新闻报纸的发展也是围棋振兴的一大推动力。那时成立了关西围棋研究会。大正时代，方圆社因聚散离合而衰退了。
大正12年（1923年），围棋界欲计划设立中央棋院，然因内部纷争，处于分裂状态，这一计划最终搁浅。
同年9月，关东大地震发生了，这使得各个团体都陷入了财政困难。
这一事件后，围棋界走向团结，但是没有财政来源，仍处境艰难。这时围棋界出现了一个救世主，便是大仓财团的公子大仓喜七郎。(www.xing528.com)
大正13年（1924年）4月，喜七郎在帝国酒店汇集代表当时围棋界的本因坊秀哉、濑越宪作、铃木为次郎等棋士，召开了棋届合同协议会。在喜七郎的财政支持和带领指导下，围棋界实现了大团结，并成立了日本棋院。此后，以日本棋院为中心的围棋界迈向了新的发展阶段。
昭和25年（1950年），桥本宇太郎将大阪作为根据地，成立了关西棋院。
战后，日本棋院和关西棋院成了日本围棋界的领头羊。在昭和时代，中国棋手、韩国旗手纷纷来日本留学，向日本棋手学习。
2014年日本棋院90周年纪念小册子
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