第一，在指导思想上，封建式的“忠君、爱国”仍是其发展教育的主旨。正如1902年《钦定京师大学堂章程》中所说：“京师大学堂之设，所以激发忠爱，开通智慧，振兴实业。谨遵此次谕旨，端正趋向，造就通才，为全学之纲领。”在1906年《学部奏请宣示教育宗旨折》中，将教育的宗旨正式规定为“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”。所以，晚清学校的体操课教学，具有明显的“军国民主义”倾向。这是因为“环球各国，合上下之精神财力，尤注重练兵。兵之所以精，则以通国皆兵，又无一不出于学”（1902年《钦定京师大学堂章程》第一章全学纲领）。在这样的理念下，晚清政府要求所有学校的教育，“必寓军国民主义”（1906年《学部奏请宣示教育宗旨折》。所以，1911年4月，各省教育总会联合会曾作出了一个决定：奏请特颁谕旨，宣布军国民主义；通饬高等小学及与之同等以上之学堂，一律注重兵式体操；各学堂均应励行关于军国民教育主义之训练，并设运动部，以教员之长与体育者为部长，监督学生之运动。
第二，在教学内容上，以兵式体操为主体。例如1903年张百煦等人在重定学堂章程的时候，曾在其《学务纲要》中写道：“中国素习，士不知兵，积弱之由，良非无故。”因而要求“各学堂一体练习兵式体操，以肄武事。并于各高等学堂中讲授军训、战史、战术等要义”。还特别要求体操一科，“以兵式体操严整其纪律，而尤时时勖以守秩序、养威重。以造成完全之人格”（1906年《学部奏请宣示教育宗旨折》）。不仅体育课上学习的内容是军式体操，而且课的组织形式也都是兵操训练的一套，强调的是机械盲从、单调统一。所以，导致的结果是，深受青少年欢迎的近代西方体育娱乐项目，诸如田径、球类等，始终被排斥在晚清学堂的大门之外。(www.xing528.com)
第三，体育师资严重缺乏，使许多旧式军人有机会走进学堂，充任体育老师，成为当时社会的一道独特风景线。但是不管怎么说，随着清末“新政”、各种“学堂章程”的颁布，体育的位置终于在学校教育中得到确认。这是破天荒的重大事件。甚至对当时的女子学堂，政府也有明确的开设体育课程的要求：“其要旨在使身体各部发育均齐，四肢动作机敏，咸知守规律、尚协同之公义。”这是课程的目标。在教学进度上，则要求：“女子初等小学堂，初则授以适宜之游戏，时或与音乐结合授之，渐进授普通体操；在女子高等小学堂，则授普通体操和游戏。”其教学的基本原则是：“凡教授游戏，虽当使之活泼愉快，但须注意使之不蹈放纵之行为；又依体操所习成之姿势，务常使之保持勿失。”（《学部奏定女子小学堂章程》，1907年）这一切说明，清朝末期的近代体育教育制度终于破土而出，它所带来的必将是今后中国学校体育的新生。
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