在西方，哲学与宗教代表两种相互影响但却各自独立的文化传承，哲学的问题与方法和宗教的问题与方法根本不同。但是，在冯友兰那里，哲学和宗教至少在内容、方法和目的上都有相通之处，否则哲学也不能取代宗教。哲学和宗教都关心人的问题，只不过冯友兰认为在方法上和境界上宗教不如哲学，所以要以哲学取代宗教。
比较而言，哲学和宗教都关注人的生活，都是为了帮助人们过一种“更好”的生活。哲学能够成为批判人生和指导行为的标准，在实际的生活中帮助人们树立人生的理想，从而使人过上幸福的生活。宗教也能消除人们对于过去以及未来事情的疑虑，消除人们精神上的烦恼。但是，和哲学相比，宗教中毕竟含有迷信和神话的成分，它与现实的生活是不相符合的。
冯友兰曾经专门谈到哲学和宗教的不同，他认为，这种不同表现在四个方面：“第一，宗教是根据迷信或者是同迷信分不开的。原始社会的神话，固然是迷信，一神论的宗教的上帝，也是迷信。哲学是尊重理智，反对迷信的。第二，宗教用的是形象思维。坐在灵霄宝殿上发号施令的玉皇大帝，固然是形象思维所幻想出来的；创造世界的上帝，也是形象思维所幻想出来的。哲学不用形象思维，而用理论思维。第三，宗教所幻想的世界模式是社会组织的反映，哲学所思考的世界模式是人类精神的创造。第四，信仰宗教的人的精神境界不高。它可能是功利境界，因为他往往是希望凭借对于上帝或诸神的信仰，以求得他们的保佑。有些人可能是随大家做一些宗教的仪式，这些人的精神境界就是自然境界。由哲学所得的境界是‘天地境界’。”[62]
从方法而言：哲学是以逻辑分析方法为进路，以类似神秘的直觉方法来达到哲学最高境界的，而以这种方法所达到的哲学最高境界是持久的，是稳定的觉悟状态；宗教仅仅采取的是纯粹的神秘主义方法，所达到的境界是转瞬即失的，不可复制的。(www.xing528.com)
从目的来看，哲学所说的提升人的境界是真实的，而宗教所描述的境界不过是人们自己欺骗自己的假说；而且就二者所能达到的境界层次而言，哲学能达到的最高境界是天地境界，而宗教却至多使人达到道德境界：“人由宗教所得底境界，只是近乎此所谓天地境界。严格地说，其境界还是道德境界。”[63]所以，冯友兰认为：“哲学以这些概念（引者注：指“理”“大全”“太极”等概念）替代宗教中底上帝，天堂，以及创世等观念。哲学以清楚底思，替代宗教的图画式底想。扫除宗教中底混乱与迷信，使人不借图画式底思想，而即可以知天。这是哲学底一个主要底任务。”[64]
冯友兰还结合西方宗教和科学的发展史来论证“以哲学代宗教”的必然性。在冯友兰看来，在人类进步的过程中，宗教和科学是对立的。“因为宗教和迷信是分不开的，科学最反对的就是迷信。哲学和科学则是相互为用的。哲学的发展是凭借科学的。哲学不能解决科学的问题，但可以从科学中得到启发。科学也不能解决哲学的问题，它的启发可能帮助哲学来解决问题，但是必须把它的思想转化为‘反思’。总的说起来，科学可以增加人的积极知识，但不能提高人的境界。哲学可以提高人的境界，但是不能增加人的积极知识。哲学和科学可以相互为用，而宗教和科学则不能相互为用。”[65]
西方近代以来发展的历史就是科学技术不断发展而宗教的权威日趋衰落的历史。虽然，科学的不断发展，宗教的很多领域都被取代，但是宗教能够为人类提供价值关怀的作用却是科学取代不了的，那些放弃宗教信仰的人会感到精神上的失落。“所以在西方，宗教与科学向来有冲突。科学前进一步，宗教就后退一步；在科学进展的面前，宗教的权威降低了。维护传统的人们为此事悲伤，为变得不信宗教的人们惋惜，认为他们已经堕落。”[66]又说：“放弃了宗教的人，若没有代替宗教的东西，也就丧失了更高的价值。”[67]冯友兰在深入考察西方社会状况的基础上，指出西方一部分人之所以在科学进步和宗教衰弱情况下感到悲伤，就在于他们没有找到“安身立命”之所。在发现科学并不能解决所有问题，而宗教势力又重新抬头的时候，西方的哲学家们，不去研究有关人生大事等真正的哲学问题，把本属于哲学解决的问题再次让位给宗教：“现在西方的资产阶级哲学家所着重研究的多半是一些枝枝节节的问题。问题越小，越可以成为专业的哲学。专业哲学家必须讲专业的哲学，在一些枝节问题上，钻牛角尖。对于可以使人‘安身立命’的大道理，反而不讲了。解决这些问题，本来是哲学家的任务。哲学家们忘记了哲学家的责任，把本来是哲学应该解决的问题，都推给了宗教。”[68]冯友兰指出，可以通过哲学为失落的人们提供精神上的满足：较宗教而言，哲学是一条比宗教更为直接的为人类提供更高精神价值的途径。因为哲学不需要通过祈祷、礼拜之类的迂回道路，也不像宗教那样混杂着想象和迷信，哲学为人类提供精神价值的途径要纯粹的多。所以，冯友兰再次明确地指出：“在未来的世界，人类将要以哲学代宗教。……人不一定应当是宗教的，但是他一定应当是哲学的。他一旦是哲学的，他也就有了正是宗教的洪福。”[69]
总之，随着未来科学的进步和不断发展，宗教及其教条和迷信，必将让位于科学，而人类对于超越现世的渴望，必将由“未来的哲学”来满足，因为未来的哲学是既入世又出世的。
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