MALDI-TOF（matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-fl ight）质谱（mass spectrometry，MS）是利用等位基因特异性引物延伸产物的质量差异进行分型分析（图2-2）。目前，三个相关的分析方法分别是PROBE法、PinPoint法以及GOOD检测法。
图2-2 利用MALDI-TOF进行SNP分型
PROBE法检测一条3′末端位于待检SNP位点上游或下游1个碱基的延伸引物，在进行引物延伸反应前需要将虾碱性磷酸酶（shrimp alkaline phosphatase，SAP）加入到PCR体系中，降解残余的核苷酸，防止扩增体系成分抑制引物延伸反应，再加热SAP失活，随后延伸引物、dNTPs、ddNTPs以及耐高温DNA聚合酶被添加到样本中。DNA聚合酶催化dNTP掺入使引物线性延伸。但是，如果是一个ddNTP掺入，则延伸反应即行终止。等位基因特异性延伸产物大小不同，可以用来鉴定可能存在的变异。引物延伸产物在被纯化后，进行高分辨率的TOF-MS分析只需几微升的样本。因为所需样本量非常小，因此几乎没有样品制备异质性。质谱分析的主要优势就是检测准确性，自动化数据收集和高通量的能力。目前市面上完全自动化的系统在12h内可以进行最大量为2万次的分析反应。如果不考虑高昂仪器购置费用，质谱是一种特别适合大量的分型分析方法。(www.xing528.com)
MALDI-TOF方法对杂质比其他基因分型技术的灵敏度高得多，因此需要对样本进行严格的杂质净化过程。为了解决这个问题，已建立了几种方法。第一种方法（PROBE法）包括生物素-/链霉素-标记的磁珠净化系统，PinPoint方法采用反相端净化，而GOOD法则通过在引物的3'区域掺入硫醇基团来解决这个问题。
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