室町时代末期的一个重大历史事件是基督教的传入。早期向日本传教的国家是占据了大航海时代的先机、信奉天主教的葡萄牙和西班牙，其后有继而兴起的新教国家荷兰和英国。
天文十八年（1549），葡萄牙传教士弗朗西斯科在九州地区的鹿儿岛登陆，随即获得了当地领土的许可，开始传教。传教士们通过在日本的实地考察，发现室町末期的天皇朝廷与幕府将军的权威早已一落千丈，于是他们放弃了借助中央自上而下在日本全国推广基督教的计划，转而寻求各地大名的支持，在地方上分头发展。由于佛教特别是在民间发展迅猛、拥有强大影响力的净土真宗、日莲宗等派别在九州地区的势力较为薄弱，再加上九州是传统的对外海上贸易中转站，且远离政治中心，九州地区的基督教传教工作进展得最为顺利。割据于九州地区的封建大名对基督教采取了欢迎的态度。一方面，基督教传教是与贸易相伴的，领土们渴求通过贸易获得丰厚的收益；另一方面，领主们发现基督教在下层民众间传播很快，可以利用其作为驾驭、统治民众的工具。于是，一些大名自己也皈依了基督教，成为基督教大名。其中，长崎地区的领土特别虔诚，将长崎附近的一些土地陆续捐献给耶稣会，到16世纪中期，长崎成为北九州地区基督教传播的中心。据统计，在天正十五年（1587）前后，短短三四十年时间，北九州地区的基督教堂已经多达两百多所，信徒有二十几万人。
基督教的传播与封建领土和佛教有着密切、微妙的关系。战国大名中的枭雄织田信长很早就注意到了基督教的势力。由于基督教初传时，信长还处在与各地诸侯逐鹿的阶段，他对基督教采取了拉拢、利用的态度。信长通过传教士了解到了西方先进的航海、军事技术，他对新式火枪特别感兴趣，并通过传教士和商人购置了大量火枪，组成著名的火枪队，在统一战争中发挥了重要作用。同时，他认为拉拢基督教还能起到削弱对手的作用——一个是在与西、葡贸易中获得利润的地方大名，另一个就是因基督教传播而被削弱的佛教。信长希望通过扶植基督教来打击宿敌佛教。
佛教原本对基督教传入并不在意。基督教刚刚传入时，很多人包括佛教徒都误把基督教当作来自西方佛教的一个支派。由于基督教主要在佛教势力薄弱的九州地区传播，两者之间的矛盾起初并不尖锐。永禄二年（1559），基督教开始进入京都传教。京都等近畿地区是佛教的传统势力范围，这一举动引起了佛教的警觉。其后，日莲宗、天台宗认识到了基督教的威胁，先后掀起了驱逐基督教的运动，他们的活动对朝廷、幕府以及地方大名产生了影响。永禄八年（1565），正亲町天皇颁布了驱逐基督教的上谕。当然，由于天皇的权力有限，这一上谕实际发挥的作用也非常有限。左右基督教命运的关键，还是通过武力逐渐统一了日本的丰臣秀吉和德川家康的态度。
秀吉原本延续了信长的做法，对基督教利用多于压制。天正十年（1582），全面继承信长的基业、基本挫败了内外劲敌的秀吉在大阪城接见了基督教的使节，对他们表现出了友好、支持的态度。其后，秀吉还颁布命令，准许传教士在日本全国自由居住、传教。然而事态不久就发生了逆转。天正十五年（1587），秀吉平定九州，在征战过程中他看到了基督教在九州发展的态势，对基督教与地方割据势力相结合、有可能对中央构成威胁产生了忧虑，在凯旋途中即颁布了驱逐传教士的命令。双方的关系陷入紧张对立。庆长元年（1596），土佐俘获了一艘西班牙船只，有人告密说西班牙人图谋侵略日本，利用传教士和信徒里应外合，秀吉大怒，将6名传教士和20名信徒处死。
继丰臣秀吉之后统一了日本的德川家康也采取了与秀吉相同的做法。庆长十七年（1612），家康在自己的领地范围内颁布了禁止基督教的命令，第二年，家康又在日本全国范围内颁布了禁教令，即著名的《伴天连追放令》。佛教势力在家康所制定的这一系列政策背后发挥了重要影响，崇传亲自起草了禁教的命令。命令将家康吹捧为护佑伦常和圣教的圣主，称他“受天之诏命，主于日域，秉国柄者，有年于兹。外显无常之至德，内归一大之藏教”（《伴天连追放令》）。命令解释禁教的理由说：
夫日本者元是神国也，……又称佛国，……唯神明应迹国，而大日之本国矣。《法华》曰：诸佛救世者，住于大神通，为悦众生故，现无量神力。此金口妙文，神与佛，其名异而其趣一者，恰如合符节。
彼伴天连[15]徒党，皆反件政令，嫌疑神道，诽谤正法，残义损善，……实神敌佛敌也。急不禁，后世必有国家之患。[16]
基督教遭到专制统治者和佛教的敌视，主要是因为基督教坚持一神教立场，反对偶像崇拜，不拜神佛。这不但触犯了佛教和神道教的利益，还对秀吉、家康等人企图通过神化自身，推动个人崇拜的政治谋略构成挑战。专制者反复宣传所谓“神国”，不过是为了自己乃现世神的宣传进行铺垫，敢于藐视这一点自然会遭到无情的打击。另外，基督教伦理与封建统治者所宣扬的伦理观念格格不入，也对他们的专制统治构成了潜在威胁。例如基督教禁止自杀，而幕府却把切腹赞颂为一种英勇的行为；基督教鼓励一夫一妻制，而封建伦理却倡导男尊女卑；幕府的官方意识形态佛教主张报恩，儒教主张忠孝，而基督教却主张一切交给上帝，上帝之国在天上而不在人间。这些都使得实现了统一霸业的专制统治者放弃了起初对基督教扶植利用的政策，转而对他们实行残酷的迫害。[17]元和八年（1622），幕府在长崎一举处死了55名传教士和平信徒。此事件被称为“元和殉教”，成为德川幕府大规模迫害基督教的标志。
[1] 室町时代的分期说法不一，以上依据《广辞苑》。
[2] ［日］辻善之助：《日本佛教史》第五卷，岩波书店1960年版，第63页。
[3] 家康年轻时一度作为人质住在今川义元控制的骏河。
[4] ［日］家永三郎、赤松俊秀、圭室谛成监修：《日本佛教史·中世篇》，法藏馆1967年版，第206—208页。
[5] “一向宗”严格来说应指一向俊圣（1239—1287）创立的派别，俊圣与一遍同时，从法系上来说传自法然—圣光—良忠，既可归入净土宗一派，也可以归入时宗一派。民间不清楚真宗与一向宗的区别，遂混用其名。真宗莲如等人并不接受这一称谓。其后一向宗信众被真宗和时宗吸收，教团消失。(www.xing528.com)
[6] 元弘三年（1333），后醍醐天皇和朝廷将日像建立的妙显寺封为天皇的敕愿寺。建武三年（1336），该寺又成为足利将军的御祈祷所，这标志着朝廷和幕府承认了日莲宗的合法地位。
[7] “他阿弥陀佛”简称“他阿”。早期净土系统常以“某某阿弥陀佛”为法号，如吞海又称“有阿吞海”，即“有阿弥陀佛吞海”。时宗普遍使用这种法号，其中游行派以“他阿上人”为宗主，就任宗主后可以袭名他阿。
[8] 武士道拥有忠诚、勇敢、唯美的一面，但也有强调服从、美化暴力、歌颂死亡的另一面，这些愚昧、粗暴、蔑视生命的因素在日本发动的侵略战争中表现得尤为突出，不仅对被侵略国家的民众造成了严重伤害，也给本国人民带来了灾难，应予以唾弃。
[9] 原文为日语古语，转译于［日］中村元、笠原一男、金冈秀友编修《东亚佛教史·日本编·室町佛教》，佼成出版1972年版，第166页。
[10] 指皈依时宗、作为时宗外护的武士。
[11] 大名们对真宗和日莲宗时而拉拢，时而镇压，针对这二宗颁布的法令也最多。参见［日］家永三郎、赤松俊秀、圭室谛成监修《日本佛教史·近世近代篇》，法藏馆1967年版，第20—21页。
[12] 转引自［日］辻善之助《日本佛教史》第七卷，岩波书店1960年版，第32页。
[13] 《耶稣会士日本通信》，参见［日］家永三郎、赤松俊秀、圭室谛成监修《日本佛教史·近世近代篇》，法藏馆1967年版，第30—31页。
[14] 事实上，秀吉也完全延续了信长对佛教恩威并重的政策。他本人曾严厉打击反对他的高野山和根来寺。
[15] 伴天连：传教士，泛指基督徒。
[16] 转引自［日］辻善之助《日本佛教史》第八卷，岩波书店1960年版，第38—40页。
[17] 据研究，荷兰、英国等新兴的新教国家为了与老牌殖民国家，信奉天主教的西班牙、葡萄牙争夺利益，暗中挑拨离间，在客观上也促使幕府下了禁教的决心。
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