建久二年（1191），荣西回国。他先在九州暂时停留了一段时间，准备在当地弘法。建久五年（1194），出现了一条有关他行迹的记录（《百錬抄》）。比叡山向朝廷控告荣西、能忍等人传播“达磨宗”，妄立新宗，要求朝廷予以取缔。第二年，荣西被太政官传问。此后，荣西写作了《兴禅护国论》《出家大纲》《日本佛法中兴愿文》[5]等文章为传禅进行辩护。
在《兴禅护国论》一书中，荣西首先澄清了他与能忍达磨宗的关系，对后者进行了批判。其次，他提出禅宗也可以镇护国家，希望获得政权的支持传禅。其后，他详细介绍了禅宗的法脉和要点。“世人决疑门”是全书的重点。在该门中，荣西先对能忍的达磨宗进行了批判，他说：“或人妄称禅宗，名曰达磨宗，而自云：‘无行无修，本无烦恼，元是菩提。是故不用事戒，不用事行，只应用偃卧。何劳修念佛、供舍利、长斋节食耶？’”荣西对此类轻视戒律修行的言行进行了批判，强调达磨宗的说法不符合禅宗的正统教义，他明确指出：“是故禅宗以戒为先。《禅苑清规》云：‘参禅问道、戒律为先。’”此外，他还批评了以当世为末法钝根，因此不应再修禅法的观点。这类主张在当时较为流行，恰好是法然论证舍弃“圣道门”、专修“净土门”的前提，而荣西对此表示了不同看法。荣西还在此批评了误以禅宗为“恶趣空”（否定因果、执着于空见）、“暗证”（一味坐禅、不谙教理）的观点。“镇护国家门”中，他指出护国经典《仁王经》与禅宗的联系，强调禅宗即以“般若”为宗。他还特别提及圆仁在比叡山建立禅院的先例，表示自己兴禅与圆仁的目的一样，都是为了护国利生。“古德诚证门”“宗派血脉门”“典据增信门”分别列举了古代高僧大德的实例，释尊以来的传法血脉、经典依据等，对禅宗作为独立宗派的合法性进行了论证。“大纲劝参门”详细阐明了禅宗的要点；“建立支目门”则说明了禅林的各种规矩。
荣西感到比叡山对自己成见过深，在比叡山拥有强大影响力的京都发展势力较为困难，于是转投镰仓寻求幕府的支持。镰仓幕府对荣西采取了欢迎的态度。将军赖家皈依了荣西并邀请荣西主持各种祈祷法事。从《吾妻镜》保存的记录来看，荣西主要运用秘法为幕府经营法事，事实上他此刻已经放弃了希望借助统治者传禅的想法。荣西的法术得到认可，幕府的实权人物北条政子在正治二年（1200）修建寿福寺赠予荣西。得到幕府上层支持的荣西迅速在镰仓站稳了脚跟。建仁二年（1202），他以将军赖家为后盾进军京都，在四条鸭川东边建立了建仁寺。建仁寺定位为延历寺的别院，寺内分立真言、止观两院，兼传真言、天台、禅三宗，荣西的身份是天台密教僧。过去一般认为，荣西这样做是暗度陈仓，为了避免比叡山的干扰，不得已而掩盖了建仁寺临济道场的色彩。但从此后荣西的传法活动来看，他本人似乎并无这样的苦衷，毋宁说，台、密、禅三宗并弘是出于他的本意。
建永元年（1206）荣西继重源之后被任命为东大寺的大劝进职。大劝进一职是为重建治承四年被平重衡烧毁的东大寺伽蓝而设立的。朝廷任命荣西担任此职，一方面看重他的动员能力，另一方面带有荣誉性质，荣西的弟子行勇后来也担任了这一职位。建历元年（1211）荣西重返镰仓，担任将军实朝供养宋版一切经法会的导师，之后又为实朝的厄年进行祈祷。建保元年（1213）荣西领导的法胜寺九重塔重建工程完工，荣西希望能借此获封大师号，但因遭到藤原定家和天台宗慈圆等人的反对而作罢。作为补偿，荣西虽然被任命为权僧正，但沽名钓誉的诽议使他颇为难堪。第二年，荣西前往镰仓为将军实朝看病，他携带自己亲手种植的茶叶给实朝，并撰写《吃茶养生记》劝他喝茶养生。建保三年（1215）七月，荣西因病于寿福寺示寂，享年75岁。
荣西最出名的弟子有行勇、荣朝、明全三人。退耕行勇（1163—1241）原本是鹤岗八幡宫寺的僧人，荣西创立寿福寺后他投奔荣西。经荣西举荐，他受到了将军实朝的重用，成为幕府的祈祷僧。实朝于承久元年（1219）被刺杀，行勇避祸躲进高野山。在真言宗的重镇高野山，行勇展现了密教方面的才能，成为金刚三昧院的开山，建立了密教、律和禅三教并弘的道场。他全面继承了荣西诸宗融合的宗风，也享有与荣西比肩的名誉地位。他继任了东大寺大劝进一职并再度成为幕府仰仗的祈祷僧，终老于镰仓寿福寺。
释圆荣朝（1165—1247）在荣西门下学成后赴上野国（群马县）发展，得到当地豪族新田氏的皈依，新田义季为他建立了长乐寺，荣朝成为开山祖师。该寺并非禅寺，而是台密叶上流的密教道场。荣朝的弟子中出类拔萃的人物很多，其中有下面将要介绍的圆尔辨圆。
荣西的另一位弟子佛树明全（1184—1225）起初也在比叡山学习。他是荣西弟子中唯一一个专门弘扬禅法的人，大概也正因为如此，他的声望和地位都不及行勇和荣朝。让他彪炳史册的唯一原因是他收道元为徒并偕后者一同入宋求法。他在求法途中圆寂于天童山了然寮。
圆尔辨圆（1202—1280）是荣西门流中最重要的人物。他是骏河人，出家后遍访名师，后到荣朝开创的长乐寺修行，为了亲自就教于荣朝，他又到镰仓的寿福寺追随荣朝。他继承荣西、荣朝一派的传统，成长为台密叶上流的大师。嘉祯元年（1235），圆尔辨圆入宋，从径山的无准师范（1178—1249）习禅，又将临济宗杨岐派的禅法传入日本。归国后他在九州博多建立了崇福寺和承天寺。关白九条道家风闻圆尔的大名，特意在京都东南兴建了东福寺，于宽元元年（1243）延请圆尔来担任开山。东福寺寺名取自东大寺和兴福寺，在当时是京都规模屈指可数的大伽蓝。圆尔效仿荣西创办建仁寺的旧例，将东福寺建成为天台、真言、禅三宗兼学的道场。道家为东福寺撰写的《处分状》中，要求寺僧[6]：
可令受学戒定慧之三门，以大小显密戒律为总体，以真言止观宗门为专宗，是传教大师素愿也。(www.xing528.com)
又说：
检传教大师所承《血脉内证佛法》，乃有三谱：一、达磨付法；二、天台相承；三、真言血脉。
圆尔在朝野声誉甚高，后嵯峨上皇和龟山天皇先后皈依他并从之受戒，幕府执权北条时赖对他也很尊重。建长六年（1254）圆尔曾前往镰仓为时赖授戒。圆尔长住京都建仁寺、东福寺，与荣西、行勇相同，他也担任了东大寺大劝进一职，同时兼弘禅与密教。弘安三年（1280）十月，圆尔殁，应长元年（1311）被追赠圣一国师。
圆尔的门风受乃师无准影响，属于宋朝流行的三教圆融、教禅并举的路数。无准曾主张：“三教圣人，同一舌头，各个开门户。鞠其旨归，则无二致。”（《无准禅师语录》）圆尔也如是。他曾经为后嵯峨上皇和九条一门讲授宋代永明延寿所编著《宗镜录》，该书就是“三教圆融、教禅并举”说的代表。圆尔本人精通儒学，应贵族的要求，他也曾多次讲授儒家经典义理，但他所选典籍都属于持三教融合观点的著作。正嘉元年（1257），执权北条时赖邀请圆尔到镰仓讲学，圆尔就讲解了宋代圭堂撰写的倡导儒佛同趣的《大明录》。文永五年（1268），他又为藤原源基讲述《三教要略》，晚年还为龟山法皇讲三教旨趣。综合而言，圆尔的学说和主张讲求兼弘圆融、包罗万象，特别符合上层统治者的意趣，所以其门流迅速获得了统治者的青睐和支持，并成为其后的官僧即五山僧的主要源流之一。
圆尔门下有无关普门（1212—1291）。普门入宋从无准师范的弟子断桥妙伦习禅，回国后受到了龟山上皇的皈依。上皇将位于南禅院的离宫捐为寺院，延请普门担任开山，是为南禅寺。南禅寺在室町时代成长为位于五山之上的大寺院，在日本禅宗系统中占据着特别重要的地位。与普门同门的有东山湛照，其弟子虎关师錬（1278—1346）著有《元亨释书》，是日本最早的禅史书。
起先追随行勇、荣朝，后来与圆尔保持密切关系的有无本觉心（1207—1298）。觉心原本是真言宗僧人，曾先后追随行勇和荣朝学习禅与密教。圆尔认为觉心是可造之才，建议他入宋到自己的老师无准师范门下学习，但觉心抵达中国后，发现师范已经圆寂，于是就追随师范的弟子无门慧开（1183—1260）学习。归国后他得到纪伊国（和歌山县）由良庄地头愿性的皈依，成了当地西方寺的开山，据说时宗的创立者一遍也曾于此受到觉心的教诲。此后，觉心前往京都，得到龟山和后宇多两位上皇的皈依，在宫中讲座禅法，为禅宗在上层贵族社会的传播做出了贡献。
圆尔的谥号是圣一国师，觉心的谥号是法灯法师，他们的门流因此被称为圣一法灯派。该派是镰仓时代禅宗的主流。荣西本人传入的是黄龙派，但他的法孙圆尔和觉心都是杨岐派，另一位相当于他法孙的道元则传曹洞宗，自称直接继承荣西禅法的只有千光派，但势力相对较为衰微。
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