独尊儒术以后，国家所选中的师就不再是老子，而是孔子了。后来孔子被称为至圣先师，其始点就是汉武帝与董仲舒。从那开始，传统宗教和儒术结合在一起，形成了儒教，黄老道教被挤出了政治舞台，成为在野的宗教。当然，至今为止，承认儒学是教的人，在国内还为数甚少。我们这里也不对儒教是教做什么论证和争论，只讲一些与道教有关的历史事实，以帮助读者了解道教在此后的发展。
可以说是在黄老统治的后期，黄老学者就感到对传统宗教有改革的必要，比如《淮南子》中讲了天上五帝，同时又以紫微宫为太一的居所，这显然是把太一当成最高上帝。但是，黄老没来得及实行自己的宗教改革计划就被撵下了台，改革的任务就留给了儒教。汉武帝即位以后，在宗教方面最重大的举措，首先是把太一尊为至上神：
亳人谬忌奏祠太一方，曰：“天神贵者太一，太一佐曰五帝。古者天子以春秋祭太一东南郊，用太牢，七日，为坛，开八通之鬼道。”（《史记·封禅书》）
依照谬忌的建议，汉武帝命人在长安东南郊建起了太一祭坛。此后又在甘泉宫建立了太一祭坛：
上遂郊雍，至陇西，登空桐，幸甘泉。令祠官宽舒等具泰一祠坛，祠坛放亳忌泰一坛，三陔。五帝坛环居其下，各如其方。（《史记·封禅书》）
这样，太一神就成了国家的至上神。黄帝等五帝，则成了太一的辅佐。
大约就在武帝祭祀太一神之后，人们给天上的五帝也重新起了名号。据颜师古《汉书注》的记载，这五帝分别为：青帝灵威仰、赤帝赤熛怒、白帝白招矩、黑帝叶光纪、黄帝含枢纽，或者是苍帝灵府、赤帝文祖、白帝显纪、黑帝玄矩、黄帝神斗。后来，前一套神名成为天上五帝的正式名称。
改变天上五帝的名称，表示人们不再承认这五帝原是上古的君主。这是汉代上帝观变化的第一步。西汉末王莽执政，改革祭祀制度，有条件地接受了变化后的上帝观。经王莽改革后的五帝分别称为：中央帝，黄灵后土；东方帝，太昊青灵勾芒；南方帝，炎帝赤灵祝融；西方帝，少皞白灵蓐收；北方帝，颛顼黑灵玄冥。在五帝名称后加上“灵”字，表明此时人们心中的上帝是个纯精神性的存在，从而把它和人世君主明确区别。特别是中央帝，干脆连“黄帝”之名也加以回避，以表明这是和上古君主无关的、纯灵的存在。
王莽此次改革祭祀，太一神的名称也发生了变化，《汉书·祭祀志》载：
莽又奏言：……谨与太师光、大司徒宫、羲和歆等八十九人议，皆曰天子父事天，母事地，今称天神曰皇天上帝泰一，兆曰泰畤(1)，而称地祇曰后土，与中央黄灵同。又，兆北郊未有尊称，宜令地祇称皇地后祇，兆曰广畤。
到刘秀称帝时，祭天时仅称上帝为“皇天上帝”，与太一神也彻底脱离了关系。“皇天上帝”一名出于《尚书·召诰》：“呜呼！皇天上帝，改厥元子兹大国殷之命。”从此以后，儒教就严格按照儒经来为上帝定名了。从三国到南北朝，儒教的上帝名称又经过许多曲折，到南北朝末年，依晋代据《周礼》所定，称“昊天上帝”，隋唐宋元都因袭不变，直到明代嘉靖改礼，才又将上帝名称改为“皇天上帝”，被清代沿袭。这是后话了。
王莽时代，有一幅《紫阁图》，上面写着“太一、黄帝皆仙上天”（《汉书·王莽传》），把太一神也当做成仙上天的人。王莽自己对此也崇信不疑。这说明，当时还是两种上帝观念的交替时期。
从武帝到王莽，其间还有两次大的祭祀改革。其一是丞相匡衡把祭天神坛从远离京城的雍地迁到京城南郊，确定了儒教的南郊祭天制度。《汉书·郊祀志》载：
成帝初即位，丞相衡、御史大夫谭奏言：“帝王之事莫大乎承天之序，承天之序莫重于郊祀，故圣王尽心极虑以建其制。祭天于南郊，就阳之义也；瘞地于北郊，即阴之象也。天之于天子也，因其所都而各飨焉……”
但当时祭天要到甘泉宫，祭后土要到汾阴，既不合古制，又劳民伤财。他建议，将甘泉宫的泰一祠、汾阴的后土祠分别迁到长安城的南北郊。(www.xing528.com)
这是一次重大的宗教改革，汉成帝表示同意，但大司马许嘉等八人表示反对，以为应如旧制。右将军王商、博士师丹、议郎翟方进等五十八人支持丞相，改革的建议获得通过。在把天地祭坛迁往京城南北郊的同时，将长安城中683所神祠中不合礼制的475所全部废除；雍地203所神祠，也只保留15所，同时废除从汉初以来汉高祖、汉文帝、汉武帝所建的不合礼制的神祠：
又罢高祖所立梁、晋、秦、荆巫、九天、南山、莱中，及孝文渭阳、孝武薄忌太一、三一、黄帝、冥羊……及孝宣……仙人、玉女、径路、黄帝、天神、原水之属，皆罢。
连汉武帝立的神坛都被认为不合礼制，汉文帝的渭阳五帝庙就更不在话下了。黄老时代的国家祭祀被消除了，儒教开始严格按儒经建立自己的祭祀系统。
这样重大的改革不会一帆风顺，其间经过了多次波折，到王莽时确定了下来，并被刘秀的东汉政权所继承，南北郊祭祀制度遂成为儒教最重要的祭祀。
另一项重大的宗教改革是整顿宗庙。汉初刘邦的父亲死后，不仅在京城建庙祭祀，还命令各诸侯国立庙。高祖、文帝、景帝、武帝死后也都照此办理，甚至他们生前到过的郡县也须立庙祭祀，到汉元帝时，全国的宗庙共有176所。后妃陵旁寝殿30所。日祭于寝，月祭于庙，时祭于陵旁便殿，每年祭祀次数24455次，用卫士45129人，庙祝及乐舞者12147人，饲养牛羊的兵士还不在其数。如果加上数倍于宗庙的天地神坛及其他神祠，则全国每年用于祭祀的人数约有二三十万之众。这对于一个人口不足五千万的国家，是一个沉重的负担。汉元帝时，贡禹就建议改革；此后韦玄成追随贡禹，主张废除各诸侯国和各郡县的宗庙。也是经过多次反复，到王莽执政时，终于按儒经所载礼制“天子七庙”，把宗庙制度确定下来。
此外就是祭祀先圣先师的制度。据《礼记·文王世子》：“凡学，春，官释奠于其先师。秋冬亦如之。”又说：“凡始立学者，必释奠于先圣先师，及行事必以币。”《礼记》乃戴圣所辑，其祭先师制度是据《周礼》祭祀乐祖的引申，还是从古就有的制度，尚无可查考。汉武帝独尊儒术后，尚不见有学校中祭祀先师的记载。儒教的祭祀制度，还有待完善。虽然刘邦做皇帝后就曾以太牢祭祀孔子，但那是个人对先贤的敬意，还不是国家的制度。
因为汉成帝没有儿子，《尚书》和《谷梁春秋》专家梅福上言，请求国家祭祀孔子：
昔成王以诸侯礼葬周公，而皇天动威，雷风著灾。今仲尼之庙不出阙里，孔氏子孙不免编户，以圣人而歆匹夫之祀，非皇天之意也。（《汉书·梅福传》）
依据梅福的建议，孔子说过自己是殷人后代，所以可把孔子封为汤的后人，以继承商朝的祭祀。
梅福突然有一天抛妻弃子，到了九江，据说成了神仙。在道教的神仙谱系中，他占有相当重要的地位。但他本来是一位儒者，并且经他建议，儒教国家才开始把孔子祭祀列入国家祀典。
不过依据这样的祀典，孔子个人是得到了尊崇，但尊崇的还不是先圣先师，而是殷人之后中有功德者。直到东汉后期才规定，把孔子列为国家单独的祭祀系统，其规格和社稷相同。然而，梅福的建议和汉成帝的决策，毕竟是国家祭孔的第一步。
独尊儒术以后国家的宗教状况，或从正面，或从反面，都对失势以后的黄老道教发生着影响。
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(1) 《汉书》中华书局标点本此处作：“今称天神曰皇天上帝，泰一兆曰泰畤”，似误。
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