刘奭相当走运，他是宣帝还在民间的时候，和许平君生下的长子，宣帝进宫当了皇帝，他也就被立为太子。因为过于崇儒，刘奭遭到宣帝的疏远，宣帝曾一度想改立张婕妤之子淮阳王刘钦为太子，但终于顾念糟糠之妻的情谊，没有真正施行。黄龙元年（前49）十二月，宣帝驾崩，太子刘奭继位，是为汉孝元皇帝。
元帝非常尊重儒生，继位之初，即下诏征召名儒王吉、贡禹，拜贡禹为谏议大夫，此外，他还一度重用以经术闻名的萧望之、刘向等人。儒家讲究减刑宽政，不与民争利，元帝时代这些主张得到了贯彻。元帝曾多次减免赋税，减轻刑罚，救济灾民，赏赐民间鳏寡老人衣食。然而宣帝大力整顿吏治的作风，在元帝时代却见不到了，豪强横行，官吏欺上瞒下，即便皇帝颁发了更多“善政”，百姓们却依旧见不到一点好处。元帝治国，可谓是毫无用处的纸上谈兵。
比如关于盐、铁官卖的问题，初元五年（前44）四月，元帝接受臣子的建议，罢设所有盐、铁官。然而仅隔3年多的时间，到永光三年（前41）十一月，因为国库收入不足，被迫又将官卖制度恢复了，重设盐、铁官。此事充分说明，汉朝的国家税收又回到了武帝中期的状况，不靠刻剥商贾、争利于民，几将无以维持了。
尤其元帝耳根软，做事优柔寡断，经常受到大臣和宦官们的欺瞒。他宠用宣帝留下的宦官中书令弘恭、仆射石显等人，使得这些人权势熏天，间接掌握了朝政。名儒萧望之就是被弘恭和石显巧计陷害致死的。
萧望之字长倩，东海兰陵（今山东枣庄东南）人，元帝为太子时，他是教授儒学的老师。宣帝病重，命萧望之、史高、周堪辅佐太子，拜望之为光禄大夫。元帝也一向很尊重萧望之，继位后即拜他为前将军，推倚甚重。
萧望之上奏请求削弱外戚史氏和田氏的权力，同时疏远宦官，不使他们干预朝政，这一来就得罪了很多人。弘恭、石显趁机对元帝说：“萧望之、周堪、刘更生结为朋党，多次诬陷大臣，离间陛下的亲戚，分明想要揽权。他们为臣不忠，诬上不道，请派人召致廷尉。”所谓“召致廷尉”，就是指下廷尉狱审判，元帝继位不久，没听明白是什么意思，糊里糊涂就点头应允了。过了几天，他想召见周堪和刘更生，左右回答说：“已经下狱了。”元帝大惊，问：“不是只叫前往廷尉处问话吗？”元帝责备弘恭、石显，两人磕头如同捣蒜。元帝喝令：“放他们出来！”他们这才释放了萧望之。
过了几个月，元帝下诏说：“国家要想兴盛，必须尊师重道。所以前将军萧望之教导朕8年，功劳很大，应该赐爵关内侯，食邑六百户，加给事中职，每月初一、十五上朝，座位仅次于将军。”并且想让萧望之当丞相。正巧萧望之的儿子散骑常侍萧伋上书，请求查明前次把父亲逮入狱中的事情，弘恭、石显就又有话说了。他们禀奏元帝说：“萧望之教唆儿子上书，责怪陛下，大失做臣子的体统。他分明自恃做过您的老师，想把责任都归到您的头上。最好再逮他一回，杀杀他的威风。”元帝问：“萧太傅性格刚烈，怎么肯被逮捕呢？不会想不开自杀吧？”石显等人回答说：“人命最重，不过是小小惩戒他一下，他怎么会寻死呢？”元帝竟然就答应了。(www.xing528.com)
石显等人急忙命令太常派执金吾包围了萧望之的府邸，萧望之仰天长叹道：“吾尝备位将相，年逾六十矣，老入牢狱，苟求生活，不亦鄙乎？！”不愿受辱，服毒自杀了。元帝听到这个消息，伤心得吃不下饭去，哭道：“我就说他不肯被捉吧，果然害死了我的好老师呀！”责怪弘恭、石显，两人再次磕头谢罪，也竟然再次得到了原谅。
后来弘恭去世，石显一人专擅朝纲。太中大夫张猛、魏郡太守京房、御史中丞陈咸、待诏贾捐之等人在元帝面前揭发石显的罪恶，遭到石显打击报复，京房、贾捐之斩首示众，张猛被逼自杀，陈咸被罚做苦役。此后再没人敢在元帝面前说石显的坏话了。
石显还怕元帝哪天明白过来，会揭穿自己的真面目，于是设了一个圈套。他对元帝说，自己经常要出宫去各处官署，恐怕回来太晚，宫门关闭，请求允许他自称有天子诏书，叫开宫门，元帝答应了。于是某日石显故意晚归，称诏叫开宫门而入，果然有人上书请治他矫诏之罪。元帝笑着把那封上书给石显看，石显假装哭泣着说，因为皇帝信任他，交付他很多重要职责，所以大臣们都嫉妒他，想要陷害他，此事就是一个很好的例子。他还说：“愚臣微贱，诚不能以一躯称快万众，任天下之怨。臣愿归枢机职，受后宫扫除之役，死无所恨，唯陛下哀怜财幸，以此全活小臣。”假意恐惧，想要辞职。
元帝好言抚慰石显，还赐他大量金银，从此对他更加信任了。而“任天下之怨”一句话，就是后来成语“任劳任怨”的来源。
史书上说元帝：“用贤则如转石，去佞则如拔山。”他重用贤臣，就像转动石头一样，不定哪天就转错了方向，把贤良抛弃了；他想要拔除奸佞，其势却如同拔山，艰难无比。在这样的皇帝统治下，朝政怎能不紊乱，国家怎能不江河日下呢？
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