明末清初，禅宗五家中唯有临济、曹洞尚存一息命脉，而临济又略胜于曹洞。
在清初统治者有意挑动下，两家之间以及临济宗内部展开了长期的派系之争。争论的内容颇为广泛，影响深远。争论的内容主要有以下几点。
一为《五灯严统》之争。该书为临济宗禅僧费隐通容所撰，内容基本出自《五灯会元》，但在传法世系上作了改动，即将早已定论的原青原行思下二传天皇道悟以及云门、法眼两家移置于南岳怀让下传承，从而引发争论。此争源于宋代临济宗觉范慧洪所著的《林间录》，该书据所谓丘玄素所撰碑文，谓天皇道悟并非嗣法希迁，而是嗣法道一，故云门、法眼两家应属南岳一系。南宋以后，云门渐衰，曹洞起而代之，原来临济、云门之争也便演化为临济、曹洞之争。况且《严统》又将曹洞宗著名禅僧无明慧经、无异元来列于“未详法嗣”之内，更激起曹洞宗人的反感，于是双方几乎出动全班人马，争执不下。这一争论，客观地说，纯属派系之争，与教义无关。当然，禅宗界对派系归属如此重视，有它的特殊原因。
二为善权寺常住之争。善权寺位于江苏宜兴境内，创建于南北朝萧齐高帝建元年间，寺址据传为祝英台故宅。唐武宗会昌中被废，唐宣宗大中年间重建。宋代名广教禅院，明代改名善权寺。清初曹洞宗禅僧百愚及其弟子智操为住持，对该寺有所开拓。“常住”指寺院及其所属财物。先时临济宗禅僧幻有正传的剃度师乐安的塔也在寺内，玉林通琇以保护祖塔为名，展开了夺取善权寺、排斥曹洞势力的努力，从而爆发争执。通琇当时已被顺治帝封为“国师”，成为名重朝野的禅门新贵，曹洞宗禅僧难以匹敌。不久，善权寺即为“豪有力者主之”，通琇不仅夺得善权寺，而且又凭借政治背景，取得天目、虞山、龙池等地的名刹。其后，他又令弟子白松行丰强占善权寺侧的陈家祠堂，陈氏被迫起而反抗，率众焚烧了善权寺。纵观通琇如此行径，足见清代佛教的实况了。正如陈垣先生指出的，“所谓新朝国师者，固如是乎！以若所为，诚足以退人善根，阻人向上者也。”（《清初僧诤记》卷3）但对于清初统治者来说，禅宗内部的这种新旧势力之争无疑是有益而无害的。制造矛盾，利用矛盾，这是清初君主们对待佛教的共同策略。(www.xing528.com)
三为圆悟与法藏之争。临济宗下天童圆悟与汉月法藏名义上虽是师徒关系，但缺乏师徒情谊。法藏对圆悟并无心悦诚服之意，自谓于禅法之悟出于无师“自悟”，但为了列身于临济正宗，取得该宗继承权，乃屈就于圆悟门下。圆悟因法藏名声在外，故委以“首座”重任，并付以“源流”、拂杖，但内心已构嫌隙。这是后来两人反目的根由。先是法藏著《五宗原》，发表自己不苟于时的禅学观点。圆悟见后，随即起而辟之。法藏弟子谭吉弘忍为扶持师说，继而著《五宗救》。不久，法藏、弘忍相继去世，圆悟又著《辟妄救略说》，对二人之说再次严厉批驳，并发泄心中怨恨，说：“汉月野狐精，反谤老僧为一橛头硬禅；谭吉野狐精，反妄老僧于从上来事，不无毫发遗恨。”《五宗原》认为，禅宗五家各有宗旨，不当混滥，然而，“比年以来，天下称善知识者，竞以抹杀宗旨为真悟，致令无赖之徒，无所关制，妄以鸡鸣狗盗为习，称王称霸，无从勘验，诚久假而不归。”这一思想有挽救禅宗弊病，恢复固有特色的意图。法藏《自赞》也称：“七百年来临济，被人抹煞无地；惟有者老秃奴，偏要替他出气；惹得天下野狐，一齐见影嗥吠。”而在圆悟看来，所谓“宗旨”，便是“棒喝”之类，“人岂有五宗之差别”、“岂可离人别有宗旨？”意谓五家宗旨之别已实无必要。这种观点与当时禅宗界的实际情况一致。这场争论最后在雍正帝直接干预下告终，法藏一系不仅被打入另册，永不再入祖庭，而且其著述被焚，其子孙不许说法。
五灯会元二十卷（十二册）
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