谢晋元率八百壮士退人租界之后，即被解除了武装。随后，谢晋元便来到了中国银行仓库底层的一个办公室里。这时，他面容惟淬，满目红丝，流着眼泪，异常悲愤。他在和英军小队长马飞少校谈话时，泣不成声。
当天上午十一点钟，谢晋元与八百壮十乘坐汽车，前往沪西胶州路的孤军营。
在他们去孤军营的路上，到处都是欢迎的人群。人们向抗战英雄们热烈鼓掌，向他们表示敬意，并高呼：“抗日英雄万岁！”“打倒日本帝国主义！”见到这一切，谢晋元的心情万分激动，他一边流着眼泪，一边向人们举手行礼。
孤军营的营房，在沪西新嘉坡路四十号对面的一块空地上，面积有数十亩，与胶州公园仅有一墙之隔。在这块高低不平面又到处堆满垃圾的地方，褡着大小帐篷。
大帐篷在四周，小帐篷在中间。整个营房周围，有坚固的铁丝网。营房的大门口，由万国商团白俄丁守卫着。谢晋元与八百壮士，只能在营内活动。实际上，这个孤军营就是俘虏营。
在刚刚撤离四行仓库的时候，谢晋元还想退入祖界之后，即可从沪西归队，继续奔赴前线杀敌，可他万万也没有想到，在孤军营里一直被软禁了三年，最后在这里洒尽了自己的鲜血。
到孤军营以后，谢晋元因不能杀敌报国，心情十分沉痛。不久，他就患了严重的失眠症和胃病。经公共租界工部局同意，他住进了宏恩医院。在住院治疗期间，为了抒发自己的胸怀，他曾经亲手书写了一幅中堂，赠给了陪他住院的郑侠飞。文曰：“富贵不能淫，威武不能屈，贫贱不能移。”还写了一幅对联，上联是：养天地正气”，下联是：“法古今完人”。
因为谢晋元不愿意长时期离开八百壮士，他的病尚未痊愈时，就回到了孤军营。
每天，他坚持打太极拳，锻炼身体。他对官兵要求很严格，按规定时间作息，每天早晨还要举行一次精神升旗的仪式。在精神升旗时，谢晋元带领八百壮士向天空行军礼，并说：“我们头上有青夭白日，脚下有热烈的鲜血，这足以代表国旗。”以此，表示爱国的决心。
谢晋元严于治军，始终让官兵们保持战斗的姿态。他曾经讲过：“目前我们是在帝国主义匿掌下过生活，但如果对部队不严，不培养他们的爱国思想，他们中间可能丧失爱国立场。”一九三八年二月一日，谢晋元在孤军营里接见了新闻记者。
当记者颂杨他们的时候，他对记者说：“防卫国土是军人天职，没有什么值得特别颂扬，倭寇与我们誓不两立，我们存在一天，决与倭寇拼命到底！”表达了誓与日军战斗到底的坚强信念。
这一年的四月二十二日，谢晋元向全世界爱好和平的人士进行了呼吁。
他在发表谈话时说：“余敬向全世界爱好和平人士呼吁，请主持公理正义，唤醒公共租界当局注意其自身中立态度，实践诺言，更有望于当日呼吁我政府下令撤退之友邦人士，为国际正义而好终为余等赞助，则不独余等之幸，实全世界人类正义之幸。”为纪念陆军第八十八师在上海抗日一周年，八月上旬，谢晋元向租界工部局再三交涉，要求在孤军营内升起国旗。
八月十一日早晨六点钟，谢晋元带领全体官兵举行了升旗仪式。国旗升起来以后，八百壮士心情十分激动，他们望着国旗暗暗下了决心，为国为民，定将抗战斗争进行到底。(www.xing528.com)
国旗升起来以后，租界苏格兰军队便包围了孤军营，意大利的军队在胶州路一带进行警戒，白俄商团集合在孤军营外边。这时，万国商团的一名团员匆匆进了孤军营，对谢晋元说：“工部局在跑马厅集中兵力，要至孤军营抢劫国旗。”听到这个消息时，谢晋元无比气愤，他立即集合全体官兵，向他们下达了命令：第一连看守眩望台，第二连在操场里散开，第三连死守营门，第四连保卫国旗。全体官兵坚定地表示，保卫国旗如保卫国土，要为保卫国旗而战，决不在帝国主义面前屈服。
八百壮士按命令散开以后，白俄商团就在营房门外大声喊叫起来，要求把国旗立即降下来。第三连全体官兵对白俄商团说，升旗是租界当局同意的，任何人无权干涉。双方对峙了一阵子之后，白俄商团就手持武器，向孤军营内横冲直撞。因为谢晋元的部队赤手空拳，尽管英勇阻拦，还是未能阻住白俄商团冲进营房内。
白俄商团闯进营房，便向旗杆冲了过去。为了保卫国旗，八百壮士就与白俄商团发生了大规模的冲突。在这场冲突中，八百壮士牺牲了四人，伤了一百多人，最后也没有保住国旗，连孤军营也被外国军队占领了。
外国军队占领了孤军营之后，便将谢晋元等十几名军官用军用卡车拉走了。谢晋元在离开孤军营时，曾给部下留了一张纸条，让他们为正义与公理而誓死斗争。
为了抗议租界当局的这一蛮横行为，谢晋元和全体官兵进行了绝食斗争。
外国军队残害八百壮士的暴行发生以后，引起了上海各界人民的强烈不满，他们以各种方式，表示了坚决抗议。
尽管谢晋元和全体官兵陷入逆境，但他们的斗志无减，仍然表示，不论任何时候，任何情况下，是不惜为国家和民族之尊严而牺牲，头可断，血可流，绝对不当任何帝国主义者的顺民。
八月十三日，谢晋元致函工部局。
他在信中首先写道：“自去年十月三十一日，由第三者要求我当局下令撤退，迄今九月余，余等始终遵守法纪，毫无越轨行动。而撤退后，英国陆军及贵局曾允诺俟战事离沪，即将余等送回本国政府。何以迟迟尚未实现；”然后，他又提出了如下问题，让工部局解释：（一）第三者要求撤退，因表现人类同情心，不忍见余等陷于绝境，其次枪弹横飞，顾念租界中外人士生命财产之安全，今贵局收容余等是否本此意义？（二）余等亦非俘虏，绝非犯人，余等法律地位及私权是否完全丧失？（三）旗杆及升旗问题，业由何式总办等协议妥当，为何突用武力强行拆除，且被殴伤亡至百十一员名之多？
（四）十三日晨一时贵局复派队将全部官长移押此问，不知是何法律？
经过八百壮士的顽强斗争和上海各界人民的有力声援，工部局被迫作出了妥协，只好将国旗交还八百壮士，并将谢晋元等官长送回了孤军营。
在孤军营期间，谢晋元经常督促和勉励部下，要养精蓄锐，勤于操练，待恢复自由之后，再为国效力。他对官兵们说：“在上海租界，我们的言行，必须使友邦从我们身上看出中国军人之气概，从此认识中国之精神。”
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