当华北和上海方面抗日的战火燃起之后，南方的红军游击队改编问题经过艰难的谈判才得到解决。因为日军打到国民党首都南京附近，蒋介石急于想让南方的红军游击队到日本人后方，达到既袭扰外敌又消耗本国异己的“一箭双雕”目标。
1934年10月中央红军长征北上后，留在江西、福建、广东、浙江、湖北、湖南、河南、安徽这八个省内的红军游击队进行了艰苦的三年游击战争。正像陈毅在《赣南游击词》中所描绘的，每天差不多都在山林中过着“天将午，饥肠响如鼓”的日子。许多人都说，长征苦，可也比不了三年游击战争苦啊！后来在党史研究中，一般也都认为长征、南方三年游击战争和东北抗联在密林中的奋战这三项斗争为艰苦之最。
南方游击战争最艰难困苦的时候，恰恰又是西安事变和平解决、西北地区内战基本平息之后的1937年上半年。蒋介石一面与共产党谈判红军改编，一面却命令限期“剿灭”南方“残匪”。他会见周恩来时根本回避谈及南方游击队，想早日造成那里的红军余部已不存在的既成事实，免得在西北的红军改编后再出现一个南方红军的改编问题。
此时中共中央与南方各游击队早已失去了联系，对那儿的情况也不了解，只得秘密派人去寻找联络，费时费力延误了不少时间。
国民党军对南方红军游击队的大规模“搜剿”、“清剿”，一直持续到卢沟桥的炮声响起，因对日作战急需，在南方各省的大部分部队都不得不撤到交通要道集中准备上前线。此时江西省只剩下八个保安团，无力再“剿”，国民党省党部被迫派人上山找游击队宣布要“停战议和”。这时中共中央终于沟通了同隐蔽在赣粤边山林中的项英、陈毅等人的联系，他们当即根据中央的决定，说服分散在各地的游击队，要他们停止与国民党军的作战，准备改编。
蒋介石同意改编南方游击队，却绝不愿出现“第二个八路军”，开始只同意分别编成一些保安团派到前线，指挥员还不能由共产党员担任，编制和使用严格限制，还要向军中派副职监督。同时，蒋介石还要求原来南方根据地的红军游击队要离开原地，再发现留下人员要按“土匪”处理。
共产党原先的谈判条件，是按照北方八路军的先例，编成一个军统一指挥和使用，同时在原来的根据地要留部分人员保护军人家属，内部的讲法是保留“战略支点”。
由于南方游击队的特殊情况（即力量远比北方红军弱小），国共双方后来为达成协议都做了让步。国民党同意编一个军，不向军内派副职，共产党方面则同意全部人员集中撤走，南方各地的原游击区只设留守处。
新四军军长的人选，由国共双方找到一个让双方都能接受的非共产党员担任。原先的北伐名将、中共军事工作的创始人叶挺由海外归来，虽然他在广州起义后脱党，但这时仍表示愿意服从党的领导。蒋介石知道他已非共产党员，也想拉拢他。于是双方谈妥以叶挺为新四军军长，军部由南昌开赴皖南组织当地敌后的游击战。
南方各游击队集中时，样子与西北的正规红军不同。由于三年多在山林中分散游击，人员既缺乏组织，差不多都没有军装，武器又更为破烂，轻机枪都没有几挺。国民党方面开始声称“新四军任务是打游击，不需要军衣”，迟迟不发给服装。最后虽发了军装和低额的军饷，却未补充武器，只象征性地给了极少量的子弹。
1938年1月，新四军军部组成，由军长叶挺、副军长项英率领。部队集中和开拔却很慢，直至3月间才东进到达皖南，5月间先遣队才进入江苏南部。出现这一状态，客观原因是下山的游击队整编集中确实费时间，主观原因是项英希望得到一些武器、经费补充，交涉又耽误了不少时间。
从当时江南的情况而论，1937年末上海撤退和南京失守后，国民党几十万大军溃败，武器弹药丢得到处都是，如果那时抓住良机进入这一带，要人有人、要枪有枪。可是当新四军进入江南战场时，蒋介石吸收在华北的教训，已经让康泽指挥别动队，并组织一些“忠义救国军”式的武装在各处抢先一步，搜集了大量失散武器并收编了民间诸如“胡传魁”式的土匪队伍，新四军已经不能像八路军那样在敌后抢到“先入为主”之利。(www.xing528.com)
后来新四军有人抱怨，在后方等了两个月才补充了那么点经费和子弹，假如早到江南就可以自己搜集到几十倍于此的经费和弹药。项英虽然到延安接受了中央的指示，可他对毛泽东关于“独立自主”的精神不理解，抗战开始后在一些方面总是受制于国民党，结果自出师起就陷入被动状态。
尽管华中新四军作战的条件比八路军困难复杂，不过出师后打游击战还是高奏凯歌。如新四军进入苏南地区前，日军当时在江南控制的交通线上往来畅通无阻，气焰非常嚣张，老百姓对抗战胜利缺乏信心，伪政权也到处建立起来。
1938年4月下旬，新四军军部派先遣支队挺进苏南敌后执行战略侦察任务，粟裕担任先遣支队司令员兼政委。6月初，粟裕率部顺利破坏铁路，使京沪交通中断数小时，延迟了日军的开进。接着，粟裕率部在镇江西南15公里处的韦岗伏击敌人的运输部队，经过半个小时的激战，击毙日军指挥官土井少佐以下20多人，击毁汽车4辆。
韦岗伏击规模不大，却是首战便传捷报，陈毅得知后兴奋不已，当即写诗一首：
军队和老百姓。
弯弓射日到江南，
终夜喧呼敌胆寒；
镇江城下初遭遇，
脱手斩得小楼兰。
自南京失陷以后，江南广大人民还没有见过中国军队的胜利。新四军首战告捷，旗开得胜，不但当地群众人心振奋，而且也扩大了新四军的声誉。第三战区给新四军的任务只是破坏铁路，新四军不仅完成了任务，而且还加倍地取得了战斗的胜利，这也提高了新四军在抗战军队中的地位。
接着，新四军在苏南和长江北面的皖西都开创根据地，军部则进驻皖南。不过国民党当局对新四军主力在皖南和苏南各划定了一块总面积不过百里的作战区域，这两块地域都是面向回旋余地不大的日军占领区、背靠怀有敌意的国民党军，处境十分险恶，从而为后来的皖南事变埋下了隐患。
新四军建立后的事实证明，若对国民党当局存有幻想，越遵守它的规定和服从其限制，处境就越危险。
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