理藩院是清代掌管蒙古、新疆、西藏等地少数民族事务的中央机构，也是清代掌管藏传佛教事务的中央机构和掌管北京藏传佛教事务的最高机构。理藩院的组织机构大体分为中枢机构、直属机构、附属机构、派出机构。其中中枢机构包括尚书、侍郎、额外侍郎等，尚书、侍郎可参与清王朝军国大事，掌蒙古、新疆、西藏等地少数民族的行政、立法、军事政令。直属机构包括旗籍司，王会司、典属司，柔远司、徕远司、理刑司以及司务厅、银库等。
在理藩院内，主管藏传佛教事务的机构原来主要是柔远清吏司，道光年间修改《理藩院则例》，又将部分职责分给典属清吏司。另外理刑清吏司也承办一部分喇嘛事务。喇嘛印务处则专门办理有关喇嘛的具体事务，是北京藏传佛教事务的直接管理部门。
柔远清吏司在藏传佛教事务管理方面，主要掌管各呼图克图、喇嘛进贡的贡班、年班以及京城内外各寺院喇嘛的钱粮、草豆、烤炭等事宜，并颁给各寺院时宪书。
从乾隆朝开始设立的典属清吏司，在藏传佛教事务管理方面则主要掌管“达赖喇嘛、班禅额尔德尼进丹书克，在京喇嘛考列等第、升迁调补，札付、度牒、路行，奏请寺庙名号，各寺庙工程，咨取学艺班第、台吉充当喇嘛”，还有僧正、僧纲袭替等事。(www.xing528.com)
理刑清吏司是理藩院中的常设机构，在藏传佛教事务管理方面则主要掌管缉拿喇嘛私自逃逸以及违法犯罪等事。
喇嘛印务处是理藩院具体管理喇嘛事务的机构，在北京设立的称“总管驻京喇嘛印务处”，也简称“驻京喇嘛印务处”或“喇嘛印务处”，设立于乾隆十年（1745年），其主要负责官员是正副掌印扎萨克达喇嘛，另设帮办呼图克图1员，蒙古及满洲司员各1缺（2年更换）。主要职责是办理有关喇嘛事务的公文。设有专门的印库收贮印信，由印务德木齐4人轮流值宿看守。由皇帝指派驻京呼图克图等大喇嘛充任掌印扎萨克达喇嘛，按期到印务处会同办公，印钥也由正掌印扎萨克达喇嘛保管。
驻京喇嘛印务处最早设立于北京旃檀寺，即宏仁寺，光绪二十六年（1900年）八国联军入侵北京，旃檀寺被焚，遂移至雍和宫。光绪二十七年（1901年）又移至西城护国寺东廊下五台山下院，即五门庙。光绪三十四年（1908年）移至雍和宫东花园北大门。民国时期，1930年更名为喇嘛事务处，1931年10月又改为喇嘛生计处，1932年11月改为北平喇嘛寺庙整理委员会。
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