1937年，北平七七卢沟桥事变爆发，日军自东北入侵至华北，由此开启中日全面战争。这场抗击日本侵略者之战争持续8年，虽然最终获得胜利，但给近代中国造成深重灾难，给刚刚兴起之生物学研究事业也带来沉重打击。平津沦陷之前，北平静生生物调查所未作任何撤离准备；沪宁战役之前，南京之中国科学社生物研究所、中央研究院动植物研究所匆忙撤离，只是将主要物品运走，留下大量标本落入敌手，中国科学社生物研究所在日军占领南京之后，竟遭日军焚毁。陈焕镛获悉这些不幸消息后，认为国人开创的生物学研究机构几遭全毁，现仅剩其一家，更有责任和使命予以保护。其时广州已频遭空袭，日军叫嚣即将登陆。
在广州时局日趋紧张，战祸在所难免之情形下，中山大学在作撤离准备；然而学校巨大，行动迟缓，陈焕镛无暇等待学校统一安排，于1937年底至1938 年1月，自筹搬迁费用，派李仲洛赴广九铁路租用40吨重卡车，分批将重要物品先行运往九龙。在运输第六批物品时，因卡车缺乏，不得不中断，未能悉数运出。截至1939年11月，迁往九龙之物品计有：
干制植物标本定名者112 120号，在研究中或已定名而未编号者约4万号，液浸鲜花定名者1 848号，液浸鲜果定名者75号，在研究中或定名而未编号者约1千号。已装订重要杂志1 456本，普通植物学书籍643本，未装订约2 000本，单行本科学论文约1 000本，中文植物学及医药学书籍157本。[1]
这些数据，当为确切，若是估算，不会精确到个位。如何妥善安置这些标本、图书，陈焕镛先租得其家族在九龙码头围道314号及弥敦道货仓各一所，以备暂存，后动用其家族资金买地建房。陈氏家族在香港有经营多年《华字日报》产业，该报馆事务一直由陈焕镛长兄陈斗恒执掌，1926年陈斗恒去世，由其长子陈芷兰继任。经陈芷兰努力，《华字日报》扩大为有限公司。抗日战争前，陈芷兰病故，报馆由陈霭庭第三房所出第十四子陈焕祺任经理，时市场已不景气，只是维持。早在陈霭庭逝世前，遗嘱指定《华字日报》为家族共同产业，年终所得利润，首先照顾族中孤儿寡妇，剩余部分按人口拨给每户，多数年份每人每年约得200至300元。陈焕镛如何与兄长陈焕祺相商借款已不得而知，不过陈焕祺之女陈淑珍从中相助甚多，则为植物所同人所周知。陈淑珍向香港政府投承荒地一段，建筑三合土楼房一所，门牌288号，以供研究所办公和存放迁来标本、图书之用。该建筑于1938年9月落成，名为中山大学农林植物研究所香港办事处，并以先前之314号为职员宿舍。
图3－1 中山大学农林植物研究所香港办事处
农林植物所搬迁香港之后，中山大学尚在广州进行正常教学，陈焕镛及一些研究所人员还来往于省港之间。1938年夏，陈焕镛被中山大学校长邹鲁任命为理学院院长，陈焕镛以兼任生物系主任为条件，得到邹鲁同意。陈焕镛利用此职之便，迅速将生物系植物标本也运往香港，拟与农林植物所合并。但此举并不为生物系同人赞同。陈焕镛之前，生物系主任为董爽秋。
10月，日军在广东登陆前夕，植物所已安排好留守人员。法政路所址有李耀、欧阳有群、姜义，石牌标本园有陈少卿。日敌登陆时，陈焕镛不知何事也滞留广州，其如何脱险去香港，颇具传奇色彩：
日军开入广州前一天，我与陈少卿约定，倘若标本园守不住，来沙面东桥通知。当晚我到二沙头，上中山大学疏散船，向农学院院长邓植仪告别，然后乘他的小汽车到沙面桥头，冲入到英国人巴华斯家投宿。巴华斯在香港，由他两位工友收留。两三天后，陈少卿伪装成小贩，挑着一担盐来到东桥，隔壕说：“标本园驻骑兵，完蛋了！”我嘱咐他“逃入内地吧”！隔几天半夜，七个年轻德国法西斯凶汉入屋检查居留证。当时我坐在烛光下看外文书，立刻叫工友拿出他们的证件，德人看了就走，他们以为我是巴华斯。从此我知道不能久留，每天站在二楼走廊上，盼望着脱离困境的机会。一天，见到香雅阁走过，当他知道我的情况，对我说：“明天有美国炮艇赴香港，试试能不能把你带走。”一会儿送来纸条，写着“舰长不同意”。过了几天，又送来纸条，写的是“香港主教Bishop Hell（何文华）乘英国炮艇Tarantula号回港，愿意你随行，明天巴士准时到码头”。第二天到码头，一个英国军官问：“你是陈教授吗？很抱歉，不能去，日本海军在伶仃洋登舰搜查，没有身份证，你必遭殃。”过了大约一星期，偶然遇到不太熟悉的族兄陈赞臣，这时住白鹤洞，他建议暂住他家，等待红十字会难民营正式成立，混进去，再想办法回香港。没有几天，中医梁培基来访，告诉陈赞臣将和他步行去澳门，我遂跟他们同行。[2]
对于陈焕镛所述，需作几点说明。一是沙面（Shameen）在广州城西南，为珠江冲积而成之沙洲。鸦片战争后沦为英、法租界。陈焕镛逃避至此，是想借租界获得保护。但日本人利用德国人搜查逃到沙面的中国人，而德国人之所以将陈焕镛误为英人巴华斯，实因陈焕镛面相如西人。二是陈焕镛在此遇见香雅阁，其为美国人，系岭南大学总监。陈焕镛与岭南大学素有交往，日后与香雅阁还有联系。三是陈焕镛在沙面还曾到美国和英国领事馆，请领事馆法律顾问向日本人说情，不要损坏石牌的标本园，但此项努力失败了。四是陈焕镛最后系化装成苦力，步行逃到香港。
广州沦陷后，中山大学先迁往广东罗定，到达罗定之后，又决定迁往云南澂江。此时陈焕镛因植物所在港，难以分身随校赴云南行使理学院院长职务，只得派农林植物所之李仲洛为理学院助理秘书，管理院长印信，随校代策代行，并派部分人员前往，与学校保持一定联系。1939年春间，陈焕镛曾赴云南澂江，向学校汇报植物所情况，但在澂江仅停留一天。是年暑期，辞去理学院院长，改由何衍璿接任，交接手续也由李仲洛代为履行。何衍璿上任后，李仲洛及植物所人员自理学院划归农学院。
从以上人事变动情况，可以略见此前植物所与理学院关系，没有因陈焕镛担任院长而有所改善，反而隔阂越来越大。主要原因是陈焕镛从生物系挑选4万份标本和一部分图书运到香港，引起生物系人员极大不满。李仲洛言，在澂江时期，在一次总理纪念周大会上，董爽秋即公开指责陈焕镛是“巧取豪夺”，影响该系教学和研究；当香港沦陷，中山大学迁往粤北，董爽秋等生物系同人更是直接攻击陈焕镛，因巧取豪夺而丧失公物，此亦是复员后理学院指控陈焕镛为汉奸之原因。
陈焕镛辞去理学院院长之原因，一是不能亲赴云南澂江就职，一是囿于中基会对研究教授之规定。1938年初植物所播迁香港后不久，任鸿隽亦来香港避居，此时他已辞去中基会干事长职务。《蔡元培日记》1938年4月9日载有任鸿隽偕陈焕镛一同拜见时亦在香港之蔡元培。[3]任、陈同在一地，但把晤无多。7月，又任命为理学院院长。[4]10月，陈焕镛闻任鸿隽将有上海之行，为出席中基会执委会之会议，遂致函任鸿隽，禀报近况。其函极儒雅，录之如下，以见老辈学人之文采。
叔永先生道席：
拜违芝宇，时切萦思，屡欲道访高轩，藉亲教益，无奈纷纭贱务，处处羁人，疏懒之愆，尚祈原宥。比闻先生将有申江之行，悉想中故旧必以先生数月以来旅居香港，对敝所业务与镛个人近况究知其详，于晤谈之中，当有举以叩问先生者。故于编造廿六年度敝所业务报告之余，更将最近之重要工作进行为先生陈之。(www.xing528.com)
敝校邹校长不以猥材见弃，除原有职务外，更于廿七年度聘镛为本校理学院院长兼生物系主任之职。窃愧庸愚难膺重寄，惟屡辞不获，勉任巨艰。查本校生物系所藏植物标本数量颇丰，蒐集多年，不少珍品，而以整理未臻完善，研究又复乏人，故于成绩一层难言建树。现邹校长为整顿该系所藏植物标本，俾归划一管理。而节公币起见，特将该系植物标本拨归敝所统一贮藏，并嘱从新调整，现正将该项标本运至敝所，详为鉴定，预料将来整理竣事，敝所所藏标本数量当增加不少也。
专此布达，亮照不宣。顺颂
筹安
弟 陈焕镛 敬启[5]
图3－2 中山大学校长邹鲁
陈焕镛荣任理学院院长，有悖于中基会聘任研究教授之规定。任鸿隽当即复函云：“吾兄荣膺院长要职，事诚可喜，惟于中基会规则研究教授不能兼行政事务，若必不得已，惟有暂作请假一年，支领学校薪俸，俟将来脱离行政职务，再行恢复中基会待遇。从前庄长恭君在中央大学担任理学院长，即系如此办理，事有先例，尊处之事，是否遵照庄君前例办理，请迳函中基会示之为幸。”[6]其时任鸿隽已卸任中基会干事长，对此事本可不过问，大可不必因此事在友朋中或生芥蒂。但事涉制度规章，他仍然写了这封信，并致函时任干事长孙洪芬。对陈焕镛而言，中基会俸给不是大学可以比拟，又当此战时动荡时期，中山大学已迁云南澂江，在港之植物所亦需他主持维持，权衡之后，他还是辞去中山大学理学院院长兼生物系主任。此有校长邹鲁同意其辞职的函件，亦难得之史料：
焕镛先生大鉴：
顷奉大函，敬悉一切。先生此次多方设法，保全农林植物研究所图书、仪器、标本，闻之感慰。理学院院务须借重之处正多，惟先生因恪于中基会定章，未能兼顾，亦是实情。理学院未能得先生继续主持，固属极大之损失，然将来植物研究所得先生全力发展，亦吾校之幸也。关于理学院一切，尚请与槐庭、菊魂二先生商洽。
专此，袛颂
教祺
弟 鲁 二月十七日[7]
陈焕镛接到此函后，将其转呈中基会，说明已辞去理学院长职务。在广州沦陷之前，陈焕镛凭其影响力及与香港《华字日报》的关系，将农林所之标本、图书、仪器运往香港，未使落入日寇之手，得以完好保存，研究也未中辍。可以设想，假若陈焕镛当时不是专任所长，就没有那么多的时间和精力专注植物所事，其谋划与实施若有缺失之处，损失则可想知。此也应归功于中基会的制度及制度之执行，任鸿隽的处事风范，也当属良好传统之一，农林植物所亦受惠于此。
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