古卷重见天日以后就被分居两地，虽然几经周折又会合，却昭示着自身的命途多舛。在死海边上，多方人马齐集，展开了一场古宝的争夺大战。
首先就是得天独厚的贝都因人，他们当然不会放过这个好机会。古卷传奇让贝都因人热血沸腾，他们蜂拥入穆罕默德到过的洞穴，将里面的大部分东西拿走，更可惜的是，他们不懂如何保护发掘现场，使这个洞穴遭受了很多不必要的损失。等到考古队来到这个地方，这些贝都因人囤货居奇，以高价将搜来的古卷卖给考古队的人。贝都因人以这种方式又发现了好几个洞穴。
而更大的争夺则发生在国与国之间。1948年的第一次中东战争，让巴勒斯坦国没有建立起来，以色列乘机占领了大片领土，同时占据西耶路撒冷，而敌对方的约旦国，则控制了东耶路撒冷及其东部部分地区，这个部分就包括了拥有“死海古卷”的山谷。
约旦国批准建立一个由挑选出来的考古专家组成的团体，拥有研究和公布其他手迹的专利权。这一垄断惹得国际学界很不满，据说由约旦王国学术机构负责召集的国际小组，是七、八个年轻的天主教学者组成，他们似乎担心古卷中的内容会对现有的宗教观念产生不利的冲击，所以在没有全盘了解古卷内容的时候，不对外公布。而且，由于国与国之间的敌对状态存在，约旦国的学术团体不允许犹太人参加。
约旦王国最开始组织了发掘工作，人们找到当初穆罕默德发现古卷的那个山洞，因为这片山谷被当地人叫做库兰山谷，所以这些山洞被称为“库兰山洞”，穆罕默德进去的那一个被编为1号山洞。
在约旦国控制下，挖掘完全被垄断，成就最突出的两位考古学者一位是耶路撒冷法国圣经学院的罗朗·德·沃，他是法国天主教多明我会神甫，另一位是约旦考古部工作人员哈丁。从1951年开始，他们对库兰山谷进行了长达五年的细致挖掘，跑遍了267个岩洞，其中有25个岩洞藏有和1号岩洞一样的陶器，另外一些还有散落的古卷碎片。
◎库兰山洞
这些古物所有权属于约旦国，为答谢此次挖掘的赞助商洛克菲勒基金会，他们把这些古物存在东耶路撒冷的洛克菲勒博物馆里。
◎东耶路撒冷的洛克菲勒博物馆(www.xing528.com)
可是，战争风云突变，古卷的命运也跟着变动。1967年6月5日，第三次中东战争爆发，以色列发动突袭，占领了东耶路撒冷，约旦军队全线溃败，以色列收回了约旦河西岸的全部领土。位于东耶路撒冷的洛克菲勒博物馆也转到以色列政府的庇护下，藏于馆中的所有古卷也归属了以色列。
罗朗·德·沃神甫又得到以色列政府批准，组建学者研究小组，垄断了对这批古卷的研究权利。这样一来，除了少量的残卷流散在西方国家被一些私人收藏外，大部分都到了以色列人手里。
不过，不管是约旦国还是以色列，都对古卷中可能会出现的一些宗教问题担忧，所以这些古卷只有很小一部分被公开过。
苏克尼克教授拥有的那3卷古卷，曾经在1955年出版过，除此之外，再没有其他古卷内容整理出版。国际上其他宗教界和学术界人士，强烈要求公开古卷内容，但都被古卷研究小组拒绝，小组成员一直对此保持了相当的神秘。
20世纪90年代以后，古卷研究小组长达40多年的垄断行为激怒了越来越多的学者，牛津大学格萨·维尔梅斯教授愤愤地说：“自1955年出版第一卷之后，‘死海古卷’的整理出版长达40多年，是20世纪学术史上的一大丑闻。”
1991年，美国辛辛那提希伯来协和学院的学者们，利用计算机虚拟软件和一部公开发行的古卷名词索引，成功地“拼”出了一章古卷，极大地讽刺了古卷研究小组的垄断行为。随后，以色列政府迫于外界压力，同意逐渐向外界开放古卷的影印版本。
◎罗朗·德·沃神甫保持了几十年对古卷研究的权威性，可是现在随着古卷逐渐公开 ，他的研究成果越来越受到学者们的质疑。
同年，耶路撒冷希伯来大学教授埃曼纽·托夫出任古卷研究部主任，正是在他的领导下，“死海古卷”的整理取得了快速的进展。他一共聘用了近百名学者参与古卷整理工作，终于在十年之内完成整个浩大工程。2002年，牛津大学出版社出版了1947～1956年发现的“死海古卷”全集，共39卷，名为《犹太沙漠的发现》（Discoveries in the Judean Desert）。
至此，人们这才能稍微揭开一点古卷的神秘面纱，如果要看清楚古卷的全貌，我们还需要耐心地等待一段时间。
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