在行政机关的系统架构中实施分类考察，有助于进一步澄清森林公安机关的性质并明确其法律归属。
（一）归属于部门行政机关
根据其权限范围，可将行政机关分为一般行政机关和部门行政机关。前者，其权限是全方位、涉及各个行政领域的各种行政事务，通常指国务院和地方各级人民政府；后者，其权限则是局部性、仅涉及特定行政领域或事项，是指国务院各部委（如公安部）、直属机构（如国家林业局）、办公机构以及地方各级人民政府的工作部门。尽管后者是前者组成部分并受其指挥和管理，且前者有权向后者发布命令、指示而后者必须执行，但后者仍然是独立的行政主体，其能以自己名义对外行使职权并由其本身对外承担相应职权行为的法律责任。由此可以认定，森林公安机关不是典型的部门行政机关，但可以归属于部门行政机关。理由有3点：第一，与县公安局或林业局相比，县森林公安局的行政级别往往低于县公安局或林业局，此为森林公安机关的非典型性。第二，与县公安局或林业局不同，县森林公安局不是县人民政府的工作部门，而是县公安局和林业局的组成部分。第三，虽然行政级别较低，目前也不属于政府工作部门，但县森林公安局作为行政主体的法律资格，却又与县公安局或林业局完全平等，也能以自己的名义对外行使职权并承担相应的法律责任。
（二）归属于专门执法机关
根据其行使职能的情况及与行政相对人的关系，可将行政机关分为专门执法机关和普通管理机关。前者通常直接与行政相对人“亲密接触”，直接适用法律规范对相对人作出具体行政行为（如环保、土地等行政机关），后者则相反（如财政、人事等管理机关）。据此，森林公安机关应当归属于专门执法机关。当然，行政机关整体上都是执法机关，仅在执法性质与手段上存有区别。故此处“专门”仅相对“普通”而言，即意味着不排除非“专门执法机关”的其他行政机关也是执法机关。例如，林业行政机关当属执法机关无疑，但与森林公安机关相比，其“专门性”显然较弱，因而也可将其归入“普通管理机关”。况且，《国务院关于进一步推进相对集中行政处罚权工作的决定》[8]、《国务院办公厅转发〈中央编办关于清理整顿行政执法队伍实行综合行政执法试点工作意见〉的通知》[9]颁发以后，随着相对集中行政处罚权和综合行政执法试点工作的深入，上述原本属于“专门执法机关”的如环保、土地、绿化、工商等行政机关也将逐步变成“普通管理机关”。
（三）归属于职能性行政机关
根据其管理的客体和内容，可将行政机关分为职能性行政机关和专业性行政机关两类。前者管理的客体和内容是综合性的，跨部门、跨行业的，如税务、环保机关等；后者管理的客体和内容是专门性、部门性、行业性的，如林业、农业机关等。就森林公安机关而言，其管理的客体既包括国家对森林及野生动植物资源、生态安全的行政管理活动，也包括国家对社会治安秩序、国家安全的维护与捍卫活动；其管理内容不仅涉及林业行政事务，而且囊括警察行政事务。直言之，管理客体和内容的综合性、跨部门性和跨行业性，决定了森林公安机关应当归属于职能性行政机关。
（四）归属于外部行政机关而非内部行政机构
根据职权涉及对象划分，可将行政机关分为外部行政机关和内部行政机构。森林公安机关应当是人民政府依法设置的具有独立法律资格的外部行政机关，而非政府所属工作部门自身设置或派出的无独立性质的内部行政机构（也称内设机构、职能机构、业务部门或者内部单位）。原因在于：
1.设置依据不同(www.xing528.com)
行政机关一般依据组织法或其他法律而依法设立，行政机构一般依据行政机关的内部行政决定而设置。森林公安机关是根据《关于建立森林公安机关的决定》[10]（简称“东政公工字第2号”）、《森林保护条例》[11]、《中华人民共和国森林法（试行）》[12]（简称《森林法（试行）》）、《中共中央、国务院关于保护森林发展林业若干问题的决定》[13]、《劳动人事部关于林业公安体制问题的通知》[14]（简称“劳人编〔1984〕70号”）及《中华人民共和国森林法实施细则》[15]（简称《森林法实施细则》）等法律法规的规定而设置的行政机关。而林政科或治安科等内设机构往往在征得上级行政机关或所属人民政府的同意后，以决议或决定形式予以设置，无须得到权力机关的应允或许可，并以法律或法规形式表现出来。
2.设置主体不同
行政机关通常由人民政府设置，行政机构则是行政机关自身设置。森林公安机关的发展史表明，森林公安机关的设置主体是人民政府（如东北人民政府，省、自治区革命委员会，国务院等），而非人民政府的工作部门。例如：①在“东政公工字第2号”文件中，当时的东北人民政府决定“在东北森林工业总局所属各森林工业管理局下设森林工业公安处。其业务受所在各省公安厅的领导”。[16]②“国家为了保护森林资源和维护林区社会治安，1953年6月，经政务院批准，在黑龙江、吉林和内蒙古林区的国营林业局设立了林业公安局”。[17]③《森林保护条例》第8条要求“省、自治区人民委员会，应当根据实际需要，在大面积国有林区建立护林防火机构，配备森林警察，加强治安，保护森林”。④《森林法（试行）》第9条要求“省、自治区革命委员会，应当根据实际需要，在重点林区设立公安局、派出所，配备森林警察，加强治安，保护森林”。⑤《中共中央、国务院关于保护森林发展林业若干问题的决定》明确指出“林区要抓紧建立和健全林业公、检、法机构”。⑥《森林法实施细则》第27条则要求“地方各级人民政府应……建设好……林业公安队伍”。因此，森林公安机关应当归属于外部行政机关，而非各级人民政府所属的林业主管部门或地方公安机关依据自身职权设置的无独立地位的内部行政机构，如林政科或治安科。
3.法律地位不同
森林公安机关作为外部行政机关，是公安机关而非地方公安机关的组成部分，更非林业主管部门的内设机构，林政科或治安科则是上述两者的内设机构。这并非仅是学者的一己私见或学理判断，而是公安部和国家林业局（原林业部）的长期共识，并为法律法规所认可。1986年1月10日，林业部、公安部联合发出的《全国林业公安工作会议纪要》[18]（简称“林安字〔1986〕1号”）指出：“林业公安机关是公安机关的组成部分，是公安机关派驻林区保卫森林资源安全、维护林区社会治安的武装性质的治安行政力量，原则上行使同级地方公安机关的职责和权限。”换言之，作为六大警种之一，森林公安机关和地方公安机关是法律上的平行机关，它们与铁路、交通、民航公安机关和海关侦查走私犯罪公安机构一起，共同构成了我国公安机关的整体。值得一提的是，2003年12月18日，《国家林业局、公安部关于加强森林公安队伍建设的意见》（简称“林安字〔2003〕234号”）指出：“森林公安是国家林业部门和公安机关的重要组成部分，是具有武装性质的兼有刑事执法和行政执法职能的专门保护森林及野生动植物资源、保护生态安全、维护林区社会治安秩序的重要力量”，将森林公安机关同时作为林业部门的组成部分。这一定义的细微改变仅仅表明，对森林公安机关在1998年森林法的修正中获得本属于林业部门的林业行政处罚权这一事实，林业部和公安部作出了相当敏锐的反应。但是，准确地说，仅在林业行政处罚权领域，仅在以林业行政执法身份实施林业处罚时，“森林公安机关是国家林业部门……的重要组成部分”的论断才有成立之可能。即便如此，森林公安机关的地位也不等同于林政科这样的林业部门的内设机构，更不意味着森林公安机关性质由此而发生改变。
4.法律身份、法定职权不同
外部行政机关一般拥有行政主体的资格，享有独立的行政职权，而内设机构通常并不具备这些因素。×县森林公安局与×县林业局林政科或公安局治安科等内设机构存有本质区别。第一，就法律身份而言，林政科或治安科等内设机构在法律上不具有行政主体的地位，不能以自己的名义，而只能以所在部门行政机关的名义（如×县林业局或×县公安局）对外行使职权，其行为也不由其本身而由所在的行政机关对外承担法律责任。森林公安机关却是独立的行政主体，有权以自己的名义对外行使职权并独立承担由此带来的法律责任。第二，就法定职权的性质和范围而言，林政科虽与森林公安局的职权有部分雷同，也享有林业行政处罚权的实施权，但不享有林业行政处罚的归属权，也无权染指警察职权。治安科仅拥有警察职权中的行政实施权而无行政归属权，且与林业行政职权毫无关联。而森林公安机关不仅享有警察职权，而且有权以自己的名义查处《森林法》第20条授权的案件，并作出林业行政处罚决定，同时也有权以林业主管部门的名义查处其他各类林业行政案件，其职权范围远远大于治安、林政等内设机构，职权性质也大不一样。
除上述划分外，还可以作出其他划分。例如：根据职权性质和内容划分，森林公安机关当属行政执行机关而非行政决策、监督或辅助机关；根据其决策和负责体制，森林公安机关显属首长制行政机关而非委员会制行政机关；根据其是否依宪法和行政组织法设置和存在时间长短，森林公安机关应属常设性行政机关，而不属非常设性行政机关；根据职能划分，森林公安机关既有全能型又有职能型；根据林区性质可分为国有和集体林区森林公安机关；根据设置模式可分为政企合一模式、政事合一模式、各级林业行政机关、事业、企业内设模式的森林公安机关5种模式；依据编制则可划分为行政、事业、企业、政法专项编制的森林公安机关4类，等等。
为落实党中央、国务院有关林业和公安工作的重要部署，加强森林公安及林业检法队伍的正规化建设，使其依法履行职责，保护生态建设成果，国务院决定，抓紧解决森林公安和林业检法的政法专项编制和经费问题。2005年7月28日，经国务院同意，国务院办公厅发布了《关于解决森林公安及林业检法编制和经费问题的通知》[19]（简称“国办发〔2005〕42号”），“将森林公安编制统一纳入政法专项编制序列”。因此，以“设置模式”、“编制”为划分标准的分类已失去其理论和实践价值，而仅存有历史追溯意义。
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