史学界对朱棣的生母究竟是谁一直争论不休，正史加上野史、秘史，朱棣的生母有四个版本，分别是马皇后、高丽李氏、元顺帝妃洪吉喇氏和蒙古女子翁氏。
认为朱棣的母亲是马皇后的说法，最为广泛。
在清人朱好阳编纂的《历代陵寝备考》中记载，朱棣是朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。这一说法，来源于明朝当时的史书，如《太祖实录》《太宗实录》《靖难事迹》《玉牒》等。朱棣更是亲口说过，他的母亲是皇后马秀英。
但也有秘史称，马皇后没有生育能力，包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，她的几个儿子都是别人所生。马皇后把别的妃子所生育的孩子据为己出。
认为李氏是朱棣生母的说法，有不少人很相信，并认为证据很充分。
《南京太常寺志》上记载：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后马氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王；左二位皇妃，生楚王、鲁王、代王、郢王、齐王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王；左三位皇贵妃，生湘献王、肃王、韩王、沈王；左四位皇贵人，生辽王；左五位皇人，生宁王、安王；右一位硕妃，生成祖文皇帝。”
太常寺为皇家机构，《南京太常寺志》自然是官方文字，其记载有很高的真实性和可信度。
国内很多历史学家都深信朱棣的生母为“妃”李氏。妃是为高丽（现在的朝鲜）选送给朱元璋的女子。当时因为李氏尚未到预产期，朱棣便出生了。朱元璋遂怀疑李氏与人私通，于是龙颜大怒，将妃活活折磨死了。
朱棣知道自己的生身之事，在即位之后，于永乐十年（1412年）在南京重建大报恩寺塔，以报答生母妃。
但事实上，朝鲜向明朝称臣送贡女是在1365年，而史书上明确记载朱棣生于1360年，其时朱棣已5岁了。根据这种推测，朱棣的生母是李氏的说法也不可信。
朱棣生母是元顺帝妃洪吉喇氏的这个说法，可上溯到朱元璋未称帝前。(www.xing528.com)
在至正年间，朱元璋跟随郭子兴起兵反元，郭子兴病死后，朱元璋取而代之，南征北伐，先占领集庆（今南京），后又攻下大都（今北京）。元顺帝看大势已去，遂弃大都，退守蒙古。朱元璋入城后亲临元顺帝后宫，落难人群里有一位美女姿容姣美、眉目含情，顿时引起了朱元璋的注意，遂收她为妃子。这个女子就是元顺帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元顺帝洪吉喇托太师的女儿。
早在朱元璋攻占北京之前，洪吉喇氏已怀孕七个月，元顺帝出逃时，不方便带上她。两个月后，洪吉喇氏生下了一个儿子，此即朱棣。
据说，当时朱元璋知道此子不是自己亲生，并不想认这个儿子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜欢上了，并认下这个儿子。
民间对这种说法传得神乎其神的，而朱棣与其他几个兄弟长得确实不一样，一点也不像朱元璋，这也加大了这种猜疑，民间据此称朱棣是蒙古人。但史上记载，大都失守是至正二十八年（1368年），而朱棣生于至正二十年（1360年），时间相差八年。因此，这种说法也不可信。
与洪吉喇氏一样，翁氏也是蒙古女子，也是元顺帝的妃子。但民间之所以还有翁氏一说，可能是“洪”“翁”译音上的相似而以讹传讹。
刘献廷所著的《广阳杂记》称，朱棣不是马皇后生的儿子，他的母亲是蒙古人翁氏，因为曾是元顺帝的妃子，所以史书上不方便提这事。但朱棣没有忘记这位蒙古生母，而是在宫中另外建庙，供奉她的牌位，让世世代代纪念她。
刘献廷是清朝人，他的文字仅是自己的观点。况且，他的记载来源于北京一带的坊间传言，而且是小时候听说的，自然不可信。
朱棣的生母到底是谁？从目前的情况来看，马皇后和妃李氏最有可能。
比较一下马、李二人，朱棣还应该是马皇后所生，因为妃的情况与洪吉喇氏、翁氏一样，在时间上有破绽，生育时间与朱棣的年龄不一致的。
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