对科技税收政策体系的评价就是指对它进行绩效评估，即投入产出分析。投入就是科技税收政策的成本（含制定、颁布、实施成本和税收损失等）；产出就是因为科技税收政策的实施而产生的各种收益，如科技效益、经济效益、社会效益和生态效益等。其考察的指标主要有：制度成本、税收损失、R＆D投入、R＆D产出、产业升级、社会和谐（如就业率、贫富差距和社会活力等）和生态环境等。目前，对科技税收政策的评价，最常用最简便的是计算每年创新主体在R＆D经费投入上的增加额与科技税收政策实施中税收的损失额的比值。如果比值大于1，说明科技税收政策在刺激行为主体R＆D投入方面是有效的；如果小于1，则说明税收手段可能还不如直接对创新主体进行财政补贴。依此方法，N.Bloom等人（2002）对美国、澳大利亚、加拿大和法国等几个税收优惠力度较大的国家在20世纪80年代的税收政策绩效进行了评价，“美国的比率在1.3～2.0，加拿大为0.83～1.73，而值得注意的是，澳大利亚对企业R＆D投入的税收优惠力度在80年代是最高的（高达150%），然而其比率为0.6～1.0”。这一结果表明，高比例的税收优惠并不一定能带来相应高比例的R＆D投入。
当然，因为这一方法忽略了其他各种成本和收益，所以，其计算结果并不能准确反映科技税收政策的绩效。首先，“世界微观经济的波动和利率因素的影响等都使得科技税收的绩效产生波动”（N.Bloom，et al.，2002）。其次，科技税收政策作用的范围远远超出了单一的R＆D投入阶段，还延伸到了社会和生态领域，所以其收益在这种方法中被严重低估了。再次，对科技税收政策的评价不应只是短期的，还要看到其长期的影响。根据N.Bloom等人（2002）的研究，“从短期看，10%的税收优惠可能只引起1%的科技投入，但从长期看，它将能带来10%的投入增长。”(www.xing528.com)
同时，社会历史发展和文化传统也会影响到科技税收政策的灵敏性。一般来说，市场越完善，制度越健全，创新主体的独立性和创新能力越强，科技税收政策的作用就发挥得越好。美国科技税收政策就有较高的灵敏性，这显然与其较强的创新能力、独立自主的创新活动和完善的市场经济体制相关。
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