作为计划经济的产物，户籍制度在特定的历史时期，在人口统计和社会治安管理、控制农村人口大量流入城市和保障城市居民的充分就业等方面曾有效的推动了我国传统工业的起步和发展。然而，随着我国市场经济体制的建立与发展，传统的户籍制度与新体制的矛盾日益突出，传统的户籍制度已经成为我国现代化进程中的障碍，极大的阻碍了农民工市民化的进程。
（1）二元户籍制度阻碍了农村劳动力的自由流动，使得农民工市民化失去了前提条件。我国正在建立和逐步完善社会主义一市场经济的体制，其核心内容是实现各种社会资源的自由流动，进而实现人尽其才，物有所用的目的。而二元户籍制度把城市和农村完全分离开来，把全国人口分为两个在经济利益上完全不平等的社会阶层。再加上附着在户籍制度上就业歧视、福利、教育等政策，使得农村剩余劳动力很难转移到城市，限制了农民工在城市就业，严重制约了人口的合理流动，农民工在城市很难立足。而农民上转移到城市，在城市立足是实现市民化的前提。因此，二元户籍制度使得农民工市民化失去了前提条件。
（2）二元户籍制度使得农民工难以享受到国民待遇，削弱了农民工市民化的物质基础。二元户籍制度，将我国人口分为农村人口和城市人口。户口与就业、社会保障密切联系。拥有城市户口，可以享受到城市中的各种优惠政策和社会保障。市民不仅具有优越的城市基础设施设备、良好的城市环境，而月＿还享有医疗、教育、就业等各方面的社会保障。而农民只是拥有上地，农村基础设施薄弱，生活环境较差，更为严重的是至今农民还没有被纳入到社会保障的范围。农民进入城市，成为农民工，就面临着二元就业结构、子女教育、社会保障等难题。农民工虽然生活和工作在城市，为城市作出了重要贡献，然而他们却不能与市民享受到同等待遇，这给农民工的生活和工作增添了后顾之忧，无形之中削弱了农民工市民化的物质基础。
（3）二元户籍制度严重影响了工业化、城市化的进程。中国工业化的发展，需要大量的产业工人。农村剩余劳动力向城市转移，并进入了城市产业工人的队伍。然而，农民工在城市工作多年，却不能与市民享有同等待遇，加大了农民工在城市长久生活和工作的不确定性，这势必会造成部分发达地区缺乏稳定的产业工人队伍，甚至产生“民工荒”，严重影响了我国的工业化进程。二元户籍制度同样制约着我国城市化进程。主要表现在两个方面。其一，二元户籍制度把农村人口束缚在乡村，使乡村社会经济发展与城市的差距不断扩大，城乡之间的鸿沟不断加深，直接阻碍城市化进程。其二，二元户籍制度引发的“农民工”问题阻碍城市化进程。总之，由于户籍制度的制约使农民工无法真正融入就业城市原有的社会组织内，不得不在体制外生存而成为漂泊不定的流动人口，他们远没有城市化。
近年来，虽然我国的户籍制度有所松动，但力度还是不够，尤其是附着在户籍制度之上的就业、医疗、教育、福利等政策的改革尤显缓慢。农民工不能享受到真正的国民待遇，进而阻碍了农民工市民化的进程。
二、农民工社会保障权的缺失
农民工生活在城市，脱离赖以生存的土地，失去了传统的生活保障。他们在城市工作，为城市的社会经济发展作出了极大贡献，然而，长期以来，他们却被社会保障制度拒之于门外，农民工的社会保障状况不容乐观，这又成为阻碍农民工市民化的一个制度障碍。下面我们具体分析农民工在社会保障制度各个方面的现状。
目前，仅有少数几大城市实施了面向农民工的社会养老保险，如北京市于2001年9月1日起正式实施《北京市农民工人养老保险暂行办法》。北京市农民工超过300万，而参加北京市社会养老保险制度的农民工只有9万人左右。但从制度的推行情况来看，出现了农民工参保率低、退保率高的现象，再加上养老保险持续、转移过程中的种种限制，更是加大了农民工的退保力度。
2﹒从医疗保险来看
农民工虽然以青壮年为主，但是他们工作的性质、环境、条件等比较恶劣，使得他们极易生病。可是农民工被排斥在城市医疗保险之外，只能是自费医疗。这导致他们生病后，很少看医生，大多数是仗着年轻、体质好硬挺过来，或找一些江湖游医诊治，导致上当受骗，或延误病情，甚至危及生命。虽然，有些地方政府实施了农民工异地合作医疗的措施，但其还处于试验阶段，在很多方面有待于完善。(www.xing528.com)
3﹒从失业保险来看
城市市民在失业后，有失业补助作为保障，来维持生活。然而，农民工失业后，却没有失业保障。他们为了生活，只能是向老乡或亲友借钱以维持基本的生活；甚至还有一部分不得不离开城市，重新回到家乡。根据调查，前者占77﹒2%，重新回到农村的占14．6%，极少的农民工能得到地方政府或是劳动单位的资助。
4﹒从工伤保险和生育保险来看
农民工在城市从事那些强度大、危险大、环境恶劣的工作，人身很容易受到伤害。然而，根据与企业签订的“生死合同”，工伤事故责任往往由农民工自己负责，难以享受到工伤保险待遇。即使可以得到用人单位的少量补偿，那只是杯水车薪。据有关统计，在全国每年发生的数万起工伤事故中，农民工工伤的比例高达40%以上，而农民工真正得到补偿和救助的比例仅仅5%。在农民工群体中，女职工生育保险基本上是空白。一些女职工一旦怀孕，往往会被企业辞退，即使不予以辞退，又由于企业没有为其办理生育保险，他们在生育期间的待遇不能与城市市民相提并论，这与国家的优生优育政策背道而驰。
总之，农民工的社会保障权益并没有被纳入到城市社会保障体系中，这将阻碍农民工市民化的进程，进而影响到我国的城市化进程。可以说，农民工的社会保障问题能否成功解决将深刻影响到中国未来的稳定和发展，城市化已经成为中国社会发展不可逆转的趋势，妥善处理农民工这一准市民的社会保障问题至关重要。
三、土地家庭承包制牵制了农民工的流动
为了确保农村的稳定，党和国家实行土地五十年不变的承包政策，不准土地进行自由买卖、转移，这是完全必要的。但现在的弊端是对土地管的太死，使得农民承包的土地成为他们“保命田”的同时，也成了套住农民使之不愿舍弃的“鸡肋”。现有的土地制度在一定程度上阻碍了农村剩余劳动力的转移，进而阻碍了农民工市民化的进程。
我国《宪法》明确规定：农村土地归农民集体所有。但是“集体”是指哪一级，法律规定则较为含糊。如在《宪法》中，被笼统的界定为集体所有；在《民法通则》中，则被界定为乡（镇）、村和村内农业集体经济组织所有。这种不明确的土地所有权界定，使得土地物权、财权模糊不清，致使在上地产权市场流转中演化为多元主体之间的权利之争。这会导致土地资源的浪费以及土地交易成本的提高，影响土地流转，从而不利于土地资源的合理配置，不利于农村市场经济的发展。
2﹒土地流转制度的不健全，限制了农村剩余劳动力的转移
随着社会主义市场经济体制的健全和农业经济进入新的发展阶段，对农用土地资源实行市场配置和规模经营的要求越来越迫切，这使得适当的上地流转成为必要。农民工市民化意味着农民工放弃上地和房产，向城市永久性迁移。然而，我国有效的、制度化的土地流转机制尚未建立起来，已有的流转其实仅是经营权的短期改变。现有的土地流转制度缺乏对农民转让土地使用权进行合理经济补偿的成熟规定。另外再加上农民工进城后，很难享受到与城市市民同等的国民待遇。这样使得农民工进城务工，甚至是转化为市民，存在后顾之忧，他们不愿意放弃农村土地这一最后的生命保障。这就在一定程度上影响了农民向城市的转移的积极性，进而影响到农民工市民化的进程。
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