政学系把持的军政府在桂系军阀支持下加强对广东省政府的控制，并削弱非桂系军队的实力，达到由桂系、政学系全面操控广东政治的目的。
军政府拿陈炯明所担任的潮梅督办一职开刀，但受到了广东地方势力和旧中华革命党人的抵制。1918年10月4日，惠潮梅督办署总参议马育航等发表通电反对撤销惠潮梅督办署。10月11日，粤军将领邓铿、许崇智、马育航、洪兆麟等发表意见，指出撤销惠潮梅督办、取消矿捐以及军政府提取盐款，将使援闽粤军“饷源立竭”，要求莫荣新收回成命。但在10月17日，军政府还是宣布免去陈炯明惠潮梅防务督办兼职，派桂军将领刘志陆为潮梅镇守使。潮州地方富庶，向来财赋皆由潮梅督办主政。“近来军政府为进行扩张计，如军权、财权，皆有实行统一之意思。此亦其一端也”。撤消陈炯明的潮梅督办一职后，军政府政务会议遂训令潮桥运副使李海云，“查潮桥收入盐税除去应支之外，本月余款应即解归本府以济军饷”。[25]
撤消潮梅督办问题，是粤、桂两系最大的争执。闽粤两院议员公推代表饶芙裳、何士呆等往访莫荣新，请求暂缓取消陈炯明潮梅督办名义，交涉许久，无甚结果。嗣后谒见伍廷芳、岑春煊两总裁亦未得要领。最后省议员陈世恩等与莫荣新再三蹉议，莫荣新只准陈炯明仍在潮汕筹措军饷，惟暂缓撤去陈炯明的潮梅督办职务一层未能办到。粤军后方接济全赖潮汕和梅州一带，饷械的筹集又全恃一个“督办”的名义，莫荣新“予其实而靳其名”，因此粤军全体官兵大为愤激。陈炯明从漳州来电力请收回成命。[26]1918年11月2日，军政府政务会议开会议定具体办法，所有粤、浙、滇各军军饷由筹饷局支配，矿捐则概仍旧由陈炯明派员征收，海、陆丰两县及汕尾一带统由粤军完全负保持治安之责。但陈炯明仍坚持辞去宣抚使一职。[27]
拥护孙中山的广州国会议员进行第二次军政府改组，企图迫使岑春煊下台，可以视为他们反对桂系军阀、政学系统治的一次努力。(www.xing528.com)
1919年10月广东督军与军政府对两广盐运使职务的争夺，实际上也是追随孙中山的国民党人对于桂系军阀和政学系倒行逆施的抵制。“两广盐运使一席为政学会与民党所必争”。[28]两广盐运使李茂之是老同盟会员，军政府忽然更易其职务，1919年10月13日，广东督军发表命令将两广盐运使李茂之撤换而以军政府顾问刘玉麟代之，国会、海军群起干涉，以致酿成风潮。国会干涉理由是，上一年孙中山炮轰观音山，国会、海军调停结果，盐运使归大元帅任命、由督军加委，按月收入盐款分配给国会、海军和大元帅府作为经常费。盐款成为军政府经费的重要部分，支撑着军政府运作。此次更替盐运使由广东督军单独行事，孙中山以退让大元帅换得的盐运使任命权，被军政府轻易放弃。从职权上讲，国会不能不干涉。国会在盐款确定后，正准备召开正式国会，因李茂之办事不力，国会经费积欠四十余万，若以刘代李，从前欠款如何补偿、以后常费如何支付，没有着落。海军与国会也表示反对。[29]
政学系主导的军政府参谋部则派司令何子奇保护刘玉麟到署，一心想让其接印掌权。李茂之曾反对在韶关设转运局，招致政学系要人忌恨，故此次撤李茂之职务作为报复;另一原因是盐余项下共有一百余万积存，各派要人均欲分沾，“非排除此主要人物(指李茂之)，本党人不能占特别利益”。1919年10月16日，刘玉麟到盐运使署接事。伍廷芳在政务会议上提议，两广盐运使系简任官，其权限管辖两省盐务，该职务应由军政府任免。李茂之此前即由大元帅任命，督军莫荣新委派官员署理盐运使之后，仅咨陈军政府，手续不合，此事并非单纯对人问题，而是维持法律及军政府威信问题。伍廷芳明确反对莫荣新的做法。政务会议各位均以伍廷芳所言理由充足，决议将莫荣新咨文交还，否决对刘玉麟的任命。[30]“此次盐运使易人一事发表后，海军、国会方面忽发生异议，提出经费问题，谓盐运署欠交海军、国会两处经费共一百余万，非由李茂之清理不可，否则不能移交”。刘玉麟背后是岑春煊为其撑腰。海军、国会之所以反对真正原因就在，一是刘玉麟为政学会中人，心目中只有岑春煊一人，如上台则唯岑之命是从;二是政学会在西南诸省久为众侧目，财政厅已为该会要人杨永泰所占据，如果盐运使再置于该会势力之下，则政学会握有两大财权。反对者直接是打击刘玉麟，间接则打击政学会。[31]
接替孙中山成为军政府首脑的岑春煊及其政学系确立了自己在广东的政治核心地位，并使中华民国护法军政府从法理、实际权力、具体运作等方面，取代北京中央政府，成为广东各界接受的一个“类中央政府”。政学系通过广东督军府控制广东省政府来实施其在广东的统治。
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