军政府设立之初，所行职权半属有名无实，军事权、财政权多被广东督军公署和省行政当局牵制，无甚实力可言。在孙中山的筹划下，军政府企图控制广东省政府的人事权、军事权、财政权，争取得到一些实际权力，扩大势力范围，实施对广东省的有效管治。但是有关的举措受到了以广东督军为首的桂系军阀实权派的抵制、抗拒和反扑。军政府与广东省督军公署、省政府的关系紧张。
孙中山积极寻求军事同盟者和政治合作者，培植自己能够直接指挥的军事力量。一是授南韶镇守使、滇军将领张开儒为陆军总长。张开儒所统领的滇军人数庞大，“张始犹豫，后忽宣布就职”，由军政府指挥，此后滇军与军政府利害相关，“凡滇军势力所至即为军政府势力范围”，粤北的南雄韶关连县一带随即进入了军政府的管辖。潮州原已属于陈炯明所统辖，也划为军政府范围。这样一来，军政府表面的势力范围得到扩大。“目前军政府竭力发展其实权，乃渐渐获得矣。自张开儒宣布就陆军总长职，陈炯明充惠潮梅军事督办，以为军政府获有实权之嚆矢”。二是招募“民军”。军政府藉名“东西北江土匪遍地，拟实行安抚以息盗风”，委任邓耀为三江安抚使，择定广州八旗会馆为办事处，“此为大招民军之先声”。而此前陈炳焜在宣布自主时，曾一再宣言禁招民军。军政府此举触动了陈炳焜的神经，引起了陈炳焜的强烈反对。
“粤省党派复杂，军队不相统一，各省之所未有”。[14]握有实权而势力最大的是桂军。但是在广东境内还有滇军等军事力量，桂军并非在军事上占绝对控制地位。桂系军阀担心孙中山为首的军政府将滇军、广东地方军事力量联合起来共同对付自己，威胁其统治地位。因而莫荣新、陈炳焜对于孙中山设立机构派员招收民军一事，极为惧怕，他们不愿意看到广东出现更多不受桂系控制的军事力量，担心孙中山的军政府真正有了一支属于自己的武装队伍，势力坐大，将会威胁到桂军在广东的统治地位，将难以号令广东，故而下令捕杀由军政府派出招收民军的军事人员。
军政府刚成立时立足未稳，未有精力去顾及广东省政务，也无法任命、调动广东地方官员，相反是处处受制于广东督军即桂军首领。但孙中山军政府不甘于久居无权无责的状态。1918年3月，在炮击督军署之后，军政府表明:广东省已宣布自主，即与北京政府脱离关系，“军政府由国会产生，为合法政府，民国一切政权亟应收归军政府直接统治，用促共同动作，以收一致进行之效。所有粤省军政、民政、财政、盐政、路政应次第收归各部直接管理，以一事权，以资整顿”。[15]军政府派出官员与广东省当局“磋商一切”，希望直接向省政府发号施令，要求将原由北京中央政府施行的权力收归军政府，省政府的财政权、人事权由军政府掌管。(www.xing528.com)
1．财政上，将粤盐税收归军政府。广东盐税经军政府交涉收回后，财政顿形活跃。[16]军政府成功收回盐运使一职，原盐运使丁乃扬因“通款龙济光，狼狈而去”，继任者为李茂之。李茂之本为参议员，与军政府关系甚深。[17]
2．司法管治方面，军政府取得明显进展，委任了高等审检厅长，并组织大理院。地方审检厅长陈立权也接受军政府委任，接着是高等检察厅长张仁普。而高等审判厅长秦树勋却不接受。“军政府成立后行政官未闻受其委任，何有于司法?此次法官受委任，溯其原因乃由于其初地方厅长陈英将厅中入款多供军政府需用，陈立权接陈英任，苦于地方公款无所着落，不如直接受军政府委任，反有代负责任之人。故自陈立权受军政府委任之后，而检察厅长亦继之。惟高等审判厅长秦树勋独不愿受委任，因秦本为督军府中总参谋，乃桂系中人，且其厅中公款一切皆听命于督军府提拨。故粤省司法长官有受督军府委任者，有受军政府委任者”。[18]广东司法机关收归军政府直辖后，孙中山下令整顿广东司法机关存在的积弊和腐败。[19]但是，“地方审、检两厅自奉军府委任之后，高等两厅不以为然。因此发生暗潮，颇为剧烈。现在双方来往公文均已拒绝，即欲提寄押看守所之囚犯，亦须奉有该管长官命令，始得允许”。[20]显然，孙中山为首的军政府对广东省政府官员的任命效力受到了怀疑和抵制。
3．军政府与广东督军府争夺粤路监督任命权。1918年4月20日，军政府交通部委任李纪堂为粤汉铁路监督、简良为坐办。但是桂系军阀莫荣新不会服从孙中山为首的军政府领导，任由军政府在广东“号令天下”。4月21日午后，莫荣新派出许崇灏为粤汉铁路临时监督，张文艺为路警总巡，与军政府对着干。张文艺于当日接收路警，各有关文件亦交代清楚。军政府交通部所委任的坐办简良以“军政府之派员前来，原为整顿路政、保存股东血本，并代谋增拓利益起见，若横生枝节，即劳而无功”。当即具呈军政府交通部辞去坐办之职，表示放弃。“观此则内幕竞争之烈可见一斑”。[21]竞相委任粤路监督一职并发生冲突，是孙中山所代表的军政府与桂系军阀莫荣新角力的一个典型例子。
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