农业产业化的实质是以市场为导向，以加工企业或合作经济组织为依托，以广大农户为基础，以科技服务为手段，通过将农业再生产过程的产前、产中、产后诸环节联结为一个产业系统。其实现种养加、产供销、农工商一体化经营，引导分散的农户小生产转变为社会化大生产的组织形式。专业合作经济组织作为农业产业化经营的重要组织资源之一，是沟通市场与农户的联结并充当农户进入市场的桥梁和纽带。它具有:①使农产品能顺利进入市场并实现价值，改变农工商相互分离、产加销相互分割状况的中介功能，成为农业产业化链条上的一个重要环节;②能使以农户为主的组织成员平等地获取市场信息，由此进行市场化生产和经营的信息传递功能;③具有组织成员即农户进行生产与销售，以联合和协作方式参与市场竞争，并使农业劳动力向第二、三产业有序流动，实行组织化规模经营的组织功能;④具有优化配置劳动力、土地、资金等各种资源要素的资源配置功能;⑤以科技服务为主的社会服务功能，即将农科教及科研的推广与生产连为一体，缩短农业科技成果转化为现实生产力的时间，在原有的政府经济技术部门功能弱化和不能适应产业化要求的背景下起到替代作用，完善社会服务体系。
专业合作经济组织通过与农户的联结，与公司的联结等形成产业一体化组织模式，具体到实践中大致有以下几种表现方式:①“专业合作经济组织+农户”;②“公司+专业合作经济组织”;③“专业合作经济组织+基地+农户”;④“公司+专业合作经济组织+基地+农户”;⑤“公司+专业合作经济组织+农户”。(关于这种产业一体化组织模式的组织联结机制等问题，本书在第五章“契约型农村经济组织”中专门予以讨论。)专业合作经济组织与组织成员之间的联结机制，与上述产业一体化组织模式中的联结机制不同，在产业一体化组织模式即契约型的组织形态中，组织主体之间的联结依靠契约进行，通过契约来体现其组织机制，以契约方式安排组织成员(专业合作经济组织、农户、公司)之间的利益分配与风险承担机制。而专业合作经济组织依靠产权联结方式，实现组织成员即农户之间的分工合作、决策与激励、利益分配与风险承担，这一点又尤以紧密联结型的专业合作经济组织即专业合作社表现最为明确。(www.xing528.com)
由于我国专业合作经济组织兴办主体的多元化，因此在专业合作社的产权结构方面，有相当一部分专业合作社是农户持股和法人持股各占一部分。其中有的专业合作社是公司企业、供销社、政府部门等创办机构持大股，农户社员持小股，也有的专业合作社是农户持股占主要比重。在社员持股中，有的合作社按照传统的合作社原则，实行平均持股或一人一股，有一部分合作社采取从社员交易额中按比例扣缴股金的办法，形成了与交易额相应的比例持股，还有相当一部分合作社对社员入股没有限制，专业大户往往持大股。
交易的实质是产权的交易，在农业发展的不同阶段，由于商业化程度不同，交易关系的内涵与外延存在着差别，因而交易的产权基础也不相同。产权是附着在或内涵于一种资产方式或物品实体中的一组权利，决定着由谁来支配、运用这种资产或物品，以及由谁来享受支配和运用这种资产或物品的收益。“企业是一种最早内部不用市场规则而用命令、计划和等级制，但又从事市场经济活动的组织，企业节约了交易费用。此后，一系列企业间的‘中介’组织更有了长足的发展。现代市场经济大大更新了‘生产劳动’和‘分工’的种类和内涵，创造了股份公司、现代银行体系、证券交易所、批零市场、期货交易直至信息服务网络等一系列新组织。其共同特点是以节约交易费用为存在理由，同时又不破坏市场深层构造的基础。这方面最重要的制度创新是企业法人制的确立，它使任何节约了内部组织费用的大组织，都享用早期市场制度对个人财产权利提供过的那种保护。”[25]专业合作社就是这样的一个组织，它首先是一个企业，而且应当依法取得法人资格，它的存在可以节约农户直接面对市场的交易费用。
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