大学教育基金会绩效评估需要确定科学、系统、合理的评估指标体系，评估指标体系设计得是否合理，关系到评估活动能否有效开展，以及评估数据能否得到评估界的认可并采纳。根据我国大学教育基金会的实际情况以及评估活动的特点，我国大学教育基金会绩效评估指标体系构建应遵循以下五大原则：
1.科学性原则
科学性原则是整个基金会绩效评估指标体系原则的核心和灵魂，直接影响评估结果最终被各界接受的程度以及评估对大学教育基金会运作能力提高的作用。在评估指标设计过程中，坚持科学性原则，要保持评估指标的客观性与主观性之间的平衡，特别关注主观性的指标，尽可能减少歧义，提高认识和理解上的一致性。
2.综合性原则
大学教育基金会运作绩效评估指标体系的设计要遵循综合性原则，把基金会活动视为一个系统，既要做到完整全面，又要避免指标过多过繁，根据基金会自身的特点，综合反映组织治理的静态结构和动态机制。在设计大学教育基金会治理评估的指标体系时，不能仅仅反映基金会组织治理的某一方面，而是要反映组织的综合治理能力和整体客观效果，既要重视内部治理能力的提高，又要反映外部治理关系以及满足政府和公众的要求。
3.可行性原则(www.xing528.com)
在设计大学教育基金会绩效评估体系时，要充分考虑评估对象的客观条件，顾及实践上的操作性，设计的指标具有一定针对性，避免模糊性，减少评估困难，从而实现评估的目标，并使评估结果得到各界认同。同时，为了便于各大学教育基金会之间的绩效比较，应选取最常用、易获取的综合性指标。
4.可操作性原则
在设计大学教育基金会绩效评估指标时，尽可能把基金会组织治理的基本情况通过一定数量反映出来，例如“理事会召开的次数”、“章程须经多少会员通过”等等。组织治理情况即使无法通过数字表达出来，也要尽量找到一定的对应关系，转化为一定的数量值，达到准确测量目的。
5.定性指标与定量指标相结合原则
设计大学教育基金会运作绩效评估指标时既要注重定性指标，又要注重定量指标，使定性指标与定量指标有机结合。定量指标具有较强的客观性和可比性，但不易从整体性和关联性中获取相关信息；定性指标只能用理性分析和感性判断来表示，主观性较强往往会造成评估结果和实际情况之间的误差。为了确保大学教育基金会运作绩效评估指标的科学性和完整性，要将定性指标和定量指标有机结合，既要重视定性指标的应用以避免评估中以偏概全，又要尽可能将定性指标赋予一定权重，使其定量化以避免评估中的随意性。[7]
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