数以万计的棚民大规模进入徽州山区，进行无序甚至野蛮开垦与开发，给徽州原本就脆弱的生态环境，造成了极其严重的破坏。
徽州经济结构中，以养山植树、贩运木材为主的山林经济产业占据着很大的比例。这一经济结构早在宋代即已形成，“山出美材，岁联为桴，下浙河”。[9]“祁门水入于鄱，民以茗、漆、纸、木行江西……休宁山中宜杉，土人稀作田，多以种杉为业。杉又易生之物，故取之难穷”[10]山场林木不仅是徽州人赖以维生的主要资源，而且，由于它们可以涵养水源，使徽州在社会经济发展中始终保持一种人与自然和谐相处的健康状态。
棚民的大规模进入，并进行无序的垦山种田和煤炭等矿物开采，造成了水土流失，使得徽州山区的生态环境受到了严重的破坏。“乾隆年间，安庆人携苞芦入境，租山垦种，而土著愚民间亦效尤。其种法必焚山掘根，务尽地利，使寸草不生而后已。山既尽童，田尤受害。雨集则砂石并陨，雨止则水源立竭，不可复耕者，所在皆有。大溪旱不能蓄，涝不能泻，原田多被涨没。一邑之患，莫甚于此”。[11]休宁人程元通在差人赴京控诉棚民罪状时，就曾声泪俱下地陈述棚民对休宁山区生态的破坏。他说：“我们住居地方，环抱皆山，祸遭流匪方会中等向无业地棍程金谷等盗租山场，搭棚纠集多人，私行开垦，种植苞谷，以致山倾石泻，涨塞河道，山上坟茔尽行挖掘，山下田庐皆受其害”。[12]
在徽州一府六县棚民聚集人数最多的祁门山区，因棚民租山种植所造成的水土流失等生态灾难也最为剧烈。祁门西乡箬溪，向为王氏宗族聚居地，在棚民到来之前，这里的居民安居乐业，过着一种相对富足的生活，“我环溪基迁于宋，迹发于明，聚族而居，历年有所。向来田少山多，居人之日用饮食，取给于田者，不敌取给于山。当年兴养成材，年年拚取，络绎不绝。所以家有生机，人皆乐利……无不衣食余饶”。[13]然自乾隆三十年（1765）棚民进入之后，这里的生态环境遭到了前所未有的破坏，居民平静富足的生产与生活环境也受到冲击，“自乾隆三十年以后，异民临境，遍山锄种，近日地方效尤。每遇蛟水，山崩土裂，石走沙驰，堆积田园，国课永累。且住后来龙山场，合族公业，亦尽开挖锄种。人居其下，命脉攸关。此日坑河满积，一雨则村内洪水横流，祠前沙石壅塞。目击心伤，人皆切齿”。[14]祁门北乡的程氏宗族聚居村善和也是倍受棚民之害最烈的地区之一，同箬溪一样，山场林业是善和经济的命脉，诚如《窦山公家议》所云：“田之所出，效近而利微；山之所产，效远而利大。今治山者递年所需，不为无费。然后利甚大，有非田租可伦。”[15]就是这样一个仕宦、商贾辈出的山村，清代乾嘉时期，也遭遇到了棚民的大肆侵袭。为此，全族父老集议，发出了驱逐棚民的檄文——《驱棚除害记》。这篇驱逐棚民的檄文中，历数了棚民的9大危害，其中前3项均系对当地生态环境的危害。“伐茂林，挖根株，山成濯濯，萌蘖不生，樵采无地，为害一也；山赖树木为荫，荫去则雨露无滋。泥土枯槁，蒙泉易竭。虽时非亢旱，而源涸流微，不足以资灌溉，以至频年岁比不登，民苦饥馑，为害二也；山遭锄挖，泥石松浮。遇雨倾泻，淤塞河道。滩积水浅，大碍船排，以致水运艰辛，米价腾贵，为害三也”。[16]
可见，棚民大规模进入徽州山区租山垦殖苞芦和赁山挖煤烧灰，直接造成了徽州生态环境的恶化。根据有关史料，棚民对徽州山区生态环境的破坏，大体表现在以下几个方面：(www.xing528.com)
首先是植被的大量毁坏。徽州历史上有着良好的生态环境，境内山峦重嶂，河川纵横，森林植被面积广阔，所谓“重冈复岭参天际人，岩谷幽阻林莽丛茂”。[17]茂密的山场林木，不仅涵养水源，使徽州一直保持着良好的生态环境，而且还给徽州带来丰厚的林木资源。清代中叶以降，棚民的大规模入境，进行野蛮的垦殖与开采后，徽州大量的山场林木遭到砍伐，植被覆盖率急剧降低，特别是在一些棚民聚居较为集中的山村，不少林木丰茂之山甚至被砍斫殆尽。“自棚民租种以来，凡耟耡险峻之处，无不开垦，草皮去尽，则沙土不能停留……不但不植不留，而且根株尽掘，甚至草莱屡被烧锄，萌芽绝望”。[18]在黟县，棚民“或开凿石，或租种苞芦，草木不留，山石立断，一邑之生灵受害”。[19]
其次是水土流失的加剧。植被受到破坏的直接后果，必然导致水土流失的加剧。黟县知县吴甸华在嘉庆十六年（1811）七月颁布的《禁租山开垦示》的禁令中，对棚民租山开垦所造成的植被破坏和水土流失有着深刻的揭示，禁令指出：“石山戴土，一经垦松，适遇暴雨，沙石滚下，其势猛悍，山下成熟田亩，多被冲压，以致失业。邑境内现有虚粮，或因此故。其为农田害，一也；山坡溜水，有涧达溪，垦后夹沙带石，壅滞滩河。舟楫难行，竹簰亦碍。其为水道害，二也。”[20]水土流失不仅使得徽州的生态平衡受到破坏，而且阻碍了道路的畅通，影响了居民的正常生活。清代徽州府通往省会安庆的必经之路——祁门大洪岭山道，就因棚民于道路两旁砍伐树木、种植苞芦造成的水土流失而一度变得“木濯草斩，泥松沙削……积塞道途”。[21]至于因水土流失而影响居民正常的生活，更是触目惊心。如果说祁门社景村嘉庆九年（1804）的《奉府宪示禁》所说的“棚内有祸人之□，每逢霉雨，河壅溪涨，遂使良田高平低没……将来住宅墓址难免无虞”，[22]还只是一种预测的话，那么，在祁门箬溪和休宁浯田，由水土流失而影响居民正常生活则已成为活生生的现实。在箬溪，箬溪“水为一村血脉，屡岁洪水暴涨，人则栖息无所，物亦渍湿难堪。且祠内污泥壅积，灵爽何所凭依？沿坑屋宇，长在水中，居者宁无痛恨”？[23]在休宁浯田岭，因遭棚民开垦，导致“溪圳尽塞，河水泛滥，田园交涨，房屋冲坍”。[24]
最后是自然灾害频繁。植被和生态环境的破坏，使得徽州的自然灾害逐渐变得频繁起来，尤其是在棚民为害最烈的山区僻壤，这种情况更为严重。在歙县北乡，“迩为外郡流民赁以开垦，凿石刨山，兴种包芦。土人始惑于利，既则效尤。寝致山皮剥削，石鉒沙倾，霉月淫淋，乱石随水而下，淤塞溪流，磕撞途径，田庐涨没”。[25]祁门在棚民涌入山区进行野蛮开垦最烈的乾隆五十三年（1788）曾经发生了一次大洪灾，这次洪灾一共造成了6000人溺毙。这年五月，“初六日，夜大风雨。初七日清晨，东北诸乡蛟水齐发，城中洪水陡起，长三丈余。县署前水深二丈五尺余，学宫水深二丈八尺余。冲圮谯楼、仓廒、民田、庐舍、雉堞数处，乡间梁坝皆坏，为从来未有之灾”。[26]虽然这次祁门历史上最严重的水灾不一定全部因棚民垦山而发生，但棚民乱砍滥伐开山种田所导致抵御自然灾害能力的降低，至少是引发这次损失惨重的洪灾的重要因素之一。
棚民在开发徽州山区、发展山区经济方面是有贡献的。但是，比起其对山区生态环境的破坏来，这一开发山区活动的积极作用是有限的。它对徽州山区生态环境所造成的损害，在以后很长一段时间内难以消除，直接导致了徽州山区各种自然灾害的频繁发生。
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