（一）司法行政权变迁的主线——围绕着司法审判权与司法行政权关系的变化而变化
清末新政初期，中国本土传统司法体制“三法司中，部权特重”[6]。在三权分立理念指导下的清末官制改革，在部院的分权上，法部仍然占据着主导地位。独立作为司法审判权的内在要求，这种权力配置的偏差难免导致司法审判权向阻碍其独立的配置不合理司法行政权夺权的冲动，从而导致了清末新政的部、院权限之争。
北洋时期，司法审判权得到扩大，审判独立得到了一定保障，清末“部权特重”已不复存在。然而司法审判权的扩权冲动没有停止，大理院以司法独立之名僭越了司法审判权的界限，招致司法部的抵制。为此，双方围绕着彼此权利的界限展开了一场法理之争。
到民国时期，形式上司法独立已然成为常规，国民政府在政治体制中也通过国家根本大法和基本法确立和保障司法审判权的独立地位。司法审判权开始凌驾在司法行政权，取得了与行政权并驾齐驱的地位，司法行政权成为行政权或者司法权的从属性权利，因此部院之争在民国时期不复存在。不过司法行政权的“司法性”和“行政性”双重属性，导致司法行政权归属在行政院和司法院之间反复。
在新中国成立时期，由于对三权分立的不认可，再加上镇压反革命的需要，国家权力之间强调协调配合；随后司法部被撤销，及至重建，司法部掌管法院司法行政事务的条件也不再具备，司法行政权主动退出了法院政务管理领域，法院自己掌握了司法行政权。因此，司法审判权和司法行政权之间的冲突再也没有展现的机会和平台。(www.xing528.com)
综上所述，清末及北洋时期，司法审判权并不完全独立，司法行政权和司法审判权尚站在同一平台之上，因此才会有部院之争的存在，并且随着司法审判权独立倾向的不同，双方争论的问题也发生着质变。民国之后，无论对司法审判权独立的态度如何，但司法审判权在宪法和法律上相较于司法行政权的优势地位，司法行政权已不能再与司法审判权相抗衡，部院之争也在民国之后画上了句号。
（二）司法行政权变迁的本质——司法现代化
从国家权力结构来看，清末新政以来司法行政权的变迁史与司法审判权的诞生、发展、壮大史是相切合的。表现在机关设置变化上，则是司法行政机关从清末的优势地位——民国的从属地位——新中国司法行政权逐步丧失了与法院竞争的势力。从法院的角度来看，法院的成长过程就是司法行政权不断退出法院管理的过程。在这一过程中，法院的司法行政事务管理模式由司法行政机构主导型向法院自治管理型转变，实现了司法权和行政权关系上的外部独立，体现了国家权力结构的现代化。
从司法行政权的发展来看，司法行政机关从清末司法审判机关的监督者和终审权力的掌握者的定位——司法审判机关行政事务的管理者——司法审判权中心论确立，这种定位的转换，从法治意识形态来讲，则是中国对法治思想理解的深化和现代化。
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