如上所述，清口关联着黄、淮、运三河，自然而然成为问题的焦点所在，因此治理清口乃是治理黄、淮、运三者的关键。《清史稿》卷一百二十七《河渠志·运河》对此说得很清楚：
黄河南行，淮先受病，淮病而运亦病。由是治河、导淮、济运三策群萃于淮安、清口一隅。施工之勤，糜帑之巨，人民田庐之频岁受灾，未有甚于此者。盖清口一隅，意在蓄清敌黄，然淮强固可刷黄，而过盛则运堤莫保；淮弱末由济运，黄流又有倒灌之虞。非若白漕、卫漕仅从事疏淤塞决；闸漕、湖漕但期蓄泄得宜而已。
由此可见清口地位之重要、形势之复杂和治理之艰难。明朝为治理清口，曾在人力、物力、财力和时间方面，付出了巨大的代价。进入清朝后，清口的问题更多、更复杂，因而治理清口的规模更大、力度更强、代价更巨。
明末清初，黄河下游淤积严重，泄洪受阻，致使清口上下，河堤、运堤频频溃决，洪水横流，遍地成灾。洪水退后，则所经之处无不淤积，清口至高邮间三百里运河为之瘫痪。现仅举康熙前十五年（1662～1676年）发生在清口一带的河患为例，来说明当时该地区安全形势的严峻和治理任务的艰巨。
康熙“元年七月，再决归仁堤（笔者按：该堤位于宿迁县东南三十五里的白洋河口，为明万历年间潘季驯所修建），河势既逆入清口，又挟睢、湖诸水，自决口入，与洪泽湖连，直趋高堰，冲决翟家坝，流成大涧九”[30]。
“二年，决睢宁（今江苏睢宁县）武官营及朱家营。”[31]
“三年，再决朱家营。”[32]
“四年，决安东（注：今江苏省涟水县）茆良口”[33]。是年“秋，高邮大水，决运堤”[34]。
“五年冬，淮扬运河自清口至高邮三百里间，悉成平陆”[35]。
“六年，（河）决桃源（注：今江苏省泗阳县）黄家嘴，已塞复决，沿河州县悉受水患，清河冲没尤甚。黄河下流既阻，水势尽注洪泽湖。高邮水高几二丈，城门堵塞，乡民溺毙数万”[36]。
“七年，河决邳州，屋宇荡然无余”[37]。又，“黄河屡决，清口亦塞，淮不出口刷黄，而黄之下流既阻，倒流奔注洪泽湖之势亦甚”[38]。(www.xing528.com)
“八年，（河）决清河县三叉口，又决（高邮）清水潭”[39]。
“九年，（河）决曹县牛市屯，又决单县谯楼寺，灌清河县治。是岁五月，暴风雨，淮、黄并溢，撞卸高堰石工六十余段，冲决五丈余，高、宝等湖受淮、黄合力之涨，高堰几塌，淮阳（按：原文有误，参照《行水金鉴》卷四十七记载，应为淮、扬）岌岌可虞”[40]。
“十年六月，（河）决清河五堡、桃源陈家楼。八月，又决七里沟”[41]。
又“决高邮清水潭”[42]。
“十一年秋，（河）决萧县两河口、邳州塘池旧城；又溢虞城”[43]。
“十三年，决桃源新庄口及王家营；又自新河郑家口北决”[44]。
“十四年，决徐州潘家塘、宿迁蔡家楼；又决睢宁花山坝，复灌清河治，民多流亡”[45]。又，“决江都邵伯镇运堤”[46]。
“十五年夏，久雨，河倒灌洪泽湖，高堰不能支，决口三十四（处），漕堤崩溃，高邮之清水潭、陆漫沟之大泽湾，共决三百余丈，扬属（州、县）皆被水（淹）。漂溺无算。是岁，又决宿迁白洋河、于家冈、清河张家庄、王家营，安东邢家口、二铺口，山阳罗家口”[47]。
从上列记载不难看出，自康熙元年至十五年（1662～1676年），几乎年年都发生决溢和灾害；有的年份还多次、多处发生。由于黄河下游连年决溢，洪水横流，江淮地区农业破产，生灵涂炭。据记载，当时徐州、铜山、邳州、睢宁、宿迁、六合、东台、丰县、泰州、如皋等州县，都发生“人相食、流亡载道”[48]的凄惨现象。凡“滨河之处，岁苦于水，有田者多负累，大抵衣萑蒲而食螺鳜，或以商贩走四方，弃故土如脱桎耳”[49]。为什么康熙初期黄河下游会接连不断地发生河决和灾害呢？这是因为自明末以来，黄河下游失治，出现溃决没有及时堵塞，即使堵塞和治理，也是头痛医头，脚痛医脚。由于入海通道淤浅，泄洪严重受阻，于是黄、淮下游随处决口泛滥，清口一带几被淤成平陆。[50]由于黄河洪流在清口一带被堵，只能向上倒灌洪泽湖，使高家堰等大堤受到内外夹攻，堤防大段大段地倒塌和多处发生决口，从而出现了“江都、高宝无岁不防堤、增堤与水俱高，盖以数千里奔悍之水，攻一线孤高之堤，值西风彭浪，一泻万顷，遂使江（都）、高（邮）、宝（庆）、泰（州）以东无田地，兴化以北无城郭室庐”[51]的景象。
在此危难关头，靳辅于康熙十六年（1677年）受命治河治运。他经过实地调查后，认为“合河道、运河为一体，彻首尾而治之，可无弊”[52]。就是说，对黄、淮、运三者进行综合治理才能奏效，而综合治理的重点则是治理清口，这是靳辅对明朝潘季驯治河思想的继承和发展。靳辅综合治理黄、淮、运的方针，其内容包括：治理清口至云梯关的入海通道；治理清口淤沙；加固加高洪泽湖大堤、改造运河穿越黄河的南、北运口；堵塞清水潭决口和整治清口至清水潭二百三十里运道等工程项目，经过11年栉风沐雨、泥行奔命的艰苦奋战，取得了圆满成功和显著效果。后人就靳辅的治河治运功绩评价说：“其利益在国家，其德泽在生民。公（注：指靳辅）食少事多，鞠躬尽瘁，古所谓社稷之臣也。”[53]
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