贾鲁河的水源，在元、明、清三朝有着不断的变化。在元朝开通之初，因其目的为分流侵占汴河的黄河水，故与汴河相连，而汴河是通黄河的，因此贾鲁河的水源主要来自黄河。同时，贾鲁河上源所在荥阳、郑州境内，有索水、须水、京水和郑水，虽然是四条小河，相互连通后，水量相当可观，也是贾鲁河的主要水源；此外，发源于密县、流程较长、流量较大的洧水（今双洎河），在扶沟县北注入贾鲁河，成为贾鲁河中、下游河段的重要水源。总之，元时贾鲁河水源十分丰富，这为通航奠定了良好的基础。
但是，由于黄河频繁地决堤泛滥，严重影响贾鲁河上游河段的水源；加上河水中的大量泥沙，不断在贾鲁河的引水口和上游河床中沉积，使贾鲁河上游河段经常出现淤塞，大概到明朝英宗正统年间，来自黄河的水源已经断绝。这时贾鲁河的水源，上游河段主要来自索、须、京、郑四水，中、下游河段主要来自洧水。水量虽然有所减少，但水质清澈，不易淤浅，有利于航运。明孝宗弘治五年（1492年），黄河又一次在黄陵冈决口，河水汹涌北窜张秋戴家庙，侵犯会通河，迫使漕运中断。朝廷在惊惶之余，于翌年任命刘大夏为副都御史，主持治河工程。刘大夏为了减弱黄陵冈一带的黄河水势，决定在黄陵冈上游的荥阳县境内，疏浚孙家渡口并开通河道七十余里，使黄河与贾鲁河相通，用以分流黄河水至淮河。这样，因引水口淤塞而一度与黄河断绝关系的贾鲁河，又重新得到来自黄河的水源。可是，这条七十余里长的孙家渡河，时隔不久又被黄河的泥沙所淤塞，且此后“屡开屡淤，卒不能通”[158]。于是明世宗嘉靖十四年（1535年），采纳刘天和（当时主持治河工作）的建议：“仍其旧勿治”[159]，即不再疏通孙家渡河。此后一直到清朝，贾鲁河上游不通黄河，不以黄河为水源，而是以索、须、京、郑四水为源，其中，下游则以洧水（双洎河）为源。
贾鲁河不与黄河相通，利多弊少。这样，既可免除经常淤塞的烦恼和疏治的劳累，也为舟船往来畅通提供了必要条件。明人沈德符说：贾鲁河“今自正阳（注：指颍水入淮口的正阳镇）至朱仙镇，舟楫通行，略无阻滞”[160]。可见，贾鲁河在不通黄河的情况下，有足够的水量使舟楫畅通无阻。(www.xing528.com)
清朝时的贾鲁河，也同明朝后期一样，其上游以四条小河为源，其中、下游以双洎河为源，而不与黄河相通。但是，肆虐的黄河即使与它脱离关系，仍然不断侵犯着贾鲁河。例如，“雍正元年（注：1723年）六月，黄河决中牟十里店、娄家庄，（河水）由刘家寨南入贾鲁河”[161]。饱含泥沙的黄河水涌入贾鲁河后，水退而泥沙沉积在贾鲁河内，使河道淤浅，舟楫难行。又如，“乾隆二十六年（注：1761年）七月，沁黄并涨，武陟、荥泽、阳武、祥符、兰阳同时决十五口，中牟之杨桥决数百丈，大溜直趋贾鲁河”[162]。这一次黄河决口，对贾鲁河的冲击甚为严重，不仅河身为之淤塞，还淹没了河畔朱仙镇的市街房舍。更有甚者，清道光二十三年（1843年）七月，黄河又在中牟决口，洪水汹涌冲入贾鲁河，“河身淤成平陆，河身以上又淤高丈许，朱仙镇上房舍冲毁大半”[163]。清光绪年间，黄河又多次侵犯贾鲁河，不仅使贾鲁河屡遭淤塞，舟楫不通；而且还破坏了贾鲁河位于荥泽、郑州境内的水源。有记载说：“清光绪中，河南布政使廖寿丰，委施成章履勘索、须、京三河源，以为挑浚贾鲁河张本。成章亲至其地，但见山岭纠纷，有泉从地面涌出，不下百余处；惜强半没，仅一线细流。成章乃觅土人挖剔扒梳，去其塞滞，出泉即见稍旺。厥后虽经当道发布兴修，而款绌工巨，办理之人卒无成效。”[164]
贾鲁河到了清末，由于水源的萎缩，在尉氏县境以上的河段，终于断流乃至从此湮塞。
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