前面已经提到，在坝河开通以前，通州至大都的水运路线只有金口运河一条，漕运任务不堪重负，因此在坝河开通后，朝廷对它寄予厚望。设置专门机构进行管理，十分重视对它的维护和治理。仅见于《元史》记载的就有许多次。如世祖至元二十八年（1291年），“十二月辛卯，浚运粮坝河，筑堤防”[17]。这次治理的重点是，疏浚河道与修筑堤防两项内容。成宗大德三年（1299年），都水监罗璧在治理通州水道（温榆河下游及其附近的潞河河段）后，“又浚阜通河而广之”[18]。这次治理的内容是，再次疏浚河道并拓宽了坝河的河幅，工程量是不小的。特别是大德六年（1302年），对坝河进行了一次大规模的整治。前几次治理的重点是运河的深度和宽度，这一次治理的重点是运河的通航设施。因大德五年（1301年）大都一带发大水，山洪冲毁了坝河堤防和堰坝六十余处，因此需要逐段地进行检查和治理，包括堤防、堰坝的修复和加固，并对数十里长的堤防进行巡视，如发现存在管涌现象，立即加以填塞。这一次整治投入的人力不少，工期自五月四日开始至六月十二日结束，历时39天。
元末时，还对坝河进行过一次规模较大的治理。“至正九年三月丁酉，坝河浅涩，以军士、民夫各一万，浚之。”[19]这一次的治理内容也是疏浚，投入的人力很多。
至于坝河的漕运量，因史书这方面的记载很少，只能间接地进行推算，反映大致的情况。据记载：“大德六年三月，京畿漕运司言，岁漕米百万（石），全藉船、坝夫力，自冰开发运至河冻时止，计二百四十日，日运粮四千六百余石。”[20]经计算，可知年漕运量一百十万四千石。这是在大德六年（1302年）对坝河经过大规模整治，改善了航行条件后，并在船夫、坝夫们“昼夜不息”的努力下达到的，可以说是最大的漕运量了。在一般情况下并没有这么多，只能如京畿漕运司所说的年漕运量为一百万石左右之数。在大德六年（1302年）整治之前，坝河的漕运量要小得多。据《元史》卷一百六十六《罗璧传》记载：“大德三年，除都水监，改正奉大夫。通州复多水患，凿二渠以分水势，又浚阜通河而广之，岁增漕六十余万石。”据此可知，在大德三年（1299年）经罗璧对坝河进行疏浚、拓宽前，坝河每年的漕运量仅为四十万石（一百万石减去六十万石）。
元朝的漕运量虽说是海运、河运并举，但元朝初期的海运还是属于尝试性质的，故漕运量不大。随着海上航线的不断改进，海船载重量的不断增大，航海技术的不断提高和海运经验的不断丰富，从江南到天津的海运粮食数量也逐渐增多。例如，在元武宗至大二年（1309年）至元文宗天历二年（1329年）的二十年间，从江南海运粮食至天津，其数量都保持在每年二百万石甚至三百万石以上[21]。海运量的增多，意味着通州至大都的漕运量也在相应地增多，当时承担着通州至大都漕运任务的是坝河和通惠河，其中通惠河的水源较坝河有保障，航行条件较好，因此漕运量也要大些，如以四六开来计算，即坝河承担着40%的漕运量，则至大二年（1309年）至天历二年（1329年）的二十年间，坝河每年的漕运量约为一百万石至一百十万石之间，这一估算的年漕运量数字，与上面所引元成宗大德六年（1302年）京畿漕运司提供的年漕运量资料，基本相符合。说明元朝的坝河，在最兴旺时期所承担的年漕运量，大致就是这一水平。
但是，自文宗天历年间以后，海运漕粮事业开始走下坡路，漕运量每况愈下。海运之所以由盛变衰，其原因当如《元史》卷九十七《食货志·海运》所述：(www.xing528.com)
元自世祖用伯颜之言，岁漕东南粟由海道以给京师，始自至元二十年（注：1283年），至于天历、至顺，由四万石以上增而为三百万（石）以上，其所以为国计者大矣。历岁既久，弊日以生，水旱相仍，公私俱困。疲三省（注：指江南三省）之民力以充岁运之恒数，而押运监临之官，与夫司出纳之吏，恣为贪黩。脚价不以时给，收支不得其平，船户贫乏，耗损益甚。兼以风涛不测，盗贼出没，剽劫覆亡之患自仍，改至元之后有不可胜言者矣。由是岁运之数，渐不如旧。
到了元末至正年间，由于政治腐败，漕运管理松弛，上述海运中的种种弊端更为扩大，加上朝廷对坝河等运河的整治、维修不力，因此不论是海运或河运，漕运量都日益萎缩。面对着这种局面，朝廷并不及时总结其中原因而加以改进，却一味地强迫从事漕运的船夫、漕丁加班加点，无限制地增加劳动强度，致使大批役夫伤病缠身，不得不偷偷地逃亡。至正年间的监察御史王思诚，就发生在坝河的上述现象作了详细的揭露：“至元十六年（注：1279年）开坝河，设坝夫户八千三百七十有七户；车户五千七十（户），出车三百九十辆；船户九百五十（户），出船一百九十艘。”但是，到元顺帝至正三年（注：1343年）时，“坝夫累岁逃亡十损四五，坝夫户之存者一千八百三十二户；船止（剩）六十八艘，船户止（剩）七百六十一户；车之存者二百六十七辆，车户存者二千七百五十五户。而运粮之数十增八九”，以致“昼夜奔驰，犹不能给，一夫日运四百余石，肩背成疮，憔悴如鬼，甚可哀也。”[22]
元顺帝至正十年（1350年）以后，以贩盐为生的方国珍和张士诚，先后聚众起事于今浙东和苏北等地，并屡败朝廷官兵，不久割据大片土地自立，由是多年来海运江南粮食之事也被迫中止。这就是史书所说的：“方国珍、张士诚窃据浙东、西之地，虽縻以好爵，资为藩屏，而贡赋不供，剥民以自奉，于是海运之舟不至京师者，积年矣”[23]。到了至正十七年（1357年）八月，在今太湖流域一带割据称王的张士诚，为了集中力量对付另一割据势力朱元璋，宣布降于元朝，并以每年向元朝贡纳十多万石粮食为交换条件，保存其原来割据的地域，于是中断多年的向京师海运江南粮食的漕运又重新恢复，不过数量很少，聊胜于无。元朝末年，朝廷为了每年十多万石的漕粮，竟不惜默认割据自立者的合法存在，也是为当时形势所迫，实出于无奈。因此，明朝弘治年间曾任内阁大学士的丘濬感慨地说：“元朝承平之时，岁运几至四百万石，至其末年也，哀丐于叛臣，仅得十有余万石，最后升斗皆无焉……呜呼，可叹也哉！”[24]
元朝海运江南粮食终止于至正二十三年（1363年），是年五月，最后一次十三万石江南粮食海运京师。九月，“张士诚托辞以拒命，由是东南之粟给京师者遂止于是岁”[25]。江南粮食停输大都之日，也就是坝河漕运结束之时。大都坝河的漕运历史，自至元十六年（1279年）开始至至正二十三年（1363年）结束，历时84年。
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