南宋定都杭州后，一切开始走向正轨，其中包括恢复漕运秩序和定额制度。南宋初期，由于局势混乱，江南各地盗寇横行，严重阻碍漕路的畅通，因此要恢复漕运秩序，首先从打击各地盗寇、肃清各条漕路的人为障碍着手。本于此，朝廷制定了一系列诸如“捕亡”“赏格”“辇运”等法令。[137]
漕运定额是规定必须完成的漕运数量。自北宋景德年间以来，在东南六路一直实行岁运六百万石的漕运定额。南宋前一阶段，因朝廷流亡各地，漕运定额制度名存实亡，漕运量大幅度滑坡。定都杭州后，漕运秩序恢复，漕运量也迅速回升。据吴曾《能改斋漫录》记载：
本朝东南岁漕米六百万石，以此知本朝取米于东南者为多。然以今日计，诸路共六百万石，而江西居三之一，则江西所出为尤多。[138]
吴曾在高宗绍兴年间虽因依附秦桧而受人鄙视，但其所著《能改斋漫录》考证颇精，为世人所称，因此上引的记载应是可信的。当时南宋诸路岁运六百万石，表明南宋仍在沿用北宋时东南六路的漕运定额。不过，南宋为半壁江山，幅员比北宋小得多，而且每年六百万石的漕运量仅是粮食一项，除此以外，百姓们每年还要上供其他物资，如布帛、棉花、绸绢、丝、土特产等，这些上供物资折价为钱币后，总数达二千万缗。宋人对此也有详细的记载：
国朝统一之初，天下岁入缗钱千六百余万，太宗皇帝以为极盛，两倍唐室矣……渡江之初，东南岁入不满千万，逮淳熙末，遂增（至）六千五百三十余万焉。今东南岁入之数，独上供钱二百万缗，此祖宗正赋也。其（余）六百六十余万缗，号经制，盖吕元直在户部时复之；七百八十余万缗，号总制，盖孟富文秉政时创之；四百余万缗，号月桩钱，盖朱藏一当国时取之。自经制以下钱，皆增赋也。（再）合茶、盐、酒、算、坑冶、榷货、籴本、和买之入，又四千四百九十余万缗，宜民力之困矣。[139]
记载清楚地告诉我们，南宋朝廷在东南每年六千五百三十余万缗的总收入中，除了茶、盐、酒等税收方面四千四百九十余万缗和北宋时已有的上供钱二百万缗以外，其余的所谓经制钱、总制钱、月桩钱共一千八百余万缗，都是南宋朝廷额外增加的苛捐杂税。据此可知，南宋劳动人民的赋税负担比北宋时还重，当时老百姓生活的艰难可想而知。
南宋的漕运路线分布格局不同于北宋。北宋漕运路线的分布，是以京师开封为中心，呈放射状格局，各地的粮食、物资，从全国的四面八方运到开封。南宋则不同，运往都城杭州的粮食、物资，大多来自就近的两浙路及周边地区；而距离都城杭州较远地区的粮食、物资，则各自运往附近的边防军驻地。因此，漕运路线的分布也仅有部分以杭州为中心呈放射状，大部分漕运路线是分散于各地的。绍兴三十年（1160年），由户部制订、向朝廷奏报的诸路漕粮分片科拨方案，就充分反映了这种格局的情况：
鄂州大军岁用米四十五万余石，系于全、永、郴、邵、道、衡、潭、鄂、鼎州科拨；荆南府大军岁用米约九万六千石，系于德安、荆南府、澧、纯、复、潭州、荆门、汉阳军科拨；池州大军岁用米十四万四千石，系于吉、信州、南安军科拨；建康府大军岁用米五十五万余石，系于吉、抚、饶州、建昌军科拨；镇江府大军岁用米六十万石，系于洪、江、池、宣、太平州、临江、兴国、南康、广德军科拨；行在合用米一百十二万石，就用两浙米外，系于建康府、太平、宣州科拨；其宣州见屯殿前司牧马，一岁约用米并折纳马料共三万石，系于本州科拨。并令逐路转运司收桩起发时内外诸军岁费米三百万斛而四川不与焉。[140](www.xing528.com)
上述户部提出的这一漕粮分片科拨方案，应该说是很切合南宋国情的。因为南宋所控制的地域北面，是一条漫长的东西走向的边防线，沿线驻防着许多军队，而南宋的都城杭州又位于控制区的东端。当时从实际情况出发，对于朝廷和前线驻军所需要的粮食、物资，作了调整，分别采用就近“科拨”和“逐路转运司分发”等方式，做到西部的漕粮就近运给西部防线的驻军；中部的漕粮就近运给中部防线的驻军；东部的漕粮就近运给东部防线的驻军；行在周边的漕粮则运至杭州。这样，可以避免走回头路和重复路，既缩短了漕运路程，又节省了人力和时间。因而这一方案十分科学、合理，符合“因地制宜”原则。
户部方案中所说的“行在（指杭州）合用米一百十二万石”，是指供给宫廷消费、朝官俸禄、朝廷办公开支和行在驻军粮饷之数，并不包括杭州居民的用粮在内。当时杭州城内的居民一年究竟需要消费多少粮食呢？据南宋人吴自牧所著《梦粱录》记载：
杭州人烟稠密，城内外不下数十万户，百十万口……细民所食，每日城内外不下一、二千余石，皆需之铺家。[141]
又据另一南宋人周密所著《癸辛杂识续集》记载：
杭城除有米之家，仰籴而食者凡十六、七万人，人（每日）以二升计之，非三、四千石不可以支一日之用，而南北外二厢不与焉，客旅之往来也不与焉。[142]
周密所统计的杭州居民每日所需粮食之数，比吴自枚统计的要多一倍。现综合以上二条记载取其平均数，每日以二千五百石计，一年需九十万石，如加上户籍以外的商旅、客旅等流动人口所用粮食，则一年当在一百万石以上。数量如此巨大的粮食来自何处？答曰：绝不是依靠官方漕运来解决，而是完全由市场提供。上引《梦粱录》记载说：“细民所食，皆需之铺家。”而铺家的米，大多来自湖州、秀州、苏州等太湖流域地区的农村。这些地方的农民，利用自备船只运米到城里，以低价出售给各地的米行，换取钱币用以购买生活必需品。各地的米行除一部分批发给本地的零售米店外，余则转批给杭州的米行。杭州的米行再以批发价批给遍布于街市的零售米店，零售米店则以市价出售给居民。因此，南宋时的杭州构成这样一道风景线：在城外河道上行驶的是米船多。在城内街道上开设的是米行、米店多。
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