前阶段自建炎元年（1127年）至绍兴八年（1138年），其间处于战乱状态。因高宗到处逃窜流亡各地，加上金兵不时南下袭击，战争此伏彼起，时断时续。因此，这一阶段的漕运不能按原有的岁运定额有序地进行，主要服务于军事行动的需要，哪里有战事，粮饷、物资就往哪里运。例如，建炎元年（1127年）七月间丙申诏：
诸路纲米，以三分之一输“行在”，其余悉输京师。先是，汴河上流为盗所决，闭塞久不合，纲运不通。[130]
这道诏令是在高宗即位后不久颁发的。所谓“行在”，当是指高宗所在的南京应天府（今河南商丘）。京师即开封。开封在上一年十一月为金兵攻陷，但陷而不占，在向宋朝勒索去大量的金、银、帛和骡马后北撤，因此开封还在宋朝手中。上引诏令的意思是说：将三分之一的粮食运送至商丘，将三分之二的粮食运送至京师，用以接济在开封的宋军，其中包括不日率军进入开封城的老将宗泽所部宋军。但是，由于汴河上游遭到人为决堤破坏，至京师的纲运已经不通，因此当时不得不在途中卸粮，改用陆运方式向开封运粮，十分艰难。建炎二年（1128年），诏令：
二广、（荆）湖南北、江（南）东西纲运，输送平江府（注：即苏州）。京畿、淮南、京东西、河北、陕西及三纲输送“行在”。[131]
又诏：
二广、（荆）湖南、北纲运，过两浙（允）许输送平江府。福建纲运过江（南）东、西（路），亦许输送江宁府。[132]
当时，南京应天府受金兵进逼，高宗已自应天府南幸扬州，因此上引诏令中的“行在”，当是指扬州。又，在北宋实行转般法漕运时，当时江南东、西路、荆湖南、北路、两浙路以及二广、福建等路的纲运，也都实行转般法，分别在平江府（今苏州）和江宁府（今南京）建有转般仓，因此上引诏令中有送平江府和江宁府卸粮入仓的指示。(www.xing528.com)
建炎三年（1129年），南宋朝廷又诏：
诸路纲运，见钱并粮输送建康府户部，其金、银、绢、帛并输送“行在”。[133]
当时朝廷在建康府（今南京市）设置临时办公场所，所以户部在建康府。但“行在”不知是指何处？因是年二月，金朝骑兵到达扬州城外，高宗匆忙出扬州南门至长江北岸的扬子桥，金兵轻骑追至扬子桥时，高宗已渡江。高宗至镇江后召集文武官员商议去、留问题，都认为隔江有金兵出没，镇江不可留。于是高宗启程南下，在平江府小住并部署守军后，又南下经秀州至杭州。风尘仆仆，几天换一个地方。因此，所谓“行在”，当是指高宗小住过的这些地方。
绍兴初，因地制宜以两浙之粟供“行在”，以江东之粟饷淮东，以江西之粟饷淮西，荆湖之粟饷鄂、岳，荆南量所用之数责漕臣将输，而归其余于“行在”。钱帛亦然。[134]
从这道诏令可以看出，南宋到了绍兴年间，朝廷在部署漕运工作方面，已根据“因地制宜”的原则，这一原则就是结合防区地理位置，分片就近供应军粮的做法，后来，宋金达成和议，在双方以淮河为界长期对峙的形势下，南宋的漕运工作，基本上都是根据“因地制宜”的原则开展的。
这里有个问题需要提出，即漕运所用的人与船问题。唐朝的刘晏，雇佣民工驾驶官方漕船，民工的积极性很高，安全事故很少发生。北宋熙宁年间，薛向奉命实施均输法，开创性地雇佣民工民船参与部分漕运，运输效率大为提高，屡禁不止的盗窃官粮现象得以杜绝。这是有偿利用民力进行漕运的成功实例。可是，南宋前阶段的漕运，强征民工民船参与。民工受尽辛劳，船只也受到损伤，却无分文收入，因此抵触情绪很大。据史书记载：“雇舟差夫，不胜其弊。民间有自毁其舟、自废其田者。”[135]以服役为名，无偿利用民力，虽可节省朝廷开支，但会激起民怨，失去民心。因此南宋朝野有识之士，不断呼吁改革漕运制度。绍兴五年（1135年），时任两浙转运使的李迨就是其中一个，他上书朝廷说：“祖宗都大梁，岁漕东南六百余万斛，而六路之民无飞挽之扰，盖所运者官舟，所役者兵卒故也。今驻跸浙右，漕运路程不若中都之远，而公私苦之，何也？以所用之舟大半取自民间，往往凿沉船以避其役。如温、明、虔、吉州等处所置造船场，乞委逐州守臣措置，募兵卒牵挽，使臣管押，庶几害不及民，可以渐复漕运旧制。”[136]朝廷采纳了他的意见和建议。命工部具体办理。这使南宋后一阶段的漕运得到了改进。
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