发运司是全面负责一个区域或一条运道漕运事务的专职机构。在北宋，有东南六路发运司，全面负责位于京师东南的淮南、两浙、江南东和西、荆湖南和北等六路地区（今淮南和整个江南地区）的漕运事务。三门白波发运司全面负责永兴军路、京西北路北部（今陕西和河南西部、北部一带）沿黄河的漕运事务。京东和京西南发运司分别负责京东东路、京东西路（今山东一带）和京畿西南地区（今河南南部一带）的漕运事务。其中东南六路发运司的漕运量最大，约占总漕运量的90%，因而地位最重要，事务也最繁缛。
宋初，江南地区未入版图，漕运数量少，范围也仅限于北方地区。因此，发运司之设也始自北方，如宋太祖建隆二年（961年）设京东发运司于京师，负责广济河漕运事务，后撤销，为临时性机构。太宗太平兴国二年（977年），又置江淮水陆发运司，但官署不在江淮地区而是设于京师开封，也是一个临时性的机构。随着东南地区的漕运量不断增多，已达到每年四百万石，鉴于漕运中出现的许多问题，需要专职机构去解决，于雍熙四年（987年），派遣杨允恭前往淮南督办漕运。杨允恭借鉴唐朝的经验，实行转般法，使东南六路的漕运稳步走上持续发展的轨道。由于工作成绩显著，杨允恭于淳化四年（993年）被任命为江淮两浙都大发运，[98]不久又设官署于淮南，是为东南六路发运司，掌“经度山泽财货之源，漕淮、浙、江、湖六路储廪，以输中都”[99]之事。据南宋学者王应麟的考证：“发运一司，其制始于淳化”[100]。王应麟所说“始于淳化”，当是指设于淮南地区、后来一直延续至北宋末年的东南六路发运司而言，未将那些出现较早的临时性发运机构包括在内。
东南六路发运司官署设于真州（今江苏省仪征市），内设发运使、副使、判官等职官。发运使、副使是发运司的第一、二把手，前者在真州办公，后者在泗州（今江苏省盱眙县西北）办公，两使按漕运路段分工负责，即“一员在真州，督江、浙等路粮运；一员在泗州，督自真州至京粮运”[101]。由于实行转般法，粮食要入仓和出仓，中间环节多，人手繁杂，官粮常常被盗窃，因此于英宗治平三年（1066年），发运司内又增设勾当公事的职官，以国子博士傅永充任，其职责是：“专点检诸州军籴纳并转般仓卸纳，及自装发至京下卸，常往来监察纲运中奸弊”[102]。据此可知，所谓勾当公事，乃是对粮食的入仓和出仓以及漕运途中进行监督的官员。
真宗在位时期，朝廷对发运司这一机构的重要性尚未形成共识，因为当时在东南六路实行转般法，只是分段运输而未实行籴买、代发制度，许多朝官认为，发运司只做些粮食的入仓、出仓和漕船的调度工作，完全可由淮南路转运司兼任代行，主张撤销发运司机构，因此在咸平三年（1000年），朝廷以“务从简易”为由，撤销了发运司。东南六路发运司撤销后，其事务由淮南路转运司兼管，由于淮南路转运司本身事务就很繁忙，兼顾不过来，致使原来井然有序的东南六路漕运，陷入混乱状态。于是在景德二年（1005年）朝廷又恢复了发运司，以李溥为发运副使主持工作。李溥认为过去几年的漕运“只据数拨发”，造成漕运量忽多忽少，波动无常。奏请朝廷制订每年漕运定额。三司乃自至道二年（996年）至景德二年（1005年）十年间酌中取一年之数，为年漕运量的定额，即每年“上供六百万石，永为定制”[103]。可是，到了仁宗景祐元年（1034年），朝廷又因有些朝臣的建议而撤销了发运司。四年后，在宝元元年（1038年）则又予恢复。从真宗咸平三年至仁宗宝元元年的30多年间，如此反复折腾，造成发运司机构存废无常，极不稳定。当时王安石曾对此情况发表议论说：(www.xing528.com)
江、淮、荆、浙发运使尝废矣，未几复置者，以其不可废故也。盖发运使废后，则其本司职事必令淮南转运使领之，淮南转运司所总州、军已多，地里已远，而发运司据六路之会，以应接转输及其他制置，事亦不少。但以淮南转运使领发运，则发运一司事多雍废。此盖其所以废而复置也。[104]
仁宗皇祐年间（1049～1054年），许元出任东南六路发运判官，对转般法漕运进行大规模改革，使发运司握有巨款进行籴买和代发的权力，由是工作量也随之大幅度增加。从此，东南六路发运司的地位日益重要，并成为漕运中不可缺少的关键机构。尤其是神宗在位期间，发运司更成为在东南六路推行均输法漕运的得力场所，发挥了前所未有的重要作用。
宋徽宗崇宁年间，以蔡京为首的奸党，蓄意破坏已实施百余年的转般法漕运，改行直达法。从此，东南六路发运司失去了英雄用武之地，一直闲置，名存实亡。
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