由于汴河以黄河为水源，而黄河是一条夏秋水位暴涨、冬春水位暴落的河流，因此也给汴河带来在夏秋季节水位暴涨、冬春季节水位暴落的现象。据《宋史》卷九十三《河渠志·汴河上》记载：
宋太宗“太平兴国二年（注：977年）七月，汴水溢，坏开封大宁堤，浸民田，害稼”。“太平兴国三年（注：978年）六月，宁陵县汴河溢，堤决。”“太平兴国四年（注：979年）八月，汴河决于宋城（注：今河南省商丘市）。”“淳化二年（注：991年）六月，汴河决于浚仪县（今河南省开封市）。是月，又决于宋城。”宋真宗“景德元年（注：1004年）九月，宋州汴河决，浸民田，坏庐舍。”“景德三年（注：1006年）六月，京城汴河暴涨。”“大中祥符二年（注：1009年）八月，汴河涨溢，自京至郑州浸道路。”宋仁宗“天圣四年（注：1026年），汴河大涨，堤危，众情汹汹”。
从上述这些记载可以看出，汴河暴涨，大多集中在每年的六月至九月，即夏秋季节，此时正值多雨、山洪暴发的汛期。大中祥符八年（1015年），北宋朝廷根据唐朝时的经验，在汴河上游的中牟、荥泽等县境内，开凿了若干减水河[48]用以宣泄洪水，效果良好。自此以后，汴河中、下游河段暴涨、决堤、泛滥等状况就较少发生。
造成汴河水位暴涨的原因：一是受黄河洪暴的影响。黄河每年在洪汛或多雨时期，就会发生河水汹涌暴涨，而每隔二三年就会出现决溢，决溢多发生在河道狭窄或弯曲转折处，但黄河决溢时并不是每次都影响汴河，只有当决溢发生在汴河上游河阴、阳武一带，河水向南漫流时才会影响汴河的水位。北宋时，这种状况也多次发生过。
二是由于汴河本身泥沙淤积，河底抬高。河底抬高后的河床，所能容纳的水量有限，因此每当汛期流量大增时，汴河内的水位就会溢出河床而造成泛滥，尤其是在北宋中期汴河成为地上河后，汴河的水全靠两岸的堤防约束，一旦流量增大，水势加猛，就会冲垮堤防，出现决堤而造成灾害。
虽然汴河水位暴涨会带来灾害，但每次暴涨的时间比较短暂。据《宋史》卷九十三《河渠志·汴河上》记载：
旧制：（汴口）水增七尺五寸，则京师集楚兵入作排岸兵，负土列河上以防河，满五日赐钱以劳之，曰特支。而或数张数防又不及五日而罢，则军士屡疲而赐予不及。是岁（注：指宋仁宗皇祐四年，即1052年）七月始制：防河兵（计）日给钱……军士便之。
这则记载的意思是说，过去规定每当洪汛时期，朝廷派遣禁兵在河堤上准备好沙土，日夜巡视守护，进行防洪抗洪。满五天就发给劳务费。但是防洪往往不满五日就结束，那些防洪的军士疲惫不堪却得不到应有的犒费，很不合理。所以从这年七月起规定：防洪抗洪的军士，其劳务费用按日计算。由此可知，北宋时代的洪汛时期不长，有时不超过五天。
但是，汴河水位每年处于低落状态的时间却比较长。可以这样说，北宋汴河的主要问题，就是水量不足、水位低。例如，仁宗天圣二年（1024年）十二月，“汴河流浅。”皇祐四年（1052年），“汴河涸，舟不通。”嘉祐六年（1061年），“訾家口浅淀”等等（以上据《宋史》卷九十三《河渠志·汴河上》）。另有记载说：(www.xing528.com)
宋太祖开宝八年（注：975年）十一月，江南平，留汴水以待李国主（注：即南唐后主李煜）舟行。盛寒，河流浅涸。诏所在为坝闸，潴水以过舟，官吏击冻，督役稍稽，则皆何校，甚者劾罪，以次被罚，州县官降敇而杖之者，凡十余人。[49]
从上述记载来看，汴河水位低落，大多在冬春少雨或冰冻季节。造成汴河水位低落甚至浅涸的因素很多，除了黄河在冬春季节水位暴落或冰冻而影响汴河的水位外，还有三方面重要原因：
一是防洪造成汴河水位低落。例如，宋真宗大中祥符二年（1009年）八月，因“汴河涨溢，自京至郑州浸道路”，为此采取了“减汴口水势”的紧急措施，结果“既而水减，阻滞漕运”，不得不又“遣人浚汴口”，将黄河水引入汴河。与此情况相反，宋仁宗天圣三年（1025年），因“汴流浅，特遣使疏汴口”，结果导致黄河水直灌进来，“汴河大涨，堤危，众情汹汹”。总之，当时为了解决汴河水浅、航运困难的问题，就施工加大汴口的宽度和深度，让黄河水多些进入汴河，结果导致汴河水位过高并酿成灾害。而有时黄河暴涨，为了防止洪水进入汴河，施工减小汴口的宽度和深度，结果导致汴河水量不足，水位过低。这一矛盾现象，曾使北宋朝廷穷以应付，伤透脑筋。
二是汴河泥沙淤积过厚，抬高了河床的底部，而使汴河成为地上河。由于当时的汴河，其河底比地面高，据沈括反映：神宗熙宁年间，汴渠自京城东水门，下至雍丘、襄邑的河段，“河底皆高出堤外平地一丈二尺余，自汴堤下瞰民居，如在深谷”[50]。在这种状况下，原来沿汴河分布的许多沟洫陂泽，无法继续流入汴河，失去了许多补充水源。关于这种状况，当时在相位的王安石曾一针见血地指出：“旧不建都，即不如本朝专恃河水，故诸陂泽沟渠清水皆入汴。诸陂泽沟渠清水皆入汴，即沙行而不积。自建都以来，漕运不可一日不通，专恃河水灌汴，诸水不得复入汴，此所以积沙渐高也。”[51]这一论断是十分正确的。
三是汴河流域大量的农业灌溉用水和手工业用水，造成汴河水位的低落。北宋都城位于汴河旁，以京畿地区为中心的汴河流域，人口密集，农业和手工业十分发达。当地的灌溉用水和手工业用水，大多取自汴河或截留原本流入汴河的一些支流的水源。据记载：“熙宁六年夏，都水监丞侯叔献乞引汴水淤府界闲田，（王）安石力主之。水既数放，或至绝流”[52]。由于汴河本来就水量不足，水位低落，抽取大量的水用于灌溉农田，无异于釜底抽薪，岂非使汴河绝流？除了农业灌溉用水取自汴河外，还有手工业用水也取自汴河。据记载：“元祐元年二月，右司谏苏辙言：近岁京城外创置水磨，因此汴河浅涩，阻隔官私舟船（航行）……水磨减耗汴水，行船不便，乞废罢官磨。”[53]当时，制茶业已使用水磨，东京郊外官磨民磨成群，这些水磨耗水量很大，大多取自汴河或截取一些流入汴河的水源。
综上所述，汴河是北宋朝廷的经济大动脉，政权生命线，因此备受关注，对它进行了不遗余力的治理和养护。但是，由于汴河的水源来自黄河，先天不足，这为汴河带来了一系列的后遗症，其中最为突出和致命的是泥沙淤积问题。
在北宋前期，由于朝廷坚持岁浚制度，汴河的泥沙淤积速度得以减慢，使汴河维持着基本畅通的状态。到了北宋中期，随着汴河泥沙淤积的日益严重，岁浚费用支出越来越多，朝廷不堪重负，于是改岁浚为三五年一浚，并辅之以其他技术措施。由于汴河疏浚制度的松弛，加上当时政治派系斗争对处理汴河问题的影响，导致汴河逐渐变成了地上河。北宋晚期，因导洛清汴工程顺利建成，使曾经长期存在的汴河泥沙淤积问题，得以大大缓和，通航状况也有明显好转。
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