我国大规模水运粮食的历史，可以上溯至春秋时代的前期，这就是《左传·僖公十三年》记载的“泛舟之役”。在战国时代，秦国类似的长途运粮活动也有过一次。据《史记》卷五《秦本纪》记载：“（昭襄王）十二年，予楚粟五万石。”关于这两次长途转运粮食，虽然在运输方式上属于漕运范畴，但就性质而言，还不是真正意义上的漕运。
我国真正意义上的漕运，肇始于秦朝。秦始皇统一中国后，建都于咸阳。咸阳位于关中地区西部的渭水北岸和九嵕山南面，因古代人们常将水北和山南视为“阳”的方位，故名咸阳。所谓关中，则是指函谷、大散两险要关隘之间的地区而言，其范围相当于今陕西省境内潼关以西、宝鸡以东、北山以南、秦岭以北，东西长300多千米，南北宽20～100千米，面积约34000平方千米的泾渭平原地区。它东面以黄河为界，其他三面均为高山环抱，形势险要，易守难攻。渭水横贯其间，还有许多大小支流分别自南或自北流向渭水，再加上人工渠道郑国渠等。当时的关中，确实是灌溉便利、土地肥沃、物产丰富、交通发达，是中国历史上农业最为发达的地区之一，故有“八百里秦川”的美誉。秦始皇选择咸阳为都城，关中地区为京畿，是极具眼光的正确决策。然而，关中平原毕竟面积狭窄，物产有限，过去几百年来作为秦国的京畿，其物产供应绰绰有余，而作为统一六国后的秦朝京畿，物产供应则明显不足。特别是秦始皇统一六国后，马不停蹄，紧接着南征百越，北伐匈奴，战事不断，需要源源不断地给战争前线供应粮食和其他军需物资，狭窄的关中地区显然不胜负担，惟有依靠关东各地的支持。
当时济水下游的齐鲁地区、鸿沟流域的黄淮平原和鸿沟系统下游的江淮地区，都是农业发达的产粮区，加上这些产粮区的水路交通都很发达，因此理所当然地成为秦朝征粮的重点地区，也是漕运最为繁忙的地区。当时的漕运，除了利用长江、黄河、淮河、济水、泗水以及鸿沟系统外，还开凿了灵渠运河，将长江水系和珠江水系连接起来，向岭南战争前线运送粮食和军需物资。《汉书·主父偃传》对于当时的征粮与漕运情况有如下的记载：(www.xing528.com)
秦欲攻匈奴，使天下飞刍挽粟，起于黄、腄、琅玡负海之郡，转输北河，率三十钟而致一石。
黄、腄、琅玡均为秦朝时的地名。黄县治所在今山东省龙口市东南的黄城集。腄县治所在今山东省烟台市西南的福山。琅玡县治所在今山东省胶南县西南的夏河城。三县均位于今山东半岛的海滨，故曰“负海之郡”。上述引文中的“飞刍挽粟”。据唐人颜师古的注释：“运载刍稿（按：喂牲口的草料），令其疾至，故曰飞刍也。挽，谓引车、船也。”由此可知，当时征收粮草远及今山东半岛，从水、陆两路运往北河（今内蒙古黄河河套的乌加河一带）边境前线。这是我国历史上有关漕运的最早记载之一。[48]当然，从各产粮区运输粮食、草料到边境供应战争需要，只是当时漕运的一部分，也是非常时期的事；而从各地运输粮食及其他物品至京都供统治阶级消费，则是当时漕运的又一部分，而且是经常性的任务。
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