灵渠是我国古代运河工程的伟大创举，它使湘江和漓江相连接，从而沟通了长江与珠江两大水系。从此，中原与岭南之间可以从水路直接相通。古人说得好：“陡河（注：即灵渠）虽小，实三楚两广之咽喉，行军运粮以及商贾百货之流通。惟此水是赖。”[26]诚然，自秦朝开始，灵渠一直是我国中原与岭南之间的交通要道，历朝在维护全国政治统一，促进南北经济、文化的交流与发展方面，都起到重要的作用。
当年，秦军进攻岭南地区，损兵折将，拖延了三年而未能取胜，究其原因主要是交通运输困难，军队和给养无法及时运送到前线。灵渠开通后，大批援军和粮饷源源不断地南运，终于打败了顽强抵抗的南越和西瓯，在当地设置“桂林、象郡、南海三郡”[27]，并通过灵渠自中原向岭南多次移民。如秦始皇三十三年（前214年），一次移民就多达五十万，“以谪徙民五十万人戍五岭，与越人杂处”[28]。共同开发岭南地区，使岭南地区永远成为中国的版图，完成了统一全国的大业，其历史意义是不言而喻的。
秦末天下大乱，原秦朝南海郡龙川县令赵佗，乘机兼并桂林、象郡，并自称南越武王。汉高帝初定天下后，考虑到中国饱受战乱之苦，不仅没有诛杀叛变称王的赵佗，而且派遣陆贾作为特使前往岭南，“立佗为南越王”，以示笼络，要他“和集百越，毋为南边患害”[29]。汉高帝死后，吕后专权，曾因禁止将铁器输入南越，赵佗误以为是长沙王出的主意，于是自称南越武帝，发兵进攻长沙边邑。汉文帝继位后，为安定南方边境，再次派遣陆贾前往岭南，劝说赵佗撤销帝制僭号。赵佗接受劝告，表示“愿长为藩臣，奉贡职[30]”。
上述陆贾先后两次前往岭南，都是取道水路，具体的路线是溯湘江，过灵渠，再沿着漓江、西江顺流而下抵达番禺。由于当时有着灵渠这样的水运交通条件，使陆贾能够及时完成劝说赵佗归顺、向汉朝称臣的政治任务，维护了国家的统一。
西汉元鼎五年（前112年），南越丞相吕嘉等反叛，汉武帝发兵十万南下平叛。据《资治通鉴·汉纪十二》记载：
遣伏波将军路博德出桂阳（注：今湖南郴县），下湟水（注：今广东北部的连江）；楼船将军杨仆出豫章（注：泛指今赣南地区），下浈水（注：今广东北江正源）；归义越侯严为戈船将军，出零陵（注：今广西全州西南），下离水（注：即漓江）；甲为下濑将军，下苍梧（注：泛指今广西东北部一带）。皆将罪人，江淮以南楼船十万人。越驰义侯遗别将巴蜀罪人，发夜郎兵，下牂牁江（注：即今广西境内的经水河、黔江、浔江、西江）。
这十万汉军，分由五条水路进攻南越，约定会师于番禺。其中戈船将军和下濑将军率领的两路水军，计划取道灵渠和漓江、西江、进军番禺。虽然在这两路汉军尚未到达岭南时，此次南越事变已被先行攻入番禺的楼船将军和伏波将军所平定，但足以证明当时灵渠是可以通航的，并曾为西汉时代这次重大的军事行动发挥了积极的作用。
东汉光武帝建武十八年（42年），朝廷派遣伏波将军马援平定岭南地区征侧、征贰等叛乱。当时马援南下进军走的是水路，曾对年久失修的灵渠，进行了自秦代开凿以来第一次大规模的整修和扩建，用于运兵运粮。此事最早见于唐朝咸通年间鱼孟威《桂州重修灵渠记》的记载。唐朝光化年间（898～901年）莫休符所撰《桂林风土记》也有记载说，当时马援采取“开川浚济……节斗门以驻其势”的工程措施，对灵渠进行整治。其后，成书于宋朝的《太平御览》卷六十五《地部》漓水条，引唐人曹大宗《郡国志》说：“后汉伏波将军马援开湘水，为渠六十里，穿度城，今城南流者是，因秦旧渎耳。”清初顾祖禹《读史方舆纪要》卷一〇六《广西一》也有“东汉建武十七年（按：应为十八年）马援讨征侧，因史禄旧渠开湘水六十里，以通粮饷”的记载。
但是，《后汉书》卷一下《光武帝纪》、卷五十四《马援传》、卷一百十六《南蛮传》在有关马援平定交阯征侧叛乱事件的记载中，均未提及马援整修灵渠之事，这是因为我国古代对工程建设一类的事情一贯不重视，所以在正史中很少得到反映，我们后世的人决不能因此就认为历史上不存在此事。何况，《后汉书·南蛮传》还有如下的记载：(www.xing528.com)
光武（帝）乃诏长沙、合浦、交阯，具车船，修道桥，通障谿，储粮谷。（建武）十八年，遣伏波将军马援、楼船将军段志，发长沙、桂阳、零陵、苍梧兵万余人讨之。明年夏四月，（马）援破交阯，斩征侧、征贰等。
从上述记载来看，在马援、段志率军南征之前，为南征行动做好了诸如置备车与船、修建路和桥、疏通河道、储运粮食等行军、作战的准备工作，而整修灵渠正是属于“通障谿”一项的工程内容。再联系到当时所征调的兵员都来自湘江流域的长沙（今湖南长沙）、桂阳（今湖南郴县）、零陵（今广西全州）等地，这样可以就近溯湘江、过灵渠、下岭南，既顺道又方便。因此，上引《桂州重修灵渠记》《桂林风土记》等文献所说的马援整修灵渠，并利用灵渠运送军粮之事是真实可信的。据此可以证明，灵渠又一次在平定岭南叛乱过程中起到了积极的作用。
从唐朝开始，灵渠的运输服务方向发生了变化。由于唐朝对灵渠进行过多次整修，并创设陡门设施，大大地改善了通航条件，使灵渠一年四季都可通航，利用率更高。因此不像秦汉时代那样，灵渠只是为朝廷一时的政治、军事需要服务，而是将使用重点转移到以漕运为主的经济领域方面。同时，岭南的土特产如珍珠、宝石、翡翠鸟、药材、香料、荔枝、香蕉、椰子等，都是通过灵渠运销中原各地的。
另据《旧唐书》卷二百下《黄巢传》记载，唐僖宗乾符六年（879年）秋，黄巢攻陷广州，本欲据南海之地为根据地，但“是岁自春及夏，其众大疫，死者十有三四”。于是决计北上，另图大事。“数十万大军从广州出发，抵达桂林，接着又编制大筏数十，溯漓江向上，经灵渠，进入湘江。”[31]并趁湘江涨水，顺流而下，接连攻占今湖南境内的永州、衡州和潭州（今长沙）。说明当时的灵渠不仅为朝廷运输服务，也为农民起义军所利用。
南宋朝廷偏安江南，与岭南之间的交流和联系更为密切，灵渠航运状况也较繁忙，因此灵渠上的陡门增建至三十六座。
明清时代是灵渠有史以来的黄金时期，对灵渠的设施不断进行改善，而且在航运管理方面建立了一套管理制度，如对通过灵渠的船舶，其载重量和吃水深度有一定的限制，对陡门的启闭有必要的时间规定，并配备陡军（启闭陡门的操作人员）按规定时间进行陡门的启闭。清朝时，每座陡站配备两名陡军。明朝时，还对灵渠的维修也有时间规定，一般是“一年小修，三年大修。”[32]
由于明清时代商品经济已在我国萌芽和开始发展，商业贸易日趋活跃，在当时实行海禁的形势下，内河航运成为交通运输方面的主角。当时，灵渠作为中原与岭南之间的唯一直通水道，航运情况显得十分繁忙。在灵渠中航行的既有官船，也有民船；既有大船，也有小船。航行中的船只，常常要排着队、缓慢地行进。生活在明朝晚期的徐霞客，在其所著《徐霞客游记》中，用“巨航鳞次”一词来描述他所看到的灵渠中船只航行的状况。
随着时代车轮的前进，社会经济和科学技术的不断发展，古老的灵渠因其自身条件的限制，已经无法适应现代船舶航行的要求，自从我国沿海海运的兴起和1936年粤汉铁路建成通车后，灵渠逐渐失去其交通作用。特别是湘桂铁路自1941年起陆续建成后，具有二千多年历史贡献的灵渠，终于功成身退，彻底停航。今天，这条曾经有着多项世界之最的古老运河，已经成为名胜古迹，供中外人士游览观光；同时，已经改造成为以灌溉为主的水利工程，承担着万顷农田的灌溉任务，继续发挥着造福于广大民众的积极作用。灵渠是中华民族古代运河工程的瑰宝。
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