关于妈阁庙的由来，澳门华人有许多传说，比如妈阁庙内的《重修妈祖阁碑志》就记载说：相传有福建的客商来澳门，妈祖化身做凡人，一同乘船前来；奇怪的是，那艘船竟然一夜之间就走了数千里。抵达澳门，登岸之后，在今天妈阁庙的位置，妈祖突然之间不见了。人们因为这种圣迹，就在该处建庙祭祀。
此外，又有《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑记》里边的另一个传说：
相传明朝的时候，有一位老妇从福建驾驶船只，一夜之间就到了澳门，化身在妈阁庙的位置。在澳门的福建、潮州商人，就为她塑像立庙，并且画了那艘船的形貌，刻在石头上纪念（即今洋船石）。
入门牌坊
经此门洞上后山
对这些传说，相信许多读者都耳熟能详了。可是，原来在外国人的圈子里，也有关于妈阁庙的创庙传说的。(www.xing528.com)
清末著名的英文报刊《中国丛报》（Chinese Repository）1840年10月（第9卷第6期）里，便有一则故事这样说：
阿妈阁（按：应是地方名）的庙宇是一座古建筑。在明朝万历年间，这里来了一艘来自福建泉州府供奉着女神妈祖的船。由于遇到不幸的事，它失去了控制，被不可阻挡的风浪冲到这里来了。除一名供奉该神的水手外，船上的人都死了。他怀抱神像，决心保护它，终于获得神力的报答，免于死难。当风暴平静后，他随着船漂到澳门安全地登陆，将神像带到阿妈阁，把它好好地安置在一块大岩石的基座上。这里是他所找到的最好庙宇。
大约五十年后，到了天启年间，有一位著名天象学家，……发现广东省的一口水塘里面有许多名贵的、耀眼的珍珠。据此，他奏明皇帝，建议派人去取回。皇帝陛下利用这条重要的信息，派出一名可靠的仆人前去搜寻这一美妙的水塘。当到达澳门在阿妈阁村时，女神在梦中出现在皇家信使之前，通知他要寻找的地方，在高州的合浦。他到了那个地方，得到了几千颗最好的珍珠。出于对神秘暗示的感激，他在阿妈阁建了一座庙，以供奉向他提供暗示的人。（录自《鸦片战争后澳门社会纪实》）
这则故事，在强调妈祖的神力之外，更加插了丰富的情节转折，简直可以当成极短篇小说来读了。
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