武汉大学国学专业课程体系方案（第一版）在五年试行中，暴露出来的最主要的问题是：学生们的宏观架构能力明显不足，尤其是与他们比较突出的文献细节处理能力相比较，其整体综合能力严重滞后。以国学专业学生提交的本科学位论文为例：很多学生提交的学位论文选题具体而饱满，资料收集与处理很专业，文献细节的解读亮点很多。但是，就整篇文章而言，各部分之间的关联度不高，整体结构缺乏内在的逻辑性，比较松散，不像一篇紧凑的论文。此外，文献细节处理有时并没有围绕主题服务，而是就文献谈文献，缺乏理论提升。对比近似专业，我们发现人文科学试验班和哲学基地班的学生在论文的宏观架构与理论提升方面，明显要优于国学班。
这一问题让原方案的设计者们意识到自己可能犯了一个错误，即：矫枉过正！原方案注意到旧有的文科培养模式所存在的“片面重视‘概论’‘通史’、忽略原著经典”的缺陷，因此有针对性的强化文献基础与原著经典，放弃“概论”“通史”类的理论课程。而这实际上走入另一个误区。因为从培养效果来看，适度的“概论”“通史”类的理论课程是必需的。此类课程能够帮助学生培养整体性的思维和理论概括能力。或者我们可以把课程分为“虚”与“实”两类：传统的音韵、训诂等小学课程以及原著经典课程偏重于“实”，而“概论”“通史”类的理论课程则偏重于“虚”。过去的文科培养模式的缺憾在于“只重虚，不务实”，而国学专业的方案则“只务实，舍弃虚”。其实，“虚”和“实”都是需要的，正如孔子所说的“学而不思则罔，思而不学则殆”（《论语·为政》），“学”为“实”，“思”为“虚”，二者不可偏废。如表2。
1.第一次调整（2006—2010级）
为此，国学教研室于2006年对原方案进行了修订调整，形成了课程体系第二版。
表2 武汉大学国学专业课程体系方案第二版（2006—2010级）
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第二版方案所做的调整主要集中在原方案的第五类课程——理论及专题研究课。第二版方案在优化原著类和小学类课程的同时，主要增加了一些通论性、概论性的理论类课程，如“中国哲学”“西方哲学”“中国古代文学史”“中国通史（一、二）”“世界通史（一、二）”“外国文学”“佛学专题”“美学”“国际汉学”等理论及专题研究课程。不少理论类课程被列为专业必修课，增加学分学时，提高分量。
从2006年至2010年的五年时间，国学专业的课程体系执行第二版方案。到2010年，武汉大学国学院成立，对第二版方案的实施情况进行了总结。
相较于第一版方案，按照国学专业课程体系第二版方案培养的五届学生在均衡性方面有了很大的进步，表现在：学生们一方面延续了较好的文献解读能力和古代典籍素养，另一方面在理论综合能力与整体架构能力方面有了长足的进步。还是以学位论文为例：这一阶段有好几个年级的若干篇国学专业本科学位论文被推荐参评湖北省优秀本科毕业论文，并有所斩获。(www.xing528.com)
但是，如果对照国学专业最初的培养目标——“实现诸学科的真正交叉融合、进而综合诸学科优势”，则显然做得还很不够。客观讲，国学专业的学生仍然未能实现三类模块（原著类、小学类、理论类）的真正融合与良性互动，其所学科目仍分属文、史、哲三大块，尚未会通。由此造成的后果之一，就是国学专业的学生更像是文、史、哲不同专业的形式上的组合，而非真正的“国学专业”的学生。也就是说，“学科分化”的意味仍要重于“学科融合”。
2.第二次调整（2011—2016级）
针对第一版、第二版课程体系方案在实行中暴露出的问题，武汉大学国学院对国学专业课程体系再次进行了调整，并于2011年开始执行第三版方案。如表3。
表3 武汉大学国学专业课程体系方案第三版（2011级以来）
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此次调整重点建设了一批专业主干（核心）课程，如：马克思主义哲学原理、中国哲学史、西方哲学史、逻辑学导论、国学通论、文献研究方法论、古典目录学、史学和社会理论、文字学、音韵学、训诂学、古代文体和辞章、古代经学和经典注释学、中国古代小学源流、清代考据学研究、海外中国学研究、基督教思想史、四书研读、诗经（附楚辞）研读、史记研读、老庄研读、荀子研读、周易研读、礼记研读、文选研读、文心雕龙研读、说文解字注导读、广雅疏证导读等。
调整的目的主要有三个：第一，是为了加强学生的课外自主学习，适当压缩了一些课程，减少课时量，为学生自主学习腾出时间与精力；第二，强化主干课程之间的联系性，推动以文本为中心的经典细读课程、以学术思辨训练为中心的方法论课程和以研究意识为中心的专题课程等三类课程之间的有机衔接，通过以古典文本为中心的古典学训练，促使学生考据、义理、辞章并重，在研习经典的基础上，对中国古代知识传统产生“理解之同情”，并养成现代学术之眼光，塑成文化理解力和知识创造力；第三，推动科研成果转化为课程教学内容，并推行学术导师制度，甄选学术多方、富有热情的导师，对学生进行针对性的指导。
自2011年至今（2016年），武汉大学国学专业执行第三版课程体系方案。从效果来看，提升最为明显的是国学班学生的科研学术能力。在2012年、2013年、2015年先后举办的三届国学本科论坛上，武汉大学国学班的部分学生与来自海峡两岸的北京大学、中国人民大学、复旦大学、南京大学、南昌大学、台湾大学、台湾师范大学、台湾“中央”大学等兄弟院校的相关专业本科生同场切磋交流。参加论坛的师生一致认为，武汉大学国学班学生提交给论坛的论文具有极高的水准；即便是与海峡两岸一流名校的学生相比，依然有很强的竞争力。就本校而言，国学专业相当一部分优秀毕业生的本科毕业论文的水准，已经达到甚至超过硕士学位论文的平均水平。
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