（一）农业生产污染不容乐观
改革开放以来，物质循环型的传统农业逐步被替代，建立在水土资源过度利用、化学品大量投入基础之上的农业生产方式，满足了人们不断增强的农产品需求，同时也形成众多生态问题，农业面源污染问题日益突出，农业已超过工业成为我国最大的面源污染产业。
随着我国农业和农村经济的快速发展，化肥、农药、地膜等农用化学品使用量逐年增加，近年来农业面源污染防治工作取得一定成效，但排放总量仍比较大。分散经营的农民难以掌握测土配方、合理施肥等农业新技术，无法被吸收的过量化肥、农药和遗弃地膜导致土壤、水体污染。种植养殖废物产生量大，综合利用效率效益低。畜禽养殖业的规模化发展和区域集中，导致本地畜禽粪肥供给的养分超出土地承载能力，且畜禽粪便异地处理难度大、环保设备成本高，畜禽粪便随意弃置、处理率低。
中国是农业大国大省，农作物秸秆资源丰富。由于一些地方和群众对秸秆的潜在价值以及就地焚烧的危害性认识不足，秸秆综合利用配套产业政策不完备，科技支撑能力不足，产业化程度较低。农作物秸秆分布分散、体积蓬松、密度较低、季节性强，缺乏配套的收集、运输机械设施，收集储运困难且成本较高，尚未建立完整的秸秆收储网络，制约了秸秆综合利用产业的发展。大量的秸秆被露天焚烧和直接弃置，对环境造成严重损害。
（二）农村工业污染日趋严重
城市污染向农村蔓延问题严重。随着工业化和城市化的推进，城市产业升级换代的需要，越来越多的开发区、工业园区转向农村建设，大批生产技术落后、高污染企业顺势向市郊或农村转移。为改善城市环境质量，城市工业废水、废气、工业固体废弃物和城市污水及生活垃圾，粗糙处理排放到农村，甚至直接进入农村填埋或扩散到农村，少数企业偷排工业污染，形成对农村区域的污染。
除了城市转嫁的环境污染外，农村工业经济规模逐渐增大，但多以粗放式经营为主，产业层次低，技术落后，产生污染总量逐渐增多。农村工业空间布局分散，污染源分散，污染治理难度大。农村环境保护法律法规严重滞后，环保机制缺失，执法不到位，污染难以监管。
（三）生活污染呈加剧趋势(www.xing528.com)
随着农村经济的发展，农村居民生活水平的不断提高，农村生活环境表现出新的特点，农村生活垃圾的产生量逐年增加，垃圾的组成因工业制成品消费的增加日趋复杂，塑料制品、纸箱制品、废电池、旧衣服等不易处理和不可降解无机物增加。农民环保意识薄弱，污染处理措施、设备不足，大部分地区没有专门的环境基础设施，且缺乏相应的管理主体和管理机制，导致农村生活垃圾、生活污水处理率很低，生活污染加剧。农村生活污水排量少、有机物浓度偏高、日变化系数大、间歇排放，控制困难。农村地区普遍缺乏生活污水处理设施，污水随意排放，严重影响了农村的生态环境。
（四）地方政府对乡村人居生态环境建设的不重视
第一，在经济和环境建设上，偏重于经济建设。市场经济体制下，为追求利益的最大化，通常将有限的人力、财力、物力资源优先投资到经济建设上，以实现经济的迅速增长。甚至有些地方政府仍以GDP的高低作为政绩考评机制，将短期内能看到成效的经济项目作为开发的重点，将需长期投入且成效不能立即显现的人居生态环境建设工程列入次重点。
第二，在人居生态环境建设的问题上，重城市而轻农村。乡村人居生态环境建设长期处于政府缺位阶段。如政府对农村资金、基础设施以及监管等方面投入严重不足，这也在一定程度上进一步加剧了乡村人居生态环境建设的难度。
（五）乡村人居生态环境建设过程中出现规划不全、管理滞后
相对于城市规划，村庄规划自开始变不被理论界所重视。长期以来，中国对于村庄规划的关注也远不能满足实际要求。理论错位与政策缺失导致在乡村人居生态环境建设过程中的一系列问题。
最典型的问题是建设问题，由于规划跟不上建设的速度，导致村庄布局杂乱无章，规模小、建设乱的问题十分突出，住房质量也得不到保证。大部分农村规划千篇一律，缺乏地域特色和文化特色，规划的执行和控制也不够严格，总体上处于无序状态。另外，大批农村青年涌入城镇带来的“空心村”问题，也没有得到很好的重视和管理。
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