顺治六年（1649），黄宗羲四十岁。
鲁王还至海上，黄宗羲赶赴行朝。行朝，即流亡的朝廷。黄宗羲晋升为左佥都御史，再晋升为左副都御史。
这年六月，定西侯张名振由靠近象山石浦的南田镇出兵，收复三门县的健跳所，迎接鲁王到健跳所。
健跳的军事卫所建于明洪武二十年（1387），是信国公汤和向朝廷上奏后设立的千户所。明朝中叶，倭寇猖獗。嘉靖四十年（1561），为加强沿海地区的防御，宁绍台参将戚继光再修健跳城。
七月壬戌日，黄宗羲与大学士沈宸荃、刘沂春，尚书吴钟峦、李向中，侍郎孙延龄，右佥都御史张煌言，跟随鲁王到健跳。孙延龄是孙嘉绩的儿子。张煌言，号苍水，宁波人。
七月壬午日，清兵包围健跳。荡胡伯阮进率领战船数百艘前来救援，金鼓动天，清兵退却，于是解围。
四明山寨的将领王翊打退清兵，派使者把物资进贡给鲁王。张名振因为王翊的表文、贡物并不出于自己，颇有些嫉妒。
这时，黄宗羲向鲁王建议：“各营文臣动辄自称都御史、侍郎，武臣则自称将军、都督，只有王翊才心系王室，也不自我夸大，而部队又最强。因此要厚封王翊的官爵，使他总领诸营，以捍卫海上。”朝臣中除了张名振，都认为对。
鲁王听取黄宗羲的建议，授予王翊右佥都御史。第二年，晋升王翊为兵部右侍郎。
再说清廷那边，前朝遗臣有不顺服的，官府即把他们的家属名录登记造册，上报朝廷。黄宗羲听到后叹息说：“主上把我当作忠臣之后，我奔波忙碌不忍离开的原因就在这里。我的心乱了！蜀国的姜维能承受与母亲分离，但我做不到！”
于是，黄宗羲向鲁王陈述自己的心情，在征得鲁王同意后，秘密地从小路回家。吴钟峦驾驶三板船，送黄宗羲到二十里外，哭泣声淹没在浪涛中。
这年八月，黄宗羲四十初度。有诗句说：“先公殉国余三载，孔子悬弧易一辰。”意思是父亲忠端公殉难时四十三岁，而孔子的生日与自己只相差一个时辰。
这一年所作的诗，黄宗羲取名《穷岛集》。(www.xing528.com)
当时，山中大乱，于是黄宗羲陪伴母亲迁居县城，第二年返回故居。十月，鲁王由健跳至舟山，再召黄宗羲，令他与澄波将军阮美、侍郎冯京第一起，到日本请求援军。阮美是阮进的侄子，冯京第担任阮美的副手，到达长崎，乞师未成。黄宗羲为此赋《诗经》中的《式微》一诗，以感将士。《式微》诗词如下：
式微，式微，胡不归？
微君之故，胡为乎中露！
式微，式微，胡不归？
微君之躬，胡为乎泥中！
这首诗的大意是：
天黑了，天黑了，为什么还不回去？
如果不是为了君主，我怎么会在露水中！
天黑了，天黑了，为什么还不回去？
如果不是为了君主，我怎么会在泥浆中！
这是冯京第的第二次乞师，而黄宗羲则是第一次。后来，黄宗羲有《日本乞师纪》《海外恸哭纪》，还有《赣州失事纪》《绍武事纪》《舟山兴废》《沙定洲纪乱》《赐姓本末》各一卷，都是这数年间所作。后来，合隆武、鲁王监国、永历纪年等为《行朝录》，作为流亡朝廷的记录。又有《汰存录》一卷。
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